Dans une récente étude publiée sur Place de la recherche* serveur de prétirage, les chercheurs ont exploré les facteurs épidémiologiques du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) chez le cerf de Virginie.
Étude: Dynamique épidémiologique du SRAS-CoV-2 chez le cerf de Virginie. jemage Crédit : TonyCampbell/Shutterstock.com
*Avis important: medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
Sommaire
Arrière-plan
Le SRAS-CoV-2 a été détecté chez le cerf de Virginie (WTD) en 2020. En 2021, il y avait des preuves de la propagation régionale du SRAS-CoV-2 dans le WTD par des voies homme-cerf et cerf-chevreuil.
Les populations WTD pourraient devenir des hôtes réservoirs pour le SRAS-CoV-2, ce qui entraînerait la probabilité de persistance de variantes, l’émergence de nouvelles variantes et un retour dans les populations humaines en raison de la transmission endémique.
Lors d’une pandémie, la transmission entre espèces peut avoir des conséquences importantes sur la santé mondiale. Comprendre les causes des agents pathogènes zoonotiques est crucial pour éviter de telles conséquences.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont mesuré la prévalence de l’infection par le SRAS-CoV-2 chez les WTD nord-américains.
Entre octobre 2021 et septembre 2022, 10 722 échantillons de WTD ont été obtenus de 27 États et de Washington, DC. Des échantillons de WTD ont été collectés post mortem à partir de diverses sources, y compris des événements de gestion, des échantillons de chasseurs et des échantillons opportunistes de décès comme la mortalité routière. Les départements des ressources naturelles de l’État ont collecté ces échantillons.
Le Département de l’agriculture – Service d’inspection de la santé animale et végétale (USDA-APHIS), les Services de la faune et d’autres agences ont été impliqués. L’étude a enregistré le type de gestion et les paramètres spécifiques aux cerfs tels que le sexe et la classe d’âge.
Des échantillons ont été prélevés du nez ou de la bouche et analysés pour l’acide ribonucléique viral (ARN) du SRAS-CoV-2 à l’aide de la réaction en chaîne en temps réel de la transcriptase inverse-polymérase (rRT-PCR).
L’équipe a évalué la densité humaine pour tous les comtés. La proportion de terres dans chaque comté pouvant accueillir des populations WTD a été déterminée avec le modèle de distribution des espèces WTD du Gap Analysis Project (GAP).
Le référentiel du New York Times des cas de SRAS-CoV-2 a été utilisé pour calculer le taux de mortalité hebdomadaire du SRAS-CoV-2 chez l’homme dans chaque comté.
Résultats
Entre octobre 2021 et mars 2022, 10 217 échantillons d’écouvillons oraux et nasaux de WTD ont été testés dans 27 États et à Washington, DC. 13 % des échantillons ont été testés positifs pour l’ARN viral du SRAS-CoV-2.
Cet ARN viral était plus répandu chez les hommes que chez les femmes, malgré des échantillons de taille similaire collectés chez les deux sexes. Les taux de détection étaient comparables dans les groupes juvéniles et adultes, bien que l’échantillonnage ait été biaisé en faveur des adultes.
Une interaction significative entre le sexe et la méthode de gestion a été observée, mais aucun effet significatif n’a été trouvé pour la classe d’âge ou le type d’écouvillon. Les cerfs mâles avaient des taux d’infection plus élevés que les femelles dans les échantillons obtenus par la direction de l’agence, mais la différence était moins significative pour les cerfs mâles obtenus par les chasseurs.
La densité de la population humaine et l’habitat des cerfs ont un effet légèrement positif mais ne sont pas statistiquement significatifs. La prévalence de la WTD devrait passer de 10 % à 15 % entre octobre 2021 et mars 2022, la densité de la population humaine passant de 10 à 100 personnes par kilomètre carré.
La prévalence de la WTD devrait également augmenter de 10 % à 15 % entre octobre 2021 et mars 2022 à mesure que la proportion d’habitats WTD augmente.
Selon le modèle, il y avait une corrélation entre la prévalence du SRAS-CoV-2 chez les WTD et le taux d’infection chez l’homme. Le modèle a utilisé le taux de mortalité SARS-CoV-2 humain décalé comme indicateur indirect de l’infection.
Le modèle suggère que la probabilité de prévalence de la WTD augmente de 13% avec chaque 11 décès humains supplémentaires pour 100 000 habitants du comté. Le modèle a également révélé qu’environ 10% des WTD positifs détectés entre octobre 2021 et mars 2022 résultaient d’une pression d’infection humaine.
Entre octobre 2021 et mars 2022, les taux de prévalence moyens étaient plus élevés sur la côte est que dans les régions du centre et du sud-ouest.
La prévalence apparente moyenne au niveau du comté a montré des valeurs plus extrêmes que les estimations moyennes dans le temps pour les comtés ayant de faibles tailles d’échantillon. Le pic de prévalence dans la gamme de WTD évalués a montré une variation spatiale.
Conclusion
Les résultats de l’étude ont montré que le SRAS-CoV-2 a été trouvé dans les populations de cerfs de Virginie dans la plupart des comtés où ils sont présents. Les estimations du temps de prévalence maximale de l’infection étaient comparables dans plusieurs comtés échantillonnés, ce qui indique que la transmission par débordement de l’homme au cerf peut avoir été généralisée.
La quantification de la dynamique des maladies et des variables de risque est cruciale pour développer des stratégies efficaces pour freiner, surveiller et contrôler les maladies zoonotiques. Les données de surveillance peuvent être analysées à l’aide de modèles pour estimer la prévalence de la maladie dans l’espace et dans le temps, ce qui peut aider à combler les lacunes dans la collecte de données.
L’analyse spatiale des trajectoires reconstruites de la maladie peut aider à identifier les zones touchées par la maladie et peuvent présenter un risque plus élevé de futures épidémies.
En conclusion, des équipes similaires de prévalence maximale de l’infection dans divers comtés fournissent des preuves de la transmission de l’homme au cerf. Cependant, les estimations généralisées du nombre de reproductions épidémiologiques locales suggèrent que la transmission de cerf à cerf est également probable. Le modèle d’études a estimé que 10% des WTD infectés provenaient de la pression d’infection humaine.
*Avis important: medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
