Des chercheurs ont découvert que les variantes du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) initialement identifiées en Afrique du Sud (B.1.351) et au Brésil (P.1) semblent se propager plus rapidement dans certaines régions de France. que la variante britannique précédemment dominante B.1.1.7.
Le virus SARS-CoV-2 est l’agent responsable de la pandémie actuelle de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) qui a maintenant coûté la vie à plus de 3,8 millions de personnes dans le monde.
L’équipe a constaté que depuis la période entre janvier et mars 2021, lorsque l’avantage de transmission de B.1.1.7 était plus important que celui de B.1351, cette tendance semble s’être modifiée dans au moins deux régions françaises en avril. Les lignées B.1.351 et P.1 ont montré un avantage de transmission significatif sur B.1.1.7 dans les régions entre le 12 avrile et 7 maie.
Les chercheurs affirment que l’une de ces régions – l’Île-de-France – étant à ce jour l’une des plus touchées par l’épidémie, il est possible qu’un déplacement des variantes avec un avantage de transmission s’y produise en raison de la forte proportion de les personnes qui ont acquis une immunité contre le SRAS-CoV-2 par une infection antérieure.
L’équipe du Laboratoire Cerba de Saint Ouen L’Aumône, du CHU de Montpellier et de l’Université de Montpellier indique que, compte tenu de l’assouplissement en cours des mesures de contrôle en juin, les conclusions appellent à une attention particulière concernant le déploiement de la vaccination et le maintien de non -interventions pharmaceutiques jusqu’à ce que la couverture vaccinale atteigne des niveaux compatibles avec une régression spontanée de l’épidémie.
SARS-CoV-2 : syndrome respiratoire aigu sévère coronavirus 2 ; COV : variante préoccupante ; VOI : variante d’intérêt. a Seules les régions avec plus de 400 tests respectifs sont affichées. b La caractérisation en tant que SARS-CoV-2 de type sauvage est basée sur l’absence des mutations N501Y et E484K. c La caractérisation en tant que lignée B.1.351 et/ou P.1 (COV et/ou γ) est basée sur la présence des mutations N501Y et E484K. d La caractérisation en tant que lignée B.1.525 (VOI ) est basée sur l’absence simultanée de N501Y et la présence de la mutation E484K. e La caractérisation en tant que lignée B.1.1.7 (COV α) est basée sur la présence simultanée de N501Y et l’absence de mutation E484K. Le nombre de tests effectués est indiqué dans chaque panneau. Pour chaque jour, les différentes couleurs indiquent la proportion de tests appartenant à chacune des quatre catégories de dépistage (celles-ci totalisent 1,0 chaque jour). Les régions avec peu de tests peuvent présenter de fortes variations de fréquences pendant quelques jours (par exemple l’Occitanie pour les jours avec seulement B.1.525 détecté).
Sommaire
En savoir plus sur les variantes préoccupantes identifiées jusqu’à présent
Les variantes préoccupantes (COV) du SRAS-CoV-2 qui ont émergé pendant la pandémie de COVID-19 sont des lignées phénotypiquement distinctes associées à des changements épidémiologiques ou cliniques majeurs.
À ce jour, quatre lignées virales ont été classées comme COV par l’Organisation mondiale de la santé. Le premier est apparu au Royaume-Uni (B.1.1.7) et est actuellement à l’origine de la majorité des infections en Europe et en Amérique du Nord. La seconde est apparue en Afrique du Sud (B.1.351), où elle est actuellement la souche la plus courante. La troisième variante – P.1 – domine au Brésil et en Amérique du Sud, et la quatrième – B.1.617.2 – a provoqué une vague épidémique majeure en Inde.
Depuis janvier 2021, les directives nationales exigent que tous les échantillons cliniques testés positifs pour le SRAS-CoV-2 subissent des tests supplémentaires de réaction en chaîne par polymérase par transcription inverse (RT-PCR) pour détecter les mutations indiquant certaines variantes.
Depuis avril 2021, ce test spécifique au variant cible la mutation N501Y partagée par les lignées B.1.1.7, B.1.351 et P.1 et la mutation E484K partagée par B.1.351, P.1 et B. .1.525 variante d’intérêt (VOI) qui a émergé au Danemark.
En quoi consistait l’étude actuelle?
Pour enquêter sur la transmission des variantes du SRAS-CoV-2 en France, Samuel Alizon et ses collègues ont analysé les résultats de 36 590 tests RT-PCR spécifiques aux variantes qui ont été effectués sur des échantillons entre le 12 avrile et 7 maie, 2021, dans 13 régions du pays.
Comme indiqué dans le journal Eurosurveillance, la lignée dominante dans la plupart des régions était B.1.1.7, qui représentait 79,1 % des virus détectés.
Les autres lignées prévalentes comprenaient B.1.351 (7,9 %), B.1.525 (4,4 %) et B.1.214 (2,3 %). Ce dernier, identifié pour la première fois en Suisse, n’est pas encore classé COV, mais fait actuellement l’objet d’une surveillance. Les autres lignées représentaient moins de 2 % des échantillons, dont P.1 (0,6 %).
Les lignées B.1.351 et P.1 ont été le plus fréquemment détectées dans les régions Île-de-France et Hauts-de-France.
Pour toutes les régions, le risque d’être infecté par un variant de type sauvage ou B.1.525 était soit le même, soit inférieur au risque d’être infecté par B.1.1.7.
Cependant, le risque d’être infecté par B.1.351 ou P.1 plutôt que B.1.1.7 augmente significativement au cours du temps en Île-de France et Hauts-de-France.
Pour B.1.351 et P.1, l’équipe a identifié un avantage de transmission par rapport à B.1.1.7 de 15,8 % en Île-de-France et de 17,3 % en Hauts-de-France.
Comment cela se compare-t-il aux résultats du début de l’année ?
L’équipe avait précédemment analysé les résultats de tests spécifiques aux variantes sur des échantillons obtenus entre janvier et mars 2021. Cette étude a révélé que l’avantage de transmission de B.1.1.7 par rapport aux lignées de type sauvage était plus important que celui de B.1.351.
« Au cours du mois d’avril 2021, dans au moins deux régions françaises, cette tendance semble s’être inversée, B.1.351 et peut-être P.1 se propageant plus rapidement que B.1.1.7 », expliquent Alizon et ses collègues.
Les chercheurs soulignent qu’il a déjà été démontré que la lignée B.1.351 échappe à l’immunité induite par un vaccin ou une infection.
« L’Île-de-France étant l’une des régions françaises les plus impactées à ce jour par l’épidémie, il est possible qu’un glissement des variantes avec un avantage de transmission s’y produise en raison de la forte proportion d’individus immunisés acquis par le passé. SARS-CoV-2-infections », suggèrent-ils.
Des analyses plus détaillées sont nécessaires
L’équipe souligne également que la couverture résultant du déploiement de la vaccination COVID-19 est homogène entre les régions françaises.
Alizon et ses collègues affirment que les résultats appellent à des analyses plus détaillées du lien entre l’avantage de transmission de B.1.351 et la proportion de la population immunisée contre le SRAS-CoV-2 (après infection ou vaccination) dans différentes régions françaises.
« Compte tenu de la levée progressive des mesures de contrôle en juin 2021 en France, ces résultats appellent une vigilance particulière quant au déploiement de la vaccination et au maintien de la prévention non pharmaceutique jusqu’à ce que la couverture vaccinale atteigne des niveaux compatibles avec une régression spontanée de l’épidémie », concluent-ils.
