Une nouvelle étude révèle que les probiotiques limitent les bactéries résistantes au médicament chez les bébés prématurés, mais les antibiotiques entraînent toujours des gènes de résistance à se propager, soulignant le besoin urgent de stratégies de traitement plus sûres dans les USI.
Étude: Impact du traitement antibiotique et probiotique précoce sur le microbiome intestinal et résistance des nourrissons prématurés à très faible poids à la naissance. Crédit d'image: Ratchat / Shutterstock
Dans une étude récente publiée dans la revue Communications de la natureles chercheurs ont déterminé comment l'exposition précoce des antibiotiques et la supplémentation en probiotique de routine influencent le microbiome intestinal, les gènes de résistance aux antibiotiques (ARGS) et la dynamique des pathogènes multirésistants (MDR) dans les intimes prématurés de très faible naissance (VLBW).
Sommaire
Arrière-plan
Environ un bébé sur dix est né tôt et les nourrissons VLBW de moins de 1500 g commencent la vie fragile. Dans les unités de soins intensifs néonatals (USI), les antibiotiques à large spectre peuvent sauver des vies, mais ils peuvent perturber la communauté intestinale qui forme l'immunité et bloque des microbes nocifs. L'Organisation mondiale de la santé (OMS) recommande des probiotiques contenant des souches bactériennes spécifiques pour des nourrissons très prématurés, exclusivement nourris au lait maternel, provoquant une question pratique: les probiotiques de routine peuvent-ils compenser les risques antibiotiques? Les hôpitaux sont également confrontés à des infections MDR qui mettent en danger les nouveau-nés fragiles. Comprendre comment les probiotiques et les antibiotiques façonnent la résistance (la collection d'ARG) peuvent guider les soins plus sûrs, et donc des recherches supplémentaires sont nécessaires.
À propos de l'étude
Cette sous-étude contrôlée du microbiote associé au bébé de la cohorte observationnelle de l'intestin (Bambi) a suivi 34 nourrissons prématurés VLBW sous une gestation de 33 semaines, tous nourris exclusivement au lait maternel ou au donneur du maréchaullage, divisé en probiotique («PS», récepteur, recevant des probiotiques (PS », recevant, recevant un donneur de probiotique (« PS », recevant, recevant un donneur Bifidobacterium bifidum et Lactobacillus acidophilus (Infloan®)) et cohortes non supplémentées. Dans chaque cohorte, certains nourrissons ont reçu de courts antibiotiques empiriques (benzylpénicilline et / ou gentamicine pendant une médiane de 3 jours), tandis que d'autres ne l'ont pas fait. Des échantillons fécaux ont été prélevés chaque semaine pendant les semaines un à trois. Le séquençage métagénomique du fusil de chasse a généré des lectures à extrémité appariée pour l'assemblage, et des analyses résolues à résolution du génome ont reconstruit les génomes assemblés au métagénome aux côtés des isolats cultivés, permettant un suivi au niveau de la souche.
Les profils taxonomiques et fonctionnels ont été dérivés avec des pipelines établis, et les ARG ont été identifiés par rapport aux bases de données organisées. Identité nucléotidique moyenne (ANI) et type de séquence multi-locus (MLST) Création établie et types de séquences. Pour sonder le transfert de gènes horizontal (HGT), l'équipe a quantifié les réplicons plasmidiques, modélisé des événements de transfert de candidats et a effectué une expérience ex vivo de gut intestin Enterococcus faecium Soules de donneur et un récipiendaire de laboratoire sensible au plasmide et sensible à la gentamicine. Suspension de la suspension fécale infantile Enterococcus servi de matrice; Placage sélectif sur la gentamicine et le séquençage de confirmation du génome entier (WGS) a vérifié la résistance acquise. Les analyses d'ordination, de test de groupe et de corrélation ont comparé les cohortes et les groupes d'exposition aux antibiotiques, mettant l'accent sur les contrastes significatifs. Travail de culture ciblé Bifidobacterium, Enterococcus, Staphylococcus, Klebsiellaet Escherichia espèces à compléter le séquençage.
Résultats de l'étude
Au cours de trois semaines, la cohorte des probiotiques a été dominée par Bifidobacteriumentraîné par l'administration Bifidobacterium bifidumavec une réplication active (indice de réplication (IREP)> 1,5), tandis que la cohorte non supplémentée a montré une représentation plus élevée de pathobiontes à la vie précoce tels que Klebsiella, Escherichia, Enterococcuset Staphylococcus. Espèces bénéfiques et associées au nourrisson, y compris Bifidobacterium Breve et Bifidobacterium longumest apparu plus tôt et à une abondance relative plus élevée avec des probiotiques, conformément à l'utilisation des oligosaccharides et à la résistance à la colonisation du lait maternel. Les profils de voies fonctionnelles ont divergé entre les cohortes à partir de la deuxième semaine, suivant ces différences taxonomiques.
La résistance a montré que par rapport aux nourrissons non supplémentés, les nourrissons supplémentés par des probiotiques transportaient moins d'args et moins de classes de résistance. Les gènes conférant une résistance aux aminoglycosides, aux macrolides-lincosamides-streptogramnes, aux bêta-lactames, au triméthoprime et aux tétracyclines étaient courants, mais les signatures de résistance à la fluoroquinolone et à la colistine étaient confinées à des nourrissons non supplémentés. Notamment, un gène de résistance à la colistin (MCR-9.1) est apparu dans un échantillon non supplémenté, antérieure à sa découverte formelle et à souligner la circulation cachée des déterminants de dernier rat. Les antibiotiques empiriques courts n'ont pas produit de grands changements alpha-diversité, mais les inclinais Klebsiella ou Enterococcus ont été observés, surtout lors de la première semaine.
Analyses de corrélation liées plus haut Bifidobacterium abondance avec moins d'args, tandis que Enterococcus et Staphylococcus suivi avec des charges d'arg plus élevées. Au niveau de la contrainte, Enterococcus, Escherichia, Klebsiellaet Staphylococcus transporté les portefeuilles de résistance les plus denses. Aucun des probiotiques-cohorte Klebsiella ou Escherichia Les génomes ont respecté la définition de MDR (résistance à trois classes ou plus), tandis que 47,6% des non-suppléments Escherichia a fait. MLST a mis en évidence les types de séquences cliniquement pertinents (STS), y compris Escherichia coli ST1193 et Klebsiella pneumoniae ST432; Enterococcus faecalis et staphylocoques coagulases négatifs (par exemple, S. epidermidis, S. Haemolyticus) comprenait également STS précédemment liés aux unités néonatales. Les analyses plasmidiques ont montré des charges plasmidiques plus élevées chez les nourrissons non supplémentés et une faible association entre le nombre de plasmides et le nombre d'arg.
Les événements HGT prédits étaient plus fréquents après une exposition aux antibiotiques, montrant que même les cours courts peuvent favoriser le mouvement des éléments mobiles. En rapport Enterococcus Les souches circulaient chez les nourrissons non apparentés dans les mêmes hôpitaux, conformément à la transmission nosocomiale. Le modèle ex vivo de gut intestin a fourni un support mécaniste: un plasmide de 137 kb portant un gène de résistance aminoglycoside transféré à partir de Enterococcus faecium Les donateurs d'un receveur sans plasmide, conférant une résistance à la gentamicine, confirmé par WGS. Les probiotiques ont incliné l'intestin vers des microbes bénéfiques et loin des pathobiontes riches en arg, bien qu'ils n'aient pas éliminé le risque de HGT, tandis que l'intendance antibiotique est restée essentielle pour freiner la propagation de la résistance médiée par les plasmides dans la pépinière.
Conclusions
Pour résumer, chez VLBW prématurés, la supplémentation probiotique a favorisé Bifidobacterium-Les communautés riches, réduction des args et caractéristiques MDR limitées par rapport à aucun probiotique. Encore Enterococcus Persisté en tant que réservoir clé, et des cours d'antibiotiques courts ont augmenté la probabilité de HGT, en particulier le mouvement médié par le plasmide des gènes de résistance. Pratiquement, l'appariement des probiotiques fondés sur des preuves avec la gestion de l'antibiotique et le contrôle des infections peuvent aider à protéger cette population. Des essais de suivi plus longs et multi-sites sont nécessaires pour affiner le dosage, la durée et le choix de la déformation pour maximiser les avantages tout en minimisant les risques de résistance. Pour les familles et les diaposiles, l'alignement de l'alimentation, de l'hygiène et de la prescription est essentiel.
