La plupart des conversations sur le lait maternel ont tendance à se concentrer sur des sujets tels que les nutriments, les anticorps et le temps de liaison plutôt que sur les bactéries. Mais il s'avère que le lait maternel transporte sa propre petite communauté de microbes, et ces passagers peuvent contribuer à façonner le microbiome intestinal en développement d'un bébé, ce qui peut à son tour avoir un impact sur l'absorption des nutriments, la régulation métabolique, le développement du système immunitaire, etc.
Une nouvelle étude publiée dans Communications naturelles fournit l'un des portraits les plus détaillés à ce jour de la façon dont différentes combinaisons de bactéries présentes dans le lait maternel contribuent à l'assemblage des microbiomes intestinaux des nourrissons.
Cartographier le microbiome du lait
Le microbiome du lait maternel est notoirement difficile à analyser car la teneur élevée en matières grasses du lait et sa charge bactérienne relativement faible compliquent le processus d'extraction du matériel génomique.
« Le lait maternel est la seule source de nutrition recommandée pour les premiers mois de la vie d'un nourrisson, mais des questions importantes sur le microbiome du lait restent sans réponse car les défis analytiques sont intimidants », a déclaré la première auteure, Pamela Ferretti, PhD, chercheuse postdoctorale au laboratoire Blekhman de l'Université de Chicago. « Nous avons décidé de nous lancer dans cette entreprise parce que notre collaboration représentait une opportunité unique de combiner des ressources clés. »
Ces ressources comprenaient des centaines d'échantillons de lait collectés dans le cadre de l'étude Mothers and Infants LinKed for Healthy Growth (MILk), dirigée par Ellen Demerath, PhD, à l'Université du Minnesota et par David Fields, PhD, au Centre des sciences de la santé de l'Université d'Oklahoma. Du côté d'UChicago, Ferretti et ses collègues ont eu accès à des outils métagénomiques et à une expérience approfondie des données sur le microbiome, y compris l'expertise très spécifique de Ferretti dans les microbiomes infantiles et l'analyse de la transmission. Dans ses recherches précédentes, elle a étudié comment différents sites du corps maternel – tels que la bouche, la peau et la cavité vaginale – contribuaient aux microbiomes du nourrisson.
En analysant 507 échantillons de lait maternel et de selles de nourrissons provenant de 195 couples mère-enfant, l'équipe a découvert que le lait maternel contenait un mélange distinct d'espèces bactériennes dominées par le genre bifidobactéries, notamment Bifidobactérie longue, B. brève, et B. bifidum. Plus de la moitié des échantillons de lait transportés B. longumune espèce abondante dans plus de 98 % des microbiomes intestinaux des nourrissons.
« Même si B. longum est bien documenté comme étant très répandu dans l'intestin du nourrisson, il était surprenant de trouver une signature aussi forte de cette espèce dans les échantillons de lait maternel, car les études précédentes sur le lait rapportaient principalement d'autres taxons bactériens comme Staphylocoque et Streptocoque« , a déclaré Ferretti. « Nous pensons que ces résultats inciteront à une réévaluation dans le domaine. »
Traçage des microbes du lait jusqu'à l'intestin du nourrisson
La plupart des études antérieures analysant l’ADN bactérien dans le lait maternel utilisaient une technique relativement peu coûteuse et rapide appelée séquençage d’amplicons, qui cible un nombre limité de régions génomiques prédéterminées pour chaque expérience. Cette méthode permet d’identifier efficacement les espèces au sein d’un échantillon mixte, mais elle laisse la plupart du génome bactérien non examiné.
« L'analyse métagénomique est plus délicate et plus compliquée, mais elle s'est vraiment avérée payante car elle nous a permis d'obtenir des informations au niveau de différentes souches bactériennes – ce qui est essentiel, car c'est le seul niveau où nous pouvons réellement prétendre connaître la transmission », a déclaré Ferretti.
Le document rapporte 12 cas dans lesquels la même souche a été trouvée dans le lait maternel d'une mère et dans l'intestin de son nourrisson, ce qui indique très clairement que la transmission se produit verticalement via l'allaitement.
Certaines de ces souches partagées étaient des espèces commensales bénéfiques telles que B. longum et B. bifidumqui aident à digérer les sucres du lait maternel et favorisent un développement intestinal sain. D'autres, cependant, étaient des pathobiontes – des microbes comme E. coli et Klebsiella pneumoniae qui peuvent vivre sans danger chez des individus en bonne santé, mais peuvent potentiellement provoquer une infection dans certaines conditions. Les auteurs notent que toutes les mères et tous les nourrissons participant à l'étude étaient en bonne santé, ce qui indique que la présence de ces espèces dans le lait ne signale pas en soi une maladie mais reflète plutôt la diversité microbienne qui peut être transférée pendant l'allaitement.
Il est intéressant de noter que l'équipe a également observé des souches spécifiques de bactéries généralement associées à la bouche, telles que Streptocoque salivaire et Veillonelle espèces – dans les échantillons de lait. Ils ont réalisé qu'il s'agissait d'une preuve potentielle d'un « flux rétrograde » pendant l'allaitement : à mesure que le bébé tète, d'infimes quantités de bactéries buccales peuvent retourner dans le mamelon et les conduits et faire partie du microbiome du lait.
Étendre la recherche sur le lait maternel
Ferretti a noté que l'étude met non seulement en lumière la transmission microbienne, mais comble également une lacune majeure dans les données disponibles pour les scientifiques qui étudient la santé des jeunes enfants.
« Cette étude a presque doublé le nombre d'échantillons métagénomiques de lait maternel accessibles au public et les associe à des informations détaillées sur la santé et le mode de vie des mères », a déclaré Ferretti. « Nous espérons que nos résultats et nos analyses futures utilisant cet ensemble de données feront vraiment avancer le domaine. »
Dans des études ultérieures, les chercheurs espèrent faire passer leur analyse au niveau supérieur avec une approche multi-omique, notamment en analysant des métabolites comme les oligosaccharides du lait maternel (HMO) et en examinant « l'exposome » de facteurs environnementaux comme les PFAS et la résistance aux antimicrobiens qui peuvent être transmis par le lait.
« En fin de compte, nous souhaitons examiner des trajectoires de santé plus longues pour voir si les facteurs liés au lait maternel et au début de la vie sont prédictifs des résultats en matière de santé plus tard dans la vie », a déclaré Ferretti.
« L'assemblage du microbiome intestinal et du résistome du nourrisson est lié à des souches bactériennes présentes dans le lait maternel » a été publié en accès anticipé en novembre 2025 dans Communication naturelle. Les co-auteurs incluent Pamela Ferretti, Mattea Allert, Kelsey E. Johnson, Marco Rossi, Timothy Heisel, Sara Gonia, Dan Knights, David A. Fields, Frank W. Albert, Ellen W. Demerath, Cheryl A. Gale et Ran Blekhman.
