Le nombre de variantes de COVID-19 augmente rapidement, à tel point que l’ampleur et la portée de la mutation peuvent constituer une menace pour la poursuite de l’utilisation réussie des vaccins et thérapies actuels.
Les résultats, par une équipe internationale qui comprend des chercheurs de l’Université de Californie, sont publiés dans l’édition de juin de la revue à comité de lecture EMBO Médecine moléculaire. Le rythme de variation des souches du virus SARS-CoV-2 montre clairement la menace que de nouvelles souches en évolution rapide pourraient donner lieu à des variantes d’échappement, capables de limiter l’efficacité des vaccins, des thérapies et des tests de diagnostic.
« Alors qu’il n’y avait qu’une dizaine de mutations dominantes du virus dans le monde en avril 2020, leur nombre était passé à environ 100 mutations au printemps 2021 », a déclaré le Dr Christina Ramirez., Professeur de biostatistique à l’UCLA Fielding School of Public Health et co-auteur principal de l’étude, qui a examiné les mutations dans les séquences d’ARN du SRAS-CoV-2 isolées entre janvier 2020 et mars 2021.
Tout au long de 2020 et au premier trimestre de 2021, davantage de mutations combinées ont été trouvées et se sont propagées rapidement, malgré les blocages et autres efforts pour contenir la propagation. La vitesse à laquelle le virus a voyagé, même pendant les confinements, souligne la difficulté de supprimer la transmission de virus respiratoires hautement contagieux. »
Dr Christineun ramirez, Professeur, Biostatistique, UCLA Fielding School of Public Health
L’équipe de recherche, composée de scientifiques de l’UCLA ; l’Université de Californie, Davis; et l’Université Friedrich-Alexander (FAU) et l’Université de Cologne en Allemagne, ont étudié des mutations et des variantes isolées aux États-Unis, en Inde, au Brésil, en Russie, au Royaume-Uni, en France, en Espagne, en Allemagne, en Afrique du Sud et en Chine.
L’équipe définit les variantes comme des virus avec un ensemble spécifique de mutations, et selon cette mesure, alors que jusqu’en avril 2020, seules 10 mutations environ étaient répandues, au moins 77 – et peut-être jusqu’à 100 nouvelles mutations – ont été trouvées jusqu’en janvier. , 2021.
« À la fin du mois d’avril de cette année, nous avons suivi l’explosion de l’infection par le SRAS-CoV-2 en Inde avec plus de 353 000 cas et 2 812 décès par jour – le nombre le plus élevé de cas jamais enregistré dans le monde », a déclaré le co-auteur Dr Stefanie Weber, avec la FAU. « Les variantes virales connues à ce jour pourraient être plus contagieuses et potentiellement plus pathogènes que le virus original de Wuhan. »
Comme un seul exemple cité dans l’analyse (publiée sous le titre « SARS-Cov-2 Worldwide Replication Drives Rapid Rise and Selection of Mutations across the Viral Genome: A Time-Course Study – Potential Challenge for Vaccines and Therapies »), la soi-disant La variante britannique, également connue sous le nom de B.1.1.7 ou encore VOC202012/01 maintenant connue sous le nom d’Alpha, a été identifiée pour la première fois en Angleterre en septembre 2020.
En décembre, il a été signalé comme une variante préoccupante à propagation rapide comportant 14 mutations au total. Cette variante a été associée à une transmissibilité plus élevée et à au moins un cas confirmé de réinfection. Le 23 décembre 2020, au moment du confinement, la variante a été retrouvée dans trois pays. Au 5 avril, il a été trouvé dans 108.
« Ce processus se poursuit et, malgré la campagne de vaccination, pourrait se développer davantage s’il n’est pas possible d’endiguer la propagation assez rapidement », a déclaré le Dr Walter Doerfler, de l’Institut de virologie, de l’Université Friedrich-Alexander d’Erlangen-Nürnberg et de l’Institut de génétique. , Université de Cologne.
« Cependant, on ne sait toujours pas si l’infection par certains mutants de coronavirus est spécifiquement liée au type et à la gravité de la maladie COVID-19. Un autre aspect d’intérêt que nous avons poursuivi était la découverte qu’entre 40 et 70% du nouveau SRAS-CoV -2 mutations survenues dans les 10 pays étudiés étaient des transitions de la cytidine (C) à l’uridine (U).
Apparemment, cette perte de résidus C dans le génome viral semblait être contrecarrée par environ 20 % de mutations de la guanosine (G) ou C en résidus adénosine (A) ou U. Nous sommes toujours intrigués par les interactions complexes de la mutagenèse et de la sélection des mutants du SRAS-CoV-2. »
Compte tenu de tout ce qui reste inconnu sur COVID-19 et des risques de mutations et de variantes supplémentaires, les auteurs ont déclaré que les agences de santé publique doivent engager des ressources pour des recherches approfondies et en cours ; Il est particulièrement important de suivre le potentiel de mutations dans l’ensemble du génome viral du SRAS-CoV-2, y compris les fonctions de réplication, toutes les différentes protéines du virus et le génome viral.
« Notre travail documente la vitesse et la puissance de la sélection de mutants du SRAS-CoV-2, qui à son tour peuvent réduire l’efficacité des thérapies et des vaccins COVID », a déclaré la co-auteure, le Dr Barbara Weiser, spécialiste des maladies infectieuses à l’UC Davis. « Le séquençage moléculaire de Covid-19 pour détecter de nouveaux mutants et variants doit se poursuivre afin d’optimiser le traitement et la prévention du SARS-CoV-2. »
Le Dr Harold Burger, également co-auteur et médecin spécialiste des maladies infectieuses de l’UC Davis, a ajouté qu' »idéalement, le séquençage moléculaire devrait inclure des virus provenant de personnes asymptomatiques et légèrement malades avec un large éventail d’âges en plus des échantillons obtenus de patients plus malades.
Les personnes asymptomatiques peuvent transmettre et transmettent le virus à d’autres. Le degré de maladie est une conséquence de l’état du patient, pas seulement une fonction du virus. Cette approche fournira des informations précieuses sur l’évolution et la propagation de l’épidémie. »
La source:
UCLA Fielding School of Public Health
Référence de la revue :
Weber, S., et al. (2021) La réplication mondiale du SRAS-CoV-2 entraîne une augmentation et une sélection rapides de mutations dans le génome viral : une étude chronologique – un défi potentiel pour les vaccins et les thérapies. EMBO Médecine moléculaire. doi.org/10.15252/emmm.202114062.
