Une nouvelle étude disponible sur le serveur de préimpression bioRxiv * a utilisé une analyse phylogénétique pour démontrer comment certains groupes de chauves-souris abritent plusieurs lignées de coronavirus qui ne sont pas facilement transmises à travers différents taxons de chauves-souris. Cependant, les chercheurs avertissent qu'une autre nouvelle éclosion de coronavirus humain provenant de chauves-souris est imminente en raison de la destruction des habitats fauniques.
Petite chauve-souris à nez court – Cynopterus brachyotis espèce de mégabat au sein de la famille des Pteropodidae. Crédit d'image: Martin Pelanek / Shutterstock
La pandémie en cours et perturbatrice de coronavirus 2019 (COVID-19) est causée par le syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus 2 (SRAS-CoV-2). L'événement de débordement pour les humains s'est probablement produit à la fin de 2019, et la source exacte fait toujours l'objet d'intenses débats de recherche.
Mais les maladies infectieuses émergentes dues aux infections à coronavirus ne sont pas nouvelles et ont reçu une attention mondiale après une flambée de coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV) en 2002-2003 et la flambée de coronavirus du syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS CoV) en 2012. Conjointement avec le SRAS -CoV-2, tous appartiennent au même groupe de bétacoronavirus.
Il existe de plus en plus de preuves du rôle des chauves-souris – l'un des animaux les plus répandus et les plus divers – en tant qu'hôtes de pathogènes émergents, en particulier de virus. En particulier, les coronavirus humains émergents susmentionnés ont été liés à des sources de chauves-souris. De plus, l'analyse du génome entier a révélé que le SARS-CoV2 est identique à 96% à un coronavirus de chauve-souris.
Cependant, les coronavirus de chauve-souris ne représentent que 6% de la base de données actuelle sur les coronavirus, même si environ trois mille lignées génétiques de coronavirus de chauve-souris circuleraient dans le monde. De plus, sur la base de la distribution d'espèces spécifiques de chauves-souris, de futures épidémies de coronavirus peuvent même être prédites à un niveau géographique.
Ce sont les principales raisons pour lesquelles des chercheurs de l'Université des Philippines Mindanao, de l'Université des Philippines Manille et de l'Hôpital vétérinaire Animal Solutions de Bolcan ont décidé d'élargir les connaissances sur l'évolution, la diversité, la distribution, la spécificité de l'hôte et la transmission zoonotique des coronavirus de chauve-souris.
Sommaire
Un regard profond sur les gènes des coronavirus
Afin de classer les bétacoronavirus représentatifs et non résolus, l'analyse phylogénétique de leurs séquences d'ARN polymérase ARN-dépendante (RdRp) a été poursuivie, tandis que les modèles de distribution géographique et de l'hôte ont été effectués par analyse de réseau. RdRp est une enzyme importante que le virus utilise pour répliquer son génome et effectuer le processus de transcription.
Des échantillons de coronavirus de chauve-souris ont été obtenus du sud des Philippines dans le cadre d'un effort de surveillance exploratoire. Il y avait cinq sites d'échantillonnage au total, comprenant deux sites résidentiels, deux sites agricoles et un site forestier à Malagos, Davao City. Le matériel génomique a été extrait d'échantillons de l'intestin grêle et du gros intestin.
« L'analyse a validé le schéma de classification actuel des bétacoronavirus avec des groupements et sous-groupes potentiellement nouveaux identifiés », disent les auteurs de l'étude. « La phylogénétique comparative a montré une forte tendance à la spécificité de l'hôte des bêtacoronavirus de chauve-souris, bien qu'il y ait peu de preuves de co-évolution avec leurs hôtes », ajoutent-ils.
Spécificité de l'hôte et retombées potentielles
Cette étude a montré que certains taxons de chauves-souris abritent plusieurs lignées de coronavirus, et indique également que les chauves-souris sont des origines potentielles d'autres coronavirus de mammifères. Ainsi, les auteurs de cette nouvelle étude (disponible sur bioRxiv serveur de préimpression) recommandent que la base de données des bétacoronavirus soit continuellement élargie via une surveillance continue.
Cependant, le passage à un autre taxon nécessiterait des altérations génétiques spécifiques, ce qui implique une forte pression de sélection. Les facteurs qui entravent la réussite de la transmission à un autre taxon hôte comprennent la capacité de réplication virale, les réponses immunitaires de l'hôte et les récepteurs de surface cellulaire.
Tous servent de barrières naturelles critiques dans la transmission des coronavirus de chauve-souris, c'est pourquoi leur évolution se fait par étapes. En d'autres termes, le saut d'hôte et la co-infection (qui autrement produiraient de nouvelles souches virales avec la propension à changer d'hôtes animaux) sont sévèrement limités. Cependant, nous ne pouvons pas totalement ignorer les futurs événements de débordement potentiels.
« Les déséquilibres écologiques persistants qui modifient la distribution des chauves-souris peuvent éventuellement conduire à une perte de spécificité de l'hôte pour les bétacoronavirus de chauves-souris par la transmission entre taxons et l'adaptation de plusieurs lignées de coronavirus », préviennent les auteurs de l'étude.
« Les diverses interfaces faune-élevage-homme créées par l'urbanisation pourraient encore augmenter la pression de sélection, entraînant des retombées dans les populations humaines », ajoutent-ils.
Les chauves-souris frugivores comme modèle de prévision des risques
C’est précisément le cas du Cynopterus brachyotis (également connues sous le nom de petites chauves-souris à tête de chien), dont la présence dans les communautés urbaines des Philippines les rend dangereuses pour les futures infections de contagion chez les populations animales et humaines. Et bien que les chercheurs n'aient pas détecté de coronavirus dans d'autres espèces de chauves-souris frugivores, le biais d'échantillonnage peut avoir joué un rôle ici.
« Devrait-il y avoir un nouveau coronavirus zoonotique provenant de chauves-souris frugivores telles que Cynopterus brachyotis, il devrait être génétiquement distinct du SARS-CoV, du SARS-CoV-2 ou du MERS-CoV « , affirment les auteurs de l'étude en ce qui concerne la spécificité de l'hôte. » Cependant, ce nouveau virus peut être tout aussi virulent ou hautement contagieux « , concluent-ils.
Dans tous les cas, les déséquilibres écologiques qui brouillent la distribution des chauves-souris peuvent même entraîner la perte de la spécificité de l'hôte et la transmission des coronavirus des chauves-souris à travers les taxons. Par conséquent, les initiatives qui réduisent la destruction des habitats fauniques et restreignent les interfaces faune-bétail-homme sont essentielles pour aider à maintenir l'état sauvage naturel des coronavirus de chauve-souris.
*Avis important
bioRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne sont pas considérés comme concluants, guident la pratique clinique / les comportements liés à la santé, ou sont traités comme des informations établies.
