Les chercheurs examinent de près les communautés invisibles de microbes dans la bouche

La plupart des gens savent qu'une bonne hygiène buccale – brossage, soie dentaire et visites dentaires régulières – est liée à une bonne santé. Les chercheurs du microbiome de la Colorado State University offrent de nouvelles preuves à l'appui de cette sagesse conventionnelle, en examinant de près les communautés invisibles de microbes qui vivent dans chaque bouche.

Le microbiome oral – la somme totale des micro-organismes, y compris les bactéries et les champignons, qui occupent la bouche humaine – a fait l'objet d'une étude citoyenne et citoyenne menée par le laboratoire de recherche de Jessica Metcalf au CSU et l'équipe de recherche de Nicole Garneau au Denver Musée de la nature et des sciences. Publié dans Rapports scientifiques, l'étude a révélé, entre autres, une corrélation entre les personnes qui ne visitaient pas régulièrement le dentiste et une présence accrue d'un agent pathogène qui cause la maladie parodontale.

Pour les expériences, menées par l'équipe scientifique communautaire de Garneau dans le laboratoire Génétique du goût du musée, un large échantillon de visiteurs du musée s'est soumis à un écouvillon et a répondu à des questions simples sur leurs caractéristiques démographiques, leurs modes de vie et leurs habitudes de vie. Les données de séquençage d'ADN microbien analysées par le groupe de Metcalf ont révélé, d'une manière générale, que les habitudes de santé bucco-dentaire affectent les communautés de bactéries dans la bouche. L'étude a souligné la nécessité de considérer la santé bucco-dentaire comme fortement liée à la santé de tout le corps.

Notre étude a également montré que le crowdsourcing et l'utilisation de scientifiques communautaires peuvent être un très bon moyen d'obtenir ce type de données, sans avoir à utiliser de grandes études contrôlées par cas. « 

Zach Burcham, chercheur postdoctoral et auteur principal de l'article

L'auteur principal Metcalf est professeur agrégé au Département des sciences animales et membre du Microbiome Network de la CSU.

Écouvillons de joue

En 2015, la co-auteure Garneau et son équipe ont formé des scientifiques citoyens bénévoles à l'utilisation de grands tampons pour collecter les cellules des joues des visiteurs du musée – une population naturellement diversifiée – qui ont consenti à l'étude. Ces citoyens citoyens formés ont aidé à recueillir des écouvillons auprès de 366 personnes – 181 adultes et 185 jeunes de 8 à 17 ans.

L'impulsion initiale de l'étude était de déterminer si et dans quelle mesure le microbiome oral contribue à la façon dont les gens goûtent les choses sucrées. En collectant ces données, qui ont également été rapportées dans le document, les chercheurs ont noté des points de données plus importants sur les habitudes de santé bucco-dentaire.

Pour aider à traduire les données, Garneau s'est tourné vers l'équipe d'experts de Metcalf au CSU. Burcham et les scientifiques du microbiome ont utilisé des outils sophistiqués de séquençage et d'analyse pour déterminer quels microbes étaient présents dans quelles bouches. Le séquençage des données a été effectué en collaboration avec des scientifiques du groupe de Rob Knight à l'Université de Californie à San Diego. Une équipe de nutrition de la Michigan State University a également apporté son expertise sur l'importance des relations entre l'enfant et la mère dans l'analyse des données.

« Ensemble, nous avions une équipe de rêve pour utiliser la science communautaire pour répondre à des questions complexes sur la santé humaine et la nutrition, en utilisant un séquençage et une analyse microbienne de pointe », a déclaré Garneau.

Soie dentaire et soins dentaires réguliers

L'étude a regroupé les personnes qui utilisaient la soie dentaire ou non (presque tout le monde a dit qu'elle s'était brossée les dents, ce n'était donc pas un point de données utile). Les participants qui utilisaient la soie dentaire se sont révélés avoir une diversité microbienne plus faible dans leur bouche que les non-soie dentaire. Cela est probablement dû à l'élimination physique des bactéries qui pourraient provoquer une inflammation ou une maladie.

Les adultes qui étaient allés chez un dentiste au cours des trois derniers mois avaient une diversité microbienne globale dans la bouche plus faible que ceux qui n'étaient pas allés depuis 12 mois ou plus, et avaient moins de l'agent pathogène oral causant des maladies parodontales, le Treponema. Ceci, encore une fois, était probablement dû au nettoyage dentaire éliminant les taxons bactériens plus rares dans la bouche. Les jeunes avaient généralement eu une visite dentaire plus récemment que les adultes.

Les microbiomes des jeunes différaient entre les hommes et les femmes et selon le poids. Les enfants considérés obèses selon leurs indices de masse corporelle avaient des microbiomes distincts par rapport aux enfants non obèses. Les enfants obèses avaient également tendance à avoir des niveaux plus élevés de tréponème, le même agent pathogène trouvé chez les adultes qui n'étaient pas allés chez le dentiste depuis plus d'un an. En d'autres termes, les chercheurs ont vu un lien possible entre l'obésité infantile et les maladies parodontales. « C'était très intéressant pour moi, car nous avons pu détecter ces données dans une population aussi générale, avec un groupe de personnes aussi variable », a déclaré Burcham.

Autres données découvertes: les microbiomes des participants les plus jeunes, principalement dans la fourchette des 8 à 9 ans, étaient plus diversifiés que ceux des adultes. Cependant, les microbiomes adultes variaient plus largement d'une personne à l'autre. Les chercheurs pensent que cela est dû au fait que les environnements et les régimes alimentaires des adultes sont plus variés que les enfants.

Ils ont également vu que les personnes vivant dans le même ménage partageaient des microbiomes oraux similaires.

« Lorsque vous regardez les familles qui vivent ensemble, vous constatez qu'elles partagent plus de ces taxons rares, les bactéries qui ne se trouvent pas aussi souvent en abondance plus élevée », a expliqué Burcham. C'était un point de données qui a souligné la pertinence de l'environnement bâti en relation avec les communautés microbiennes de notre corps.

Le travail sur l'étude de la bouche était fascinant, bien qu'en dehors de la portée normale de Burcham; il se concentre généralement sur l'étude de l'écologie microbienne de la décomposition.

« Je pense que la façon dont nos vies sont essentiellement motivées par nos microbiomes et affectées par nos microbiomes est intéressante, quel que soit le système que nous examinons », a déclaré Burcham.