En l’absence de fin à la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) en vue, de nouveaux réservoirs potentiels de coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) dans les populations animales sont étroitement surveillés. Une nouvelle étude publiée dans la revue Science en novembre 2020 décrit la transmission probable du virus entre les visons d’élevage et les humains travaillant dans l’élevage de visons, même avec des mesures de biosécurité en place et l’abattage des élevages infectés dès qu’une infection est signalée.
Sommaire
Le virus zoonotique infecte de nombreuses espèces animales
La pandémie de COVID-19 a été fortement soupçonnée d’être zoonotique depuis le début lorsque le marché du poisson de mer et de la viande d’animaux sauvages de Wuhan a été pensé en être la source. Cependant, de nombreux cas ont été retracés par la suite avant le premier cas lié au marché, ce qui suggère que d’autres sources pourraient être possibles. En bref, l’hôte animal intermédiaire du SRAS-CoV-2 n’a pas encore été identifié.
Il a été démontré que le virus en question infectait avec succès les chiens, les chats, les furets, les hamsters et de nombreux primates non humains, mais pas les porcs et plusieurs types de volailles. L’infection naturelle a été détectée chez certains chiens et chats de compagnie, ainsi que chez des tigres et des lions gardés dans un zoo. Plus récemment, des cas ont également été signalés en grand nombre chez des visons d’élevage.
Infections distinctes dans chaque ferme
L’étude actuelle a utilisé le séquençage du génome entier pour analyser les schémas d’infection dans les élevages de visons aux Pays-Bas, en utilisant des données de séquençage génétique ainsi que des données épidémiologiques et de surveillance. Au début, seuls deux élevages de visons néerlandais étaient impliqués en avril 2020. Cela a été suivi par un examen de tous les élevages de visons du pays pour identifier les voies de transmission.
L’étude se concentre sur les résultats des 16 premières fermes où le vison s’est avéré infecté. Cela comprenait environ 100 personnes, la moitié avait un test RT-PCR positif et l’autre moitié un test sérologique positif. Environ 70% des personnes testées étaient globalement positives.
Sur les deux premières fermes trouvées infectées, une n’a eu aucun cas, et une avait un seul employé hospitalisé avant le premier entretien, mais tous les employés de la deuxième ferme avaient des anticorps contre le virus. Les séquences virales obtenues dans les deux fermes étaient distinctes, montrant que chaque ferme avait été infectée séparément.
Grappes de séquences chez les humains et les visons de la même ferme
Avec la ferme suivante, les employés ont d’abord été testés négatifs pour le virus, mais ont ensuite développé des symptômes. Plusieurs ont ensuite été testés positifs. Dans toutes ces fermes, les mêmes séquences ont été obtenues à partir d’humains infectés et de visons dans chaque ferme.
Il y avait cinq grappes différentes issues de 16 fermes de visons, mais les grappes ne semblaient suivre aucun modèle géographique, même si de nombreuses fermes au sein d’une grappe avaient le même propriétaire. Sur les 18 séquences des ouvriers agricoles de vison ou de leurs contacts étroits, de 7 fermes, les séquences humaine et vison étaient presque identiques. Cependant, dans deux fermes, les séquences de l’homme et du vison étaient différentes. Dans deux fermes, les séquences de vison d’une ferme sont regroupées avec les séquences humaines d’une autre en raison du mouvement du personnel entre les deux fermes.
Les grappes de séquences trouvées dans ces fermes différaient de celles trouvées dans les cas de COVID-19 dans la zone voisine. Cela exclut l’infection acquise par la communauté. L’infection ne semble pas non plus provenir de Pologne, une possibilité avec l’origine polonaise de nombreux migrants saisonniers.
Évolution virale rapide
Une particularité des infections de vison était l’évolution rapide du virus chez ces animaux, avec jusqu’à 12 polymorphismes et délétions de nucléotides uniques jusqu’à 9 nucléotides observés dans les séquences d’une ferme. Aucune de ces mutations n’était unique, étant également trouvée chez l’homme.
Près de 70% des ouvriers agricoles et leurs proches étaient infectés, ce qui montre que la présence d’une infection par le vison est un facteur de risque de COVID-19. Encore une fois, les substitutions C> U pour les substitutions U> C ont été récemment notées huit fois plus élevées. De telles substitutions sont un marqueur de l’adaptation de l’hôte. Ce marqueur était présent, bien qu’à un niveau inférieur, et 3,5 fois plus élevé dans les séquences de vison.
Le taux de substitution annuel estimé par site est d’environ 1,16 * 10 ^ -3 pour ce virus, soit environ une mutation par semaine. Cela explique la grande diversité des séquences et suggère que le virus circulait dans les élevages de visons depuis des semaines avant la détection du premier cas.
Le taux de mutation semble être relativement rapide car même lorsque la PCR est devenue négative une semaine avant le premier cas positif, les séquences isolées de cette ferme ont continué à montrer une diversité relative. Une des raisons pourrait être la densité élevée des visons, qui favorise la propagation virale et l’exposition à des doses élevées du virus.
Implications pour la santé publique
L’épidémie dans ces fermes semble provenir d’animaux puisque les séquences humaines et animales des fermes montrent une séparation phylogénétique des séquences dérivées de la communauté. Cependant, ces infections ne semblaient pas provoquer d’épidémies dans la communauté.
L’étude n’a pas pu identifier comment l’infection s’est propagée d’une ferme à l’autre, mais les auteurs suggèrent que des travailleurs temporaires, qui n’ont pas été testés, auraient pu être impliqués. Ils mettent en garde, « des infections par le SRAS-CoV-2 ont également été décrites dans des fermes de visons ailleurs. Il est impératif que la production de fourrure et le secteur commercial ne deviennent pas un réservoir pour les futures retombées du SRAS-CoV-2 sur les humains. »
