Dans une étude récente publiée dans Rapports scientifiquesles chercheurs ont rapporté le premier isolement de M. saskatchewanense provenant d’équipements de qualité médicale.
Sommaire
Arrière-plan
Les espèces mycobactériennes non tuberculeuses (MNT) sont des organismes acido-résistants qui peuvent former des biofilms et résister aux traitements de désinfection chimique. Espèces du complexe Mycobacterium avium (MAC), qui comprennent M. chimère, M. aviumet M. intracellulaire sont des mycobactéries non tuberculeuses courantes qui provoquent des maladies chroniques et répandues chez les personnes immunodéprimées. Le système Accuprobe révélé Mycobactérie saskatchewanense en tant que nouvelle mycobactérie non tuberculeuse pigmentée, à croissance lente, appartenant au groupe MAC.
Des tests moléculaires basés sur les technologies STRIP d’acide désoxyribonucléique (ADN) sont couramment utilisés pour détecter les espèces mycobactériennes cliniquement essentielles à partir de matériel de culture. Cependant, ces analyses rapides peuvent potentiellement identifier à tort des espèces de mycobactéries non tuberculeuses. La plupart des espèces de mycobactéries non tuberculeuses peuvent actuellement être identifiées dans les laboratoires de microbiologie par spectrométrie de masse ou par séquençage de nouvelle génération (NGS), qui nécessitent généralement une sous-culture sur milieu solide.
La péritonite causée par des mycobactéries non tuberculeuses est une complication indésirable chez les personnes subissant une dialyse péritonéale. Des enquêtes récentes sur les facteurs de risque, l’incidence et les taux de mortalité des infections à mycobactéries non tuberculeuses chez les personnes atteintes d’insuffisance rénale à un stade avancé ont indiqué un risque élevé de décès en cas de diagnostic de mycobactéries non tuberculeuses.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont présenté la première séparation de Mycobactérie saskatchewanense à partir d’une quantité importante d’échantillons de liquides de dialyse de catégorie ultra-pure, soulignant la nécessité de détecter de manière appropriée les mycobactéries non tuberculeuses qui débordent fréquemment de l’eau sanitaire.
Le centre de référence de la région Émilie-Romagne a traité 112 échantillons de liquide de dialyse pour la détection de mycobactéries à partir de matériaux environnementaux entre août et novembre 2022. Les échantillons ont été remis en suspension dans une solution saline à 0,90 % après avoir été filtrés sur des membranes en nitrate de cellulose. Les matériaux décontaminés ont été remis en suspension dans un solvant tamponné au phosphate et cultivés pendant 42,0 jours. La présence mycobactérienne a été confirmée par coloration de Ziehl-Neelsen (ZN).
L’équipe a utilisé le kit GenoType Mycobacterium CM CE-IVD (CM) pour identifier les souches de mycobactéries non tuberculeuses. Le kit GenoType NTM-DR CE-IVD (NTM-DR) a été utilisé pour distinguer les espèces distinctes. La sous-culture sur milieu solide a été utilisée pour la morphologie des colonies, la spectrométrie de masse par désorption/ionisation-temps de vol assistée par matrice (MALDI-TOF) et la validation moléculaire à l’aide du séquençage de nouvelle génération.
Les cultures mycobactériennes positives isolées par tube indicateur de croissance des mycobactéries (MGIT) ont été reconnues comme NTM à l’aide de la technique STRIP de l’acide désoxyribonucléique (ADN) et ont été testées à l’aide du kit Genotype non-tuberculeux mycobactéries-DR pour déterminer si elles appartenaient au groupe MAC. Le MGIT positif a été cultivé pendant deux semaines en utilisant le milieu gélose Middlebrook 7H11 pour une vérification phénotypique basée sur la croissance microbienne.
Les chercheurs ont centrifugé la biomasse bactérienne extraite, puis l’ont repérée sur des cibles MALDI. Pour confirmer l’identification mycobactérienne, ils ont séquencé les souches bactériennes à l’aide du kit Deplex mycobacterium tuberculosis (Myc-TB).
Résultats
Le kit GenoType Mycobacterium CM CE-IVD a été utilisé pour identifier les souches de mycobactéries non tuberculeuses. Toutes les cultures bactériennes positives ont été déterminées comme étant Mycobactérie intracellulaire en utilisant le test GenoType Mycobacterium CM CE-IVD et le kit GenoType NTM-DR CE-IVD comme composants du complexe Mycobacterium avium. Des colonies microbiennes scotochromogènes jaune vif ont été observées.
Les souches ont été identifiées comme Mycobacterium saskatchewanense utilisant la spectrométrie de masse MALDI-TOF avec des scores supérieurs à 1,8). Le séquençage de nouvelle génération a confirmé l’identification des mycobactéries par le séquençage de la protéine de choc thermique de 65 kDa (hsp65) à l’aide du test Deeplex mycobacterium tuberculosis.
Sur la base de la coloration des bacilles acido-résistants, 16 (13 %) des 112 cultures en tube indicateur de croissance des mycobactéries dans le liquide de dialyse étaient positives pour les mycobactéries non tuberculeuses. En revanche, les repiquages sur gélose Middlebrook 7H11 n’ont pas donné la forme de colonie prévue. Mycobactérie saskatchewanense a été confondu avec Mycobactérie intracellulaire utilisant la technologie STRIP d’acide désoxyribonucléique. La culture est nécessaire pour la séparation des mycobactéries non tuberculeuses ; cependant, la forme de la colonie peut faciliter l’identification.
Conséquences
Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont révélé les premiers Mycobactérie saskatchewanense isolement des équipements de qualité médicale. Les mycobactéries non tuberculeuses sont une source courante d’infections opportunistes chez les personnes immunodéprimées. Ils sont apparus comme des infections opportunistes en milieu hospitalier en raison de leur propension à développer un biofilm et à tolérer les traitements chimiques.
Les résultats confirment les conclusions précédentes des chercheurs selon lesquelles les sous-types de Mycobactérie chimère circulant dans les réseaux de plomberie des hôpitaux pourraient passer à travers des filtres, augmentant ainsi le risque que des mycobactéries non tuberculeuses contaminent d’autres équipements de qualité médicale (tels que les systèmes d’hémodialyse ou les appareils de retraitement des endoscopes) via l’eau.
La contamination du matériel médical ou des solutions aqueuses est souvent liée à la transmission d’une infection. Les résultats ont souligné la nécessité de surveiller activement la contamination par des mycobactéries non tuberculeuses dans les dispositifs médicaux utilisant de l’eau sanitaire afin de prévenir l’infection des patients. Mycobactérie saskatchewanense une mauvaise classification utilisant la technologie STRIP de l’acide désoxyribonucléique indique que les laboratoires qui utilisent la technologie DNA STRIP pour l’identification des mycobactéries non tuberculeuses doivent utiliser une méthode de confirmation pour obtenir la classification correcte.
