Le moment de la mise en œuvre et de l’assouplissement des interventions non pharmaceutiques (INP) telles que les fermetures de frontières, les verrouillages nationaux, les quarantaines et les protocoles de distanciation sociale pendant la pandémie COVID-19 a été un sujet de débat polarisant à l’échelle mondiale. Les décideurs ont du mal à comprendre comment équilibrer au mieux la flambée des infections et les coûts socio-économiques du maintien des INM et des restrictions connexes.
Sommaire
Quel est le nombre effectif de reproduction (R0)?
Le nombre de reproduction effective (R0), affiché sur les tableaux de bord liés au COVID-19, est l’un des principaux paramètres d’alerte précoce qui informent la politique NPI. Théoriquement, R <1 signifie que l'épidémie diminue, et R> 1 signifie qu’elle se développe; par conséquent, une escalade de R <1 à R> 1 est un avertissement de la résurgence de l’infection.
Cependant, en pratique, identifier précisément cette transition pendant les périodes de faible incidence n’est pas facile. Le manque de données suffisantes pendant l’accalmie entre les vagues épidémiques paralyse les approches d’inférence standard et brouille les signaux d’alerte précoce. Des estimations fiables de l’infection sont essentielles pour la prise de décision et l’amélioration des chances d’élimination des secondes vagues d’infection.
Un nouveau cadre pour éliminer le bruit des données inter-ondes et évaluer avec précision R0
Des chercheurs de l’Imperial College de Londres et de l’Université d’Oxford ont récemment proposé un nouveau cadre pour la suppression du bruit des données inter-ondes, montrant comment l’introduction en temps opportun des IPN en Nouvelle-Zélande a permis d’éliminer l’épidémie locale et d’éviter une résurgence dangereuse de l’infection. Leur étude est publiée sur le serveur de pré-impression medRxiv*.
Les chercheurs ont présenté un système d’alerte précoce pour évaluer avec précision R et la possibilité d’élimination. Ce cadre contourne les problèmes discutés précédemment et met en évidence les rôles variés des cas importés et locaux dans la résurgence. Il souligne également l’importance d’une mise en œuvre et d’un assouplissement en temps voulu des INP.
Dynamique de transmission locale du COVID-19 en Nouvelle-Zélande. Le panneau supérieur montre les cas locaux par date signalés (rouge) et les cas supplémentaires dus à des introductions ou des importations (gris). Les lignes verticales fournissent des temps de changement de politique clés et des niveaux d’alerte en réponse à ces charges de travail. Le panneau du bas présente les estimations du nombre de reproduction efficace (R) d’EpiFilter (rouge avec des bandes de confiance à 95% – celles-ci extraient rigoureusement plus d’informations des courbes d’incidence que plusieurs approches standard) et les probabilités correspondantes (en%) d’élimination épidémique (Z) – définies comme la probabilité d’absence de cas locaux futurs (bleu). Les deux analyses tiennent compte de la différence entre les cas locaux et importés. La transmission est largement alimentée par des importations répétées avec une propagation locale essentiellement sous-critique après des interventions opportunes. Non seulement le verrouillage national a eu un impact, mais l’élimination a pu être déclarée avec une confiance de 95% (99%) le 5 juin. Elle a en fait été déclarée le 9 juin. Des importations récurrentes après ce point ont finalement semé une nouvelle épidémie qui a été évitée de manière décisive par des mesures opportunes en août. Cette résurgence a peut-être présenté plus de risques que la vague initiale de mars.
L’application opportune des INP par la Nouvelle-Zélande a contribué à l’élimination de l’épidémie locale et a évité une résurgence
La dynamique du COVID-19 en Nouvelle-Zélande présente un exemple remarquable de la façon dont une politique d’intervention rapide et décisive peut avoir un impact sur la résurgence et a été utilisée par les chercheurs comme un cas d’utilisation représentatif mais généralisable pour leur nouveau cadre.
La première transmission locale enregistrée de SRAS-CoV-2 en Nouvelle-Zélande a eu lieu à la mi-mars 2020, et en moins de deux semaines, un système d’alerte rapide à 4 niveaux a été lancé pour informer le déploiement du NPI. Cela a conduit à un verrouillage à l’échelle nationale (niveau d’alerte 4) en Nouvelle-Zélande le 26 mars. Pendant cette période de verrouillage, la surveillance et les tests ont été augmentés, et l’intervalle entre l’apparition des symptômes et la notification des cas a été réduit à moins de deux jours. Alors que l’épidémie commençait à s’éteindre, de nombreux NPI ont été assouplis le 14 mai (niveau d’alerte 2). Lorsqu’aucun nouveau cas n’a été signalé pendant une longue période et que l’épidémie a été déclarée éliminée le 9 juin (niveau d’alerte 1).
Cependant, lorsque la transmission a été de nouveau détectée début août, les NPI ont été rapidement réintroduits pour éviter une deuxième vague (niveaux d’alerte 2-3). La désescalade au niveau d’alerte 1 a suivi le 7 octobre, dernière date analysée dans cette étude.
Alors que des études précédentes ont expliqué comment la politique NPI de la Nouvelle-Zélande a facilité le contrôle et l’élimination de l’épidémie, les chercheurs ont calculé de nouveaux indicateurs de transmission et de risque qui alignent étroitement les détails clés de la transmission avec les points d’action politiques, montrant comment les INP en temps opportun ont aidé à éliminer et à éviter la résurgence de la maladie. l’épidémie. Ils ont introduit deux analyses informatives d’alerte précoce – le nombre R local et le nombre Z, qui mesurent respectivement la transmission communautaire et la confiance dans l’élimination locale.
Stratégies pertinentes au niveau local essentielles à l’élaboration des politiques liées aux INP
Une compréhension approfondie des forces de transmission à l’origine de la propagation de l’épidémie est cruciale pour la conception et la mise en œuvre en temps opportun des INM. Les auteurs soutiennent que des stratégies localement pertinentes basées sur la dynamique spécifique d’une zone sont vitales pour l’élaboration des politiques liées aux INP. Leur nouveau cadre d’alerte précoce (R, Z) soutient cet argument, en particulier dans la période critique d’accalmie entre les vagues épidémiques lorsque les données de transmission disponibles sont limitées.
Selon les auteurs, la croissance épidémique peut souvent être mal caractérisée lorsque les différences entre les cas locaux et importés sont ignorées. Les options d’inférence R locales existantes n’exploitent pas pleinement les informations contenues dans les données d’incidence. Par conséquent, ils ont du mal à fonctionner lorsque les données sont rares et sont obligés de se fier à leurs hypothèses de modèle antérieures.
«Bien que notre cadre fournisse un fondement et un aperçu rigoureux de la réponse nationale de la Nouvelle-Zélande, il peut également être appliqué au niveau régional ou du district, à la fois en temps réel et rétrospectivement, pour extraire des informations à grande échelle.»
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / les comportements liés à la santé ou être traités comme des informations établies.