Une étude collaborative menée par l’Université d’Oxford dans le cadre du projet britannique 100 000 Genomes, publiée aujourd’hui dans Nature Genetics, a défini cinq nouveaux sous-groupes du type le plus courant de cancer du sang, la leucémie lymphoïde chronique (LLC) et les a associés à des résultats cliniques. . Cette nouvelle méthode de stratification des risques des patients pourrait conduire à une prise en charge plus personnalisée des patients.
Il s’agit de la première étude à analyser tous les changements pertinents de l’ADN dans l’ensemble du génome du cancer, plutôt que dans des régions ciblées, pour classer les patients atteints de cancer et lier ces sous-groupes aux résultats cliniques.
Le professeur Anna Schuh, du département d’oncologie de l’Université d’Oxford, qui a dirigé l’étude, a déclaré: «Nous savons que le cancer est fondamentalement une maladie causée par des modifications de l’ADN acquises au cours de la vie d’un individu. Les outils de laboratoire que nous utilisons actuellement pour prédire si un patient est susceptible de répondre ou non à un traitement donné se concentrent généralement sur des anomalies uniques dans l’ADN du cancer et ne prédisent pas avec précision le résultat clinique du patient. C’est pourquoi nous avons posé la question simple : pouvons-nous augmenter la précision des tests actuels en examinant simultanément toutes les modifications acquises de l’ADN dans le cancer ? »
Cette étude a analysé les séquences complètes du génome1 de 485 patients atteints de LLC qui étaient inscrits dans des essais cliniques nationaux menés par les universités de Liverpool et de Leeds, ont fourni des échantillons pour la UK CLL Biobank à Liverpool et ont consenti à ce que leurs échantillons soient utilisés dans le projet 100 000 Genomes. géré par Genomics England. En comparant les données de séquençage du génome entier du cancer et des tissus sains chez ces patients, l’équipe a pu cartographier les changements d’ADN connus et nouvellement identifiés, les altérations structurelles, les signatures mutationnelles du cancer et d’autres mesures globales associées à la LLC dans tout le génome. Ils ont identifié 186 altérations génomiques distinctes et récurrentes et les ont utilisées pour définir cinq sous-groupes génomiques de LLC associés à différents résultats cliniques.
Suite à une validation supplémentaire chez les patients recevant une gamme de traitements plus large que ceux inclus dans cette étude, en particulier des thérapies ciblées, ces nouveaux sous-groupes génomiques pour la LLC pourraient être utilisés pour mieux guider la sélection des thérapies pour de meilleurs résultats pour les patients.
Cette étude ouvre la voie à l’application clinique de routine des analyses du génome entier pour la stratification du risque dans d’autres types de cancer.
L’analyse de l’équipe a également identifié 148 nouveaux moteurs génétiques putatifs de LLC. Les recherches futures sur ces moteurs pourraient découvrir de nouveaux mécanismes dans l’initiation et la progression de la LLC, avec un potentiel pour le développement de nouvelles thérapies.
Le professeur Sir Mark Caulfield, vice-principal pour la santé de l’Université Queen Mary de Londres et ancien scientifique en chef et responsable du projet 100 000 génomes de Genomics England, a déclaré: «Il s’agit de la plus grande analyse génomique internationale de ce cancer du sang, qui démontre de manière passionnante la valeur réelle du séquençage du génome entier du projet 100 000 génomes. Il exploite également les échantillons de cancer du sang de haute qualité de la Liverpool Chronic Lymphocytic Leukemia Biobank et les données cliniques associées collectées par les unités d’essais cliniques des universités de Liverpool et de Leeds dans le cadre d’essais cliniques multicentriques soutenus par l’Institut national de recherche sur le cancer.
Nos travaux montrent que le génome entier est supérieur pour classer les patients en groupes par rapport aux approches ciblées conventionnelles et que nous pouvons prédire la réponse au traitement avec plus de précision et chez un plus grand nombre de patients.
Le professeur Andrew Pettitt, directeur fondateur de la UK CLL Biobank et chercheur en chef pour deux des essais cliniques contributeurs, a déclaré: «Cette étude révolutionnaire est un paradigme de ce qui peut être réalisé grâce à une approche coordonnée au niveau national du travail collaboratif qui permet l’application de la science de pointe à un grand nombre d’échantillons de haute qualité obtenus à partir de cohortes de patients uniformes et bien définies et liés à des données de résultats cliniques de haute qualité.
Un nouveau classificateur de patients LLC permettrait aux patients du futur de se voir proposer le meilleur traitement du premier coup en fonction de leur sous-groupe LLC, évitant ainsi les traitements inutiles aux effets secondaires potentiellement toxiques. Il aidera également à sélectionner les patients les plus appropriés pour les essais de nouvelles thérapies ciblées. Ce travail a un impact potentiellement énorme et positif sur les patients atteints de LLC et démontre de manière importante la faisabilité de cette approche dans d’autres types de cancer. »
Jackie Martin, représentante des patients pour le projet d’hématologie Genomics England
