L’American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) a publié des recommandations mises à jour pour CFTR dépistage des porteurs – Recommandations mises à jour pour CFTR dépistage des porteurs : énoncé de position de l’American College of Medical Genetics and Genomics. Variantes pathogènes dans le CFTR peut causer la fibrose kystique (FK) ainsi que des troubles liés à la FK. Le nouvel ACMG mis à jour CFTR la liste des variantes comprend un ensemble de 100 variantes.
Le nouveau CFTR la liste des variantes représente un ensemble de variantes minimales recommandées mises à jour pour le dépistage des porteurs des FC et remplace le groupe précédent de 23 CFTR variantes recommandées par l’ACMG. Ces recommandations révisées s’appliquent au dépistage des porteurs, un type de test génétique utilisé pour déterminer si une personne possède une variante génétique associée à une condition qui nécessite généralement la présence de deux variantes pathogènes afin de manifester un phénotype. Ces recommandations révisées ne s’appliquent pas aux CFTR tests de variantes pour le diagnostic ou le dépistage néonatal. Tous les autres aspects de l’ACMG 2020 mis à jour CFTR les normes techniques s’appliquent toujours.
« Lorsqu’elle a été initialement développée, la liste de variantes précédente établissait la norme pour le dépistage des porteurs de FC dans le pays. Maintenant que nos bases de données et nos technologies ont évolué, il était temps de relever la barre et d’établir une nouvelle norme minimale. Ce nouvel ensemble de variantes recommandées devrait contribuer à assurer que CFTR la détection des variantes est plus équitable parmi les individus représentant une variété d’ascendances biogéographiques », a déclaré l’auteur principal, Joshua L. Deignan, PhD, FACMG.
L’ensemble de variantes minimales mises à jour pour le dépistage des porteurs de mucoviscidose est basé sur des preuves que la variante a été établie comme étant à l’origine de la mucoviscidose et est présente dans la base de données d’agrégation du génome (gnomAD), la plus grande et la plus largement utilisée collection publiquement disponible de la variation de la population à partir du séquençage harmonisé données. Pour cette version 2023, une approche conservatrice a été utilisée avec un cadre qui n’intègre que des variantes pathogènes et probablement pathogènes bien établies afin de minimiser les craintes que les individus prennent des décisions en matière de reproduction sur la base d’informations limitées. Les futures versions de cet ensemble minimum de variantes devraient réévaluer la faisabilité et l’utilité d’incorporer des informations supplémentaires provenant d’autres bases de données de population pour être aussi diversifiées que possible sur le plan biogéographique.
Histoire de l’ACMG CFTR Recommandations de dépistage des porteurs
L’ACMG est impliquée depuis longtemps dans le traitement de la question de CFTR dépistage des porteurs. En 2001, plusieurs organisations professionnelles se sont jointes pour reconnaître l’importance et les progrès technologiques qui rendraient la FK accessible au dépistage des porteurs dans la population. Cependant, la technologie et les connaissances n’avaient pas suffisamment progressé pour permettre une application équitable. La technologie de séquençage en était également au début du développement. Ce dépistage limité ne s’appliquait qu’à de petits ensembles de variantes qui étaient le plus souvent caractérisées dans les populations juives ashkénazes et d’Europe du Nord. Pour cette raison, les recommandations à l’époque étaient que le dépistage devrait être « offert » aux personnes d’origine juive ashkénaze et d’Europe du Nord et « mis à la disposition » d’autres groupes.
L’ACMG a finalement recommandé un ensemble de 25 variantes pathogènes, réduites par la suite à 23 représenter un ensemble minimum de variantes pour le dépistage des porteurs panethniques chez les personnes sans antécédents familiaux de mucoviscidose. Cet ensemble de variantes minimales (souvent appelé « ACMG-23 ») est resté inchangé depuis lors, alors même que les technologies de diagnostic moléculaire et les connaissances génétiques ont considérablement progressé.
La recommandation initiale permettait aux laboratoires d’offrir une gamme élargie CFTR ensemble de variantes au-delà de l’ensemble recommandé et, à l’époque, les ensembles de variantes étendus ont suscité une certaine controverse. Cependant, plusieurs aspects ont maintenant évolué, notamment la disponibilité généralisée d’un séquençage d’ADN rentable et à haut débit ainsi qu’une classification et une interprétation plus standardisées des variantes. En 2020, l’ACMG a publié un ensemble mis à jour de normes techniques pour CFTR tests de variantes qui a recommandé que les laboratoires puissent désormais utiliser des méthodes de test ciblées ou complètes et a réaffirmé à l’époque l’ensemble initial de 23 variantes comme ensemble minimum pour le dépistage des porteurs de mucoviscidose.
En 2021, l’ACMG a publié une nouvelle ressource de pratique clinique sur le dépistage des porteurs qui a continué à recommander de proposer des tests de CFTR (maintenant avec de nombreux gènes supplémentaires) à toutes les femmes enceintes ainsi qu’à celles qui planifient une grossesse.
