Une nouvelle étude menée par des scientifiques de l’Institut La Jolla d’immunologie (LJI) suggère que les cellules T tentent de combattre le SRAS-CoV-2 en ciblant un large éventail de sites sur le virus – au-delà des sites clés sur la protéine de pointe du virus. En attaquant le virus sous de nombreux angles, le corps dispose des outils pour reconnaître potentiellement différentes variantes du SRAS-CoV-2.
La nouvelle recherche, publiée le 27 janvier 2021 dans Médecine du rapport cellulaire, est l’analyse la plus détaillée à ce jour des protéines sur le SRAS-CoV-2 qui stimulent les réponses les plus fortes des cellules T CD4 + «auxiliaires» du système immunitaire et des cellules T CD8 + «tueuses».
«Nous savons maintenant quelles parties du virus sont reconnues par le système immunitaire», déclare le professeur LJI Alessandro Sette, Dr Biol. Sci., Qui a codirigé la nouvelle étude avec l’instructeur LJI Alba Grifoni, Ph.D.
Sette et Grifoni ont mené des recherches sur les réponses immunitaires au virus depuis le début de la pandémie. Leurs études précédentes, codirigées par des membres du groupe de travail LJI sur le coronavirus, montrent que les gens peuvent avoir un large éventail de réponses au virus – certaines personnes ont de fortes réponses immunitaires et réussissent bien. D’autres ont des réponses immunitaires disjointes et sont plus susceptibles de se retrouver à l’hôpital.
Alors que les vaccins COVID-19 atteignent plus de personnes, les scientifiques de LJI surveillent comment différentes personnes construisent une immunité contre le SRAS-CoV-2. Ils étudient également comment les cellules T pourraient combattre différentes variantes du SRAS-CoV-2. Ces travaux tirent parti de l’expertise du laboratoire dans la prédiction et l’étude des réponses des lymphocytes T aux virus tels que la dengue et le Zika.
«C’est encore plus important avec le COVID-19 car il s’agit d’une pandémie mondiale, nous devons donc tenir compte des réponses immunitaires dans différentes populations», déclare Grifoni.
Le système immunitaire est très flexible. En réembrouillant le matériel génétique, il peut produire des cellules T qui répondent à une vaste gamme de cibles, ou épitopes, sur un agent pathogène. Certaines réponses des lymphocytes T seront plus fortes contre certains épitopes que d’autres. Les chercheurs appellent les cibles qui provoquent une forte réponse des cellules immunitaires «immunodominantes».
Pour la nouvelle étude, les chercheurs ont examiné les cellules T de 100 personnes qui s’étaient rétablies d’une infection par le SRAS-CoV-2. Ils ont ensuite examiné de près la séquence génétique du virus pour séparer les épitopes potentiels des épitopes que ces cellules T reconnaîtraient réellement.
Leur analyse a révélé que toutes les parties du virus n’induisent pas la même forte réponse immunitaire chez tout le monde. En fait, les cellules T peuvent reconnaître des dizaines d’épitopes sur le SRAS-CoV-2, et ces sites immunodominants changent également d’une personne à l’autre. En moyenne, chaque participant à l’étude avait la capacité de reconnaître environ 17 épitopes de cellules T CD8 + et 19 épitopes de cellules T CD4 +.
Cette large réponse du système immunitaire sert à plusieurs fins. La nouvelle étude montre que bien que le système immunitaire monte souvent une forte réponse contre un site particulier sur la protéine «pic» du virus appelée domaine de liaison au récepteur, cette région n’est en fait pas aussi efficace pour induire une forte réponse des cellules T auxiliaires CD4 +.
Sans une forte réponse des lymphocytes T CD4 +, cependant, les personnes peuvent être lentes à mettre en place le type de réponse immunitaire neutralisante qui élimine rapidement le virus. Heureusement, la large réponse immunitaire est pratique et la plupart des gens ont des cellules immunitaires capables de reconnaître des sites autres que le domaine de liaison au récepteur.
Parmi les nombreux épitopes qu’ils ont découverts, les chercheurs ont identifié plusieurs épitopes supplémentaires sur la protéine de pointe du SRAS-CoV-2. Grifoni dit que c’est une bonne nouvelle. En ciblant de nombreux sites vulnérables sur la protéine de pointe, le système immunitaire serait toujours capable de combattre l’infection, même si certains sites du virus changent en raison de mutations.
«La réponse immunitaire est suffisamment large pour compenser cela», dit Grifoni.
Depuis l’annonce de la variante britannique à propagation rapide du SARS-CoV-2 (appelée SARS-CoV-2 VUI 202012/01), les chercheurs ont comparé les sites mutés de ce virus aux épitopes qu’ils ont trouvés. Sette note que les mutations décrites dans le variant britannique pour la protéine de pointe n’affectent que 8% des épitopes reconnus par les cellules T CD4 + dans cette étude, tandis que 92% des réponses sont conservées.
Sette a souligné que la nouvelle étude est le résultat de mois de longues heures et de collaboration internationale entre les laboratoires du LJI; l’Université de Californie, San Diego; et chercheur à l’Université Murdoch d’Australie. «C’était une énorme quantité de travail, et nous avons pu le faire très rapidement grâce à nos collaborations», dit-il.
La source:
Institut La Jolla d’immunologie
Référence du journal:
Tarke, A., et coll. (2021) Analyse complète de l’immunodominance des cellules T et de l’immunoprévalence des épitopes du SRAS-CoV-2 dans les cas de COVID-19. Cell Reports Medicine. doi.org/10.1016/j.xcrm.2021.100204.
