Les germes inconnus sont monnaie courante dans les hôpitaux. Les chercheurs de l’Université de Bâle ont passé de nombreuses années à les collecter et à les analyser. Ils ont identifié de nombreuses nouvelles espèces de bactéries, dont certaines sont importantes pour la pratique clinique.
Les infections bactériennes peuvent être traitées plus efficacement si la cause de la maladie est connue. Dans la plupart des cas, pour identifier un agent pathogène, il suffit d’une analyse dans un laboratoire médical. Parfois, cependant, les méthodes standard ne suffisent pas – par exemple lorsque l’espèce de bactérie n’a pas encore été classée ou est particulièrement difficile à cultiver.
Depuis 2014, une équipe de l’Université de Bâle et de l’hôpital universitaire de Bâle collecte et analyse des échantillons de patients contenant ces germes inconnus. Les chercheurs ont découvert plus de trente nouvelles espèces de bactéries, dont certaines sont associées à des infections cliniquement pertinentes.
Analyse génétique complète
Dans l’ensemble, l’équipe dirigée par le microbiologiste Dr Daniel Goldenberger a analysé 61 agents pathogènes bactériens inconnus trouvés dans des échantillons de sang ou de tissus provenant de patients présentant un large éventail de conditions médicales. Les méthodes de laboratoire conventionnelles, telles que la spectroscopie de masse ou le séquençage d’une petite partie du génome bactérien, n’ont pas réussi à produire de résultats pour tous ces isolats. C’est pourquoi les chercheurs ont séquencé le matériel génétique complet de la bactérie à l’aide d’une méthode disponible depuis seulement quelques années. Ils ont ensuite comparé les séquences du génome identifiées avec des souches connues dans un outil en ligne.
Sur 61 bactéries analysées, 35 étaient auparavant inconnues. Les chercheurs ont classé les 26 souches restantes comme difficiles à identifier : soit leurs séquences génomiques n’avaient été ajoutées aux bases de données que récemment, soit une description taxonomique correcte des agents pathogènes n’avait été créée que très peu de temps auparavant. Une évaluation des données des patients a montré que sept des 35 nouvelles souches étaient cliniquement pertinentes, ce qui signifie qu’elles peuvent provoquer des infections bactériennes chez l’homme.
De tels liens directs entre les espèces de bactéries nouvellement identifiées et leur pertinence clinique ont rarement été publiés dans le passé. »
Dr Daniel Goldenberger, microbiologiste
Cause d’infections rares
La plupart des espèces nouvellement identifiées appartiennent à la Corynebactérie et Schaalia genres, tous deux bacilles à Gram positif. « De nombreuses espèces de ces deux genres se trouvent dans le microbiome naturel de la peau humaine et dans la muqueuse. C’est pourquoi elles sont souvent sous-estimées et les recherches à leur sujet sont rares », a expliqué le Dr Goldenberger. Ils peuvent cependant provoquer des infections lorsqu’ils pénètrent dans la circulation sanguine – à cause d’une tumeur par exemple.
L’un des agents pathogènes difficiles à identifier pourrait également être cliniquement pertinent. Il a été trouvé dans le pouce enflammé d’un patient après une morsure de chien. Un groupe de recherche canadien a également isolé récemment cette bactérie à partir de blessures causées par des morsures de chien ou de chat. « Cela nous amène à supposer qu’il s’agit d’un agent pathogène émergent que nous devons surveiller », a déclaré le Dr Goldenberger. Les chercheurs canadiens ont nommé à juste titre la bactérie Vandammella animalimorsus (morsure d’animal Vandammella) en 2022.
Nommer leur nouvelle espèce est également le prochain élément sur la liste des tâches de l’équipe de Bâle. Ils travaillent en étroite collaboration avec le professeur Peter Vandamme de l’Université de Gand, spécialiste de la classification des bactéries. Deux de ces bactéries ont déjà été nommées. L’un est Pseudoclavibacter triregionum – en référence à la situation géographique de Bâle, à proximité des frontières de la Suisse, de la France et de l’Allemagne.
Le projet lancé par l’équipe de Daniel Goldenberger est cependant loin d’être achevé. Les chercheurs continuent de collecter et de séquencer systématiquement des agents pathogènes inconnus trouvés dans des échantillons de patients de l’hôpital universitaire de Bâle – plus de vingt nouvelles espèces ont déjà été détectées. « Nous avons remarqué ici une dynamique majeure : grâce aux progrès technologiques en bactériologie, beaucoup plus de publications sont publiées sur les espèces de bactéries nouvellement découvertes », a expliqué le Dr Goldenberger. Grâce à cette évolution, il sera désormais plus facile de diagnostiquer correctement les infections causées par des agents pathogènes rares et de les traiter efficacement dès le début.
