Oncotarget ont publié « Predicting Clinical Results Using Cancer Progression Associated Signatures », qui rapporte que les signatures de mutations somatiques sont une facette informative de l’étiologie du cancer, mais elles sont rarement utiles pour prédire l’évolution des patients.
Le but de cette étude est d’évaluer l’utilité d’un panel de 142 métriques associées à la signature des mutations pour prédire la progression du cancer chez les patients d’un ‘Atlas du pancancer de la TCGA‘ cohorte.
Des modèles d’apprentissage automatique spécifiques au cancer ont été construits à l’aide des résultats du panel P142 pour prédire l’état de survie sans progression du patient en tant que « PFS élevé » ou alors « Faible PFS« .
Les modèles ont prédit avec précision l’état de la SSP pour plusieurs types de cancer, notamment le carcinome corticosurrénalien, le gliome, le mésothéliome et le sarcome.
En conclusion, le panel de métriques P142 a prédit avec succès l’état de progression du cancer chez les patients avec certains, mais pas tous les types de cancer analysés.
Le cancer est l’une des principales causes de mortalité humaine dans le monde et l’incidence du cancer devrait augmenter à mesure que notre espérance de vie moyenne augmente. »
Dr. Mamrot, The GMDx Group Ltd, The Monash University
En outre, l’accumulation de mutations spécifiques associées à la désaminase chez un patient peut fournir des informations précieuses sur la façon dont le cancer s’est développé et, dans des cas spécifiques, fournir des informations sur le taux de progression de la maladie et la réponse probable à des traitements spécifiques.
Des recherches antérieures ont montré que, lorsqu’elles sont combinées avec le contexte de codon des motifs ciblés pour les cytosine et l’adénosine désaminases, comme décrit par Lindley, les signatures de mutations associées à la désaminase peuvent être utilisées pour stratifier les patientes atteintes d’un cancer de l’ovaire séreux de haut grade dans le long terme. et les survivants à court terme.
Il s’agit de la première application de ces mesures associées à la désaminase pour prédire la progression du cancer et les résultats pour les patients.
Le but de cette étude est d’évaluer l’efficacité d’un panel de 142 métriques associées à la désaminase pour prédire le taux de progression du cancer chez des patients sélectionnés dans la cohorte The Cancer Genome Atlas PanCancer Atlas.
Les métriques P142 évaluées dans cette étude sont définies et décrites dans le tableau supplémentaire
1. Les auteurs émettent l’hypothèse que les marqueurs P142 associés à la désamination AID/APOBEC et ADAR et au contexte du cadre de lecture des codons peuvent être utilisés pour prédire la progression du cancer chez les patients atteints de différents types de cancer.
L’équipe de recherche Mamrot a conclu dans son résultat de recherche Oncotarget : « nous avons identifié une corrélation entre les résultats des patients atteints de cancer et les changements dans les paramètres associés à la mutagenèse de la désaminase dans certains types de cancer étudiés, mais pas tous. Les explications moléculaires potentielles de cette observation sont basées sur notre compréhension évolutive de la mutagenèse de l’ADN désaminase dérégulée, des voies de réparation ADN-ARN perturbées et de la production de protéines aberrantes qui en découle.
Une enquête plus approfondie à l’aide d’études prospectives conçues à cet effet améliorerait probablement l’efficacité des modèles d’apprentissage automatique et fournirait une évaluation plus précise de l’utilité potentielle de cette approche. Cette étude fournit une base pour le développement ultérieur de panels de biomarqueurs basés sur des métriques associées à la mutagenèse de la désaminase pour prédire la progression du cancer et le devenir des patients. »
La source:
Référence de la revue :
Mamrot, J., et al. (2021) Prédire les résultats cliniques à l’aide de signatures associées à la progression du cancer. Oncotarget. doi.org/10.18632/oncotarget.27934.
