Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) se propage d’humain à humain principalement par la transmission de gouttelettes. L’ARN viral peut être détecté dans les sécrétions nasales et salivaires, et les éternuements et la toux des gouttelettes porteuses du virus peuvent entraîner l’infection d’individus à plus d’un mètre de distance.
Étude : SARS-CoV-2 et eaux usées : qu’est-ce que cela signifie pour les primates non humains ?. Crédit d’image: slowmotiongli/Shutterstock
Le virus peut également rester en suspension dans l’air jusqu’à une heure. Le mode de transmission, la forte infectiosité de la maladie et le danger posé aux personnes à risque ont conduit de nombreux pays dans le monde à imposer des restrictions de masse, notamment des confinements, des restrictions de distanciation sociale et des masques obligatoires dans tous les lieux publics.
Le SRAS-CoV-2 peut également se propager par les excréments et les eaux usées. Dans les pays économiquement plus développés, l’assainissement et le traitement des eaux usées modernes minimisent la probabilité de transmission et de dommages à l’écologie locale. Cependant, dans les pays disposant de moins d’options de traitement et d’élimination des eaux usées, on craint que les eaux usées rejetées dans les systèmes d’eau naturels ne conduisent à une exposition des primates non humains (PSN) au SRAS-CoV-2.
La maladie a déjà montré une capacité anthropozoonotique, avec des souches qui infectent le vison, plusieurs rongeurs et de nombreux primates. Dans une étude publiée dans le Journal américain de primatologie, des chercheurs de l’Université Dalhousie à Halifax ont étudié le potentiel de propagation du SRAS-CoV-2 aux PSN par les eaux usées.
Fond
Une grande partie de la pathogénicité du SARS-CoV-2 est due à la protéine de pointe. De nombreuses copies de cet homotrimère sont présentes à la surface de la molécule cellulaire virale. La protéine de pointe comprend deux sous-unités : S1, qui contient un domaine de liaison au récepteur (RBD) qui peut se lier à plusieurs récepteurs, mais se lie principalement à l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2) pour permettre l’entrée des cellules virales, et S2, qui est responsable pour la fusion membranaire. De nombreuses variantes préoccupantes présentent des conformations différentes de la protéine de pointe, ce qui explique en partie pourquoi elles provoquent une réponse immunitaire initiale plus faible chez les individus vaccinés et précédemment convalescents.
L’étude
Les chercheurs ont identifié plusieurs primates considérés comme présentant un risque particulier d’infections par le SRAS-CoV-2. Les chimpanzés ont montré une infection par des coronavirus humains antérieurs. Les singes/singes africains et asiatiques devraient également être sensibles, montrant des séquences ACE2 similaires à celles des humains. Heureusement, des mutations faux-sens peuvent protéger une partie de leur population. Le singe vert d’Afrique de l’Ouest/des Caraïbes en est un excellent exemple : un faux-sens courant de l’ACE2 dans cet organisme réduit probablement l’affinité du RBD pour l’ACE2. D’autres modèles ont jusqu’à présent soutenu ces prédictions, le ouistiti commun étant prédit comme ayant une forte probabilité d’éviter l’infection – ce qui a depuis été observé. Chez les singes sensibles, les schémas de la maladie varient, mais l’âge de l’organisme semble rester un facteur de risque important.
Bien qu’il existe peu de preuves de la propagation actuelle du SRAS-CoV-2 aux populations de PSN par les eaux usées entrant dans les sources d’eau naturelles, il a été démontré que les PSN ont été infectés par des maladies humaines provenant des eaux usées dans le passé. Les chimpanzés exposés aux eaux usées du parc national de Gombe ont lutté contre des infections répétées à Cryptosporidium.
Cependant, les chercheurs concluent que les eaux usées se déversant dans les sources d’eau naturelles sont une source improbable d’infection par le SRAS-CoV-2 dans les PSN. Une étude de 2020 a montré que le SARS-CoV-2 subit une réduction de 90% de la viabilité après seulement 1,5 jour dans les eaux usées à température ambiante et 1,7 dans l’eau du robinet.
À des températures plus élevées, il est probable que le virus se dégrade encore plus rapidement. Compte tenu de l’énorme dilution consécutive à l’entrée des eaux usées dans les grands lacs et rivières, il n’est pas réaliste de propager la maladie aux populations de PSN par l’intermédiaire de ces vecteurs. Le SRAS-CoV-2 n’a jamais été isolé dans des eaux contaminées par les eaux usées. Les chercheurs postulent que les inquiétudes initiales concernant cette voie étaient motivées par des études à petite échelle sur des cellules en culture et des malentendus dus aux premières recherches.
Cependant, les eaux usées fraîches dans les zones densément peuplées restent une préoccupation. De nombreuses formes de primates cherchent à résider dans les villes humaines et ont des contacts importants avec les humains. Lors de l’épidémie initiale de coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-1), l’épidémie à Amoy Gardens était liée à une panne de plomberie. Les flaques d’égout des rues de Guangzhou, en Chine, ont été liées à des épidémies et ont été testées positives pour la maladie.
Conclusion
Les chercheurs soulignent l’importance des PSN dans la recherche biomédicale et appellent à des mesures pour les protéger des eaux usées humaines fraîches. Ils soutiennent que si les PSN sont autorisés à rester un réservoir de variantes du SRAS-CoV-2, les résultats zoonotiques secondaires pourraient entraîner une nouvelle propagation pandémique à l’avenir, et proposent plusieurs mesures, notamment la surveillance des eaux usées et potentiellement la vaccination des PSN pour protéger leur population.
