Dans une étude récente publiée dans Grippe et autres virus respiratoiresles chercheurs ont analysé la survenue d’infections bactériennes et virales chez les adultes hospitalisés pour la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) afin de déterminer les caractéristiques cliniques et démographiques, les résultats et les spectres microbiens associés aux co-infections bactériennes et à la prévalence des co-infections virales.
Sommaire
Arrière-plan
Les infections respiratoires sont souvent associées à des co-infections bactériennes ou virales dues à des altérations du système immunitaire lors de l’infection respiratoire initiale ou à des lésions de la muqueuse pulmonaire. Bien que parfois ces co-infections augmentent la gravité et les taux de mortalité, ces infections sont souvent accidentelles.
On sait que les infections grippales graves entraînent des complications telles que des co-infections bactériennes. Pourtant, les infections secondaires ou les co-infections par des bactéries ont été généralement rares chez les patients atteints d’infections par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2). Par conséquent, il existe un manque d’informations sur les facteurs de risque, la prévalence et les résultats cliniques associés aux co-infections virales et bactériennes chez les patients COVID-19.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont utilisé les données d’une plate-forme de surveillance basée sur une grande population géographiquement diversifiée des États-Unis (États-Unis) connue sous le nom de Coronavirus Disease 2019-Associated Hospitalization Surveillance Network (COVID-NET), qui comprend des données de 250 hôpitaux de 14 États américains. Les données de cette plateforme comprennent toutes les hospitalisations associées au COVID-19, les symptômes des infections par le SRAS-CoV-2, les caractéristiques démographiques, les comorbidités, les résultats des tests bactériens et viraux, l’imagerie thoracique et un large éventail de résultats, y compris les soins intensifs, besoin de ventilation mécanique et la mort.
Une analyse transversale a inclus tous les adultes de plus de 18 ans qui ont été hospitalisés avec des infections par le SRAS-CoV-2 et ont été testés pour les agents pathogènes bactériens provenant de sites respiratoires ou stériles. Les sites chez les personnes testées positives pour l’infection bactérienne ont été classés comme crachats, sang, voies respiratoires profondes (liquide de lavage bronchoalvéolaire, aspiration endotrachéale, tissu pulmonaire ou liquide pleural) et autres sites stériles, qui comprenaient les os, le liquide céphalo-rachidien et le liquide péritonéal. .
La réaction en chaîne par polymérase (PCR) a été utilisée pour tester les co-infections virales telles que le rhinovirus ou l’entérovirus, le virus respiratoire syncytial, la grippe A, B ou de sous-types non spécifiés, le métapneumovirus humain, le parainfluenza, l’adénovirus et les coronavirus humains saisonniers.
Les associations entre les co-infections bactériennes avec les infections par le SRAS-CoV-2 et les pires résultats cliniques, tels que le besoin de ventilation mécanique, l’admission dans les unités de soins intensifs ou le décès, ont été analysées. En outre, l’étude a également comparé les caractéristiques démographiques et cliniques entre les patients qui avaient et n’avaient pas de co-infections bactériennes. De plus, la prévalence des co-infections virales ou des infections secondaires a également été calculée.
Résultats
Les résultats ont rapporté que sur les 36 490 patients hospitalisés COVID-19, un peu plus de la moitié (53,3 %) disposaient de cultures bactériennes dans la semaine suivant l’admission à l’hôpital, et parmi ces 6 % avaient des co-infections avec des bactéries cliniquement pertinentes. De plus, les co-infections bactériennes dans la semaine suivant l’hospitalisation en raison d’une infection par le SRAS-CoV-2 étaient associées à un risque de mortalité 2,3 fois plus élevé par rapport aux patients dont les cultures de test d’agent pathogène bactérien étaient négatives.
Les résultats ont indiqué que si les infections bactériennes n’étaient pas fréquemment détectées au cours de la première semaine suivant l’admission à l’hôpital en raison du COVID-19, parmi les patients qui ont été testés positifs pour les co-infections bactériennes, près d’un tiers sont décédés à l’hôpital. Les pathogènes bactériens les plus fréquemment détectés étaient les bactéries Gram-négatives en forme de bâtonnets et Staphylococcus aureus. Parmi les bâtonnets à Gram négatif, les bactéries les plus fréquemment identifiées dans les échantillons d’expectorations étaient Pseudomonas aeruginosa et Klebsiella pneumoniae. Dans les prélèvements respiratoires profonds, Escherichia coli ont également été détectés, tandis que dans les échantillons de sang, les deux bactéries les plus fréquemment détectées étaient S. aureus et E. coli.
Les caractéristiques démographiques telles que l’âge, le sexe, la race et l’origine ethnique n’étaient pas associées à un risque accru de co-infections bactériennes. Pourtant, les comorbidités telles que les maladies rénales, le diabète, les maladies pulmonaires chroniques, les maladies gastro-intestinales ou hépatiques, l’obésité et les maladies cardiovasculaires étaient liées à un risque plus élevé de co-infections bactériennes.
Parmi les 25,5% des patients COVID-19 testés pour d’autres virus respiratoires, 0,1% ont été testés positifs pour la grippe, tandis que 0,01% ont été testés positifs pour le virus respiratoire syncytial. L’autre virus le plus fréquemment détecté était le rhinovirus ou l’entérovirus. Deux patients COVID-19 hospitalisés ont été testés positifs pour une autre infection virale et bactérienne dans la semaine suivant leur admission.
conclusion
Dans l’ensemble, les résultats suggèrent que si la prévalence des co-infections bactériennes chez les personnes hospitalisées avec COVID-19 était faible (6 %), et la prévalence des co-infections virales dans le groupe était plus faible (0,9 %), il y avait un risque accru de mortalité associée avec le développement d’une co-infection bactérienne dans la semaine suivant l’hospitalisation. Les personnes présentant des comorbidités étaient également plus sensibles aux co-infections bactériennes.
