Les gènes de résistance aux antibiotiques (ARG) – segments d’ADN qui aident les bactéries à survivre aux effets des antibiotiques – peuvent être présents chez les nouveau-nés au cours des premières heures de leur vie, selon une étude présentée à l’ESCMID Global 2026.
L’étude a analysé des échantillons de méconium provenant de 105 nourrissons admis dans une unité de soins intensifs néonatals (USIN) au cours des 72 premières heures de vie entre juillet 2024 et juillet 2025. L’étude faisait partie d’un projet de recherche multidisciplinaire dirigé par le professeur Elias Iosifidis de l’Université Aristote de Thessalonique, impliquant des spécialistes des maladies infectieuses pédiatriques, des néonatologistes et des chercheurs en microbiologie moléculaire.
Le méconium, la première selle évacuée par les nouveau-nés, était traditionnellement considéré comme stérile. Cependant, des études moléculaires récentes ont détecté du matériel génétique microbien dans des échantillons de méconium, ce qui suggère que l'intestin néonatal peut être exposé à des bactéries pendant la grossesse. Cette exposition microbienne précoce a été proposée comme un contributeur potentiel au développement de la résistance aux antibiotiques. Des ARG ont été détectés dans des échantillons de méconium, et leur présence à ce stade précoce peut faciliter la propagation de la résistance par transfert horizontal de gènes entre bactéries. Sur cette base, les chercheurs ont examiné les échantillons pour détecter 56 gènes de résistance différents associés aux antibiotiques couramment utilisés.
Il s'agit de la plus grande étude de ce type explorant l'effet de l'environnement hospitalier sur la collecte d'ARG dans l'intestin néonatal. Nous avons analysé des échantillons de méconium au cours des 72 premières heures de vie pour capturer le premier instantané de l'exposition microbienne et génétique chez les nouveau-nés. À ce stade, la collection de gènes de résistance est principalement façonnée par la transmission maternelle, le mode d’accouchement et les expositions très précoces à l’hôpital. »
Dr Argyro Ftergioti, auteur principal
Les gènes les plus fréquemment détectés étaient oqxA (dans 98 % des échantillons) et qnrs (96 %), qui ont été associées à une résistance à certains antibiotiques couramment utilisés. L’étude a également identifié plusieurs gènes codant pour les bêta-lactamases, des enzymes qui décomposent les antibiotiques largement utilisés. Parmi ceux-ci, les plus répandus étaient blaCTXM (55%), blaCMJ (51%) et blaSHV (39%). Des gènes liés à la résistance aux carbapénèmes, une classe d'antibiotiques de dernière intention, ont été détectés dans 21 % des échantillons. Chaque échantillon contenait en moyenne huit gènes de résistance.
« Cette découverte suggère qu'un modèle d'ARG est déjà établi à ce stade. L'intestin néonatal abrite un résistome diversifié, et la présence d'ARG cliniquement importants si tôt dans la vie est préoccupante », a ajouté le Dr Ftergioti.
« Même si certains ARG étaient attendus, leur forte prévalence dans la majorité des échantillons était frappante, en particulier pour les gènes cliniquement critiques offrant une résistance aux carbapénèmes. »
L'étude a également identifié des associations entre les gènes de résistance et plusieurs facteurs maternels et néonatals. La présence du msra (résistance au macrolide-streptogramine) était associé à l'hospitalisation de la mère pendant la grossesse, tandis qu'un nombre plus élevé de gènes de résistance était associé à la pose d'un cathéter veineux central au cours des premières 24 heures de la vie. Les deux résultats reflètent probablement une exposition à des microbes associés aux soins de santé en milieu hospitalier.
« Étonnamment, la réanimation peu de temps après la naissance a été associée à moins de gènes de résistance. Nous attirons toutefois votre attention sur le fait que ce résultat doit être interprété avec prudence, car il peut refléter des différences dans l'exposition microbienne précoce ou d'autres facteurs cliniques », a noté le Dr Ftergioti.
Dans l’ensemble, les résultats suggèrent que les transmissions maternelles et l’exposition précoce à l’environnement hospitalier pourraient contribuer à l’établissement d’ARG dans l’intestin néonatal.
« Bien que des recherches supplémentaires soient nécessaires pour comprendre comment le portage précoce de gènes de résistance affecte le développement du microbiome et le risque d'infection, ces résultats soulignent l'importance de la surveillance, de la prévention et du contrôle des infections dans les soins néonatals », a conclu le Dr Ftergioti.
