Dans une étude récente publiée dans le Microbiologie naturelle journal, les chercheurs ont étudié les caractéristiques de l’infection par la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) chez les personnes convalescentes et vaccinées.
Diverses études ont rapporté plusieurs aspects des épitopes des lymphocytes T spécifiques au coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2). Cependant, des recherches approfondies sont nécessaires pour comprendre les caractéristiques des cibles épitopiques des lymphocytes T spécifiques du SRAS-CoV-2 par infection et par les réponses induites par le vaccin.
Étude : Répertoire d’épitopes des lymphocytes T spécifiques au SRAS-CoV-2 chez des personnes convalescentes et vaccinées par l’ARNm. Crédit d’image : Shutterstock / Design_Cells
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont estimé l’épitope des cellules T spécifiques du SRAS-CoV-2 chez les personnes convalescentes qui avaient signalé une guérison du COVID-19 et les personnes qui avaient reçu deux et trois doses d’acide ribonucléique messager SARS-CoV-2 Pfizer/ BioNTech ( ARNm) vaccin.
L’équipe a d’abord cartographié la réponse globale du CD8 spécifique au SRAS-CoV-2+ Réponse des lymphocytes T contre les épitopes de lymphocytes T CD8+ spécifiques à l’antigène leucocytaire humain (HLA) restreints dans des cultures de lymphocytes T spécifiques à l’épitope. Une coloration à l’interféron-γ (IFN-γ) a ensuite été réalisée sur les cultures. L’équipe a également comparé les séquences virales des variantes SARS-CoV-2 de type sauvage (WT) B et Omicron (B.1.1.529).
Pour évaluer l’étendue de CD8+ Réponses des lymphocytes T parmi les personnes convalescentes par rapport aux personnes vaccinées, l’équipe a examiné les peptides qui se chevauchent (OLP) présents dans l’ensemble de la protéine de pointe SARS-CoV-2. Pour tous les CD8 positifs+ Réponses des lymphocytes T, les chercheurs ont estimé l’OLP pour les épitopes optimaux restreints au HLA exprimés par chaque participant. L’équipe a également mené une en silicone analyse qui a prédit la restriction HLA la plus probable et l’épitope optimal. CD4+ Les réponses des lymphocytes T ont également été analysées à l’aide d’OLP qui couvraient la protéine S.
L’équipe a ensuite évalué l’impact des réponses des lymphocytes T induites par le vaccin de rappel ou l’infection sur le CD8 S-spécifique+ Réponses des lymphocytes T en utilisant les peptides S chevauchants qui ont cartographié le CD4 spécifique du S+ et CD8+ Réponses des lymphocytes T chez les personnes triplement vaccinées ainsi que chez les convalescents qui avaient reçu une dose de rappel d’ARNm. Le CD8 spécifique au S observé+ Les réponses des lymphocytes T après la vaccination par l’ARNm ont été analysées à l’aide des réponses des lymphocytes T ciblant des régions hautement conservées dans le SRAS-CoV-2 chez les personnes vaccinées et convalescentes.
Résultats
Les résultats de l’étude ont montré que CD8+ Les réponses des lymphocytes T parmi les participants convalescents ont ciblé la plupart des épitopes spécifiques du SRAS-CoV-2 présents dans la protéine virale. Notamment, chez les personnes vaccinées, le CD8+ Les réponses des lymphocytes T étaient dirigées contre les épitopes de la pointe (S) du SRAS-CoV-2. De plus, quelques-uns des CD8+ Les réponses des lymphocytes T ciblaient les épitopes non S, tandis que l’épitope HLA-B*07/N était la cible principale.
CD8 spécifique à S individuel+ Les réponses des lymphocytes T étaient plus susceptibles d’être ciblées chez les personnes vaccinées que chez les personnes convalescentes. De plus, le CD8 spécifique au S+ Les réponses des lymphocytes T étaient plus larges chez les personnes vaccinées que chez les convalescents. En comparant les séquences virales présentes dans les souches SARS-CoV-2 WT et Omicron, l’équipe a observé qu’un seul épitope optimal des lymphocytes T CD8+ était affecté par la variation des séquences virales dans les sous-variantes Omicron BA.1 et BA.2.
un,bNombre, emplacement et pourcentages de CD8 spécifiques aux pics+ et CD4+ Réponses des lymphocytes T aux LPO qui sont détectables chez les vaccinés contre le SRAS-CoV-2 après la deuxième par rapport à la troisième dose de vaccin à ARNm Pfizer/BioNTech (bnt162b2, mesuré 2 à 4 semaines après la vaccination) (un) et chez les personnes convalescentes du SRAS-CoV-2 qui ont ensuite reçu une dose unique de rappel d’ARNm Pfizer/BioNTech (bnt162b2, mesuré 2 semaines après la vaccination) (b). Les cartes thermiques représentent chacune les données d’un individu représentatif. Les épitopes ciblés avec des variations de séquence dans Omicron/B.1.1.529, BA.1 sont marqués en rouge. c,réVaccinés et personnes convalescentes avec CD8+ (c) et CD4+ (ré) Les réponses des lymphocytes T à l’intérieur et à l’extérieur des régions de balayage sélectif hautement conservées dans la protéine de pointe sont présentées. L’analyse statistique a été réalisée avec un test bilatéral de Wilcoxon à paires appariées signé.
Chez les personnes convalescentes, aucun des allèles HLA de classe I n’a montré la restriction de plus de deux CD8 S-spécifiques.+ réponses des lymphocytes T, alors que chez les personnes vaccinées, plusieurs allèles HLA restreignaient au moins cinq CD8 S spécifiques+ Réponses des lymphocytes T. De plus, des CD8 plus spécifiques à S+ Les réponses des lymphocytes T ont été observées par personne vaccinée par rapport aux personnes convalescentes. Cela indique la plus grande étendue de CD8+ Réponses des lymphocytes T dans la cohorte vaccinée.
L’équipe a également observé que le CD4 spécifique au S+ Les réponses des lymphocytes T étaient plus limitées après la vaccination qu’après l’infection par le SRAS-CoV-2. En particulier, un nombre inférieur de CD4 spécifiques au S+ Les réponses des lymphocytes T étaient limitées par les allèles HLA, tandis que moins de CD4+ Les réponses des lymphocytes T ont été détectées chez les individus vaccinés par rapport aux personnes convalescentes.
Le CD4+ et CD8+ Les réponses des lymphocytes T spécifiques S étaient comparativement plus stables dans le temps chez les personnes vaccinées ainsi que chez les personnes convalescentes. Notamment, peu de CD4 spécifiques au S+ Les réponses des lymphocytes T observées chez les individus vaccinés ont affiché une conservation élevée entre les variantes SARS-CoV-2 WT et Omicron BA.1 et BA.2. De plus, la vaccination par ARNm a également augmenté le CD8+ Réponses des lymphocytes T ciblant les épitopes S-spécifiques conservés.
L’équipe a observé que les régions de balayage sélectionnées dans le SRAS-CoV-2 présentaient une forte homologie d’acides aminés parmi les variants émergents du SRAS-CoV-2 préoccupants. Une homologie complète a été trouvée dans la variante SARS-CoV-2 Delta, une mutation ponctuelle a été trouvée dans les variantes Alpha ou Beta, deux mutations dans la variante Gamma, sept mutations ponctuelles dans la variante Omicron BA.1 et neuf mutations ponctuelles dans le Variante Omicron BA.2. De plus, le CD8 spécifique au S+ Les réponses des lymphocytes T ont été trouvées plus chez les individus convalescents que dans la population vaccinée.
Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont mis en évidence l’importance du CD8 spécifique SARS-CoV-2 S induit par le vaccin ARNm+ Réponses des lymphocytes T spécifiques au S contre les infections et la progression de la maladie des variants du SRAS-CoV-2 préoccupants.
