Les données de variation du génome sur plus de 7000 parasites du paludisme provenant de 28 pays d’endémie sont publiées aujourd’hui (24 février) dans Recherche ouverte Wellcome. Il a été produit par MalariaGEN, un réseau de partage de données de groupes du monde entier qui travaillent ensemble pour créer des ressources de données de haute qualité pour la recherche sur le paludisme et la lutte contre les maladies.
Cette publication de données ouvertes représente la plus grande ressource au monde de données génomiques sur l’évolution des parasites du paludisme et la résistance aux médicaments. Il fournit des données de référence sur la variation du génome du parasite qui sont nécessaires dans la recherche de nouveaux médicaments et vaccins, et dans le développement d’outils de surveillance pour le contrôle et l’élimination du paludisme.
Le paludisme est un problème de santé mondial majeur causant environ 409000 décès en 2019, 67% des décès survenant chez des enfants de moins de cinq ans. Cette ressource de données se concentre sur Plasmodium falciparum, l’espèce de parasite du paludisme responsable de la forme la plus courante et la plus meurtrière de la maladie.
Le Réseau d’épidémiologie génomique du paludisme (MalariaGEN) fournit aux chercheurs et aux programmes de lutte dans les pays d’endémie palustre un accès aux technologies de séquençage de l’ADN et aux outils d’analyse génomique.
Fondé en 2005, MalariaGEN compte désormais des partenaires dans 39 pays, chacun menant ses propres études sur différents aspects de la biologie et de l’épidémiologie du paludisme, dans le but commun de trouver des moyens d’améliorer la lutte antipaludique.
Cette dernière publication représente le travail de 49 études partenaires dans 73 sites en Afrique, en Asie, en Amérique du Sud et en Océanie, qui ont fourni ensemble 7 113 échantillons de P. falciparum pour le séquençage du génome. À l’Institut Wellcome Sanger, chaque échantillon a été analysé pour plus de 3 millions de variantes génétiques et les données ont été soigneusement conservées avant de retourner aux partenaires pour une utilisation dans leur propre recherche. Cet article rassemble les données de toutes les études partenaires pour fournir une ressource de données ouvertes à la communauté scientifique au sens large.
Nous avons créé une ressource de données «prête à l’analyse» pour tout le monde, y compris ceux qui n’ont pas de formation spécialisée en génétique. Chaque échantillon de jeu de données annoté comprend des caractéristiques clés pertinentes pour la lutte contre le paludisme, telles que la résistance à six médicaments antipaludiques majeurs, et s’il comporte des changements structurels particuliers qui font échouer les tests de diagnostic du paludisme. Tout comme le Human Genome Project était une ressource pour l’analyse des données de séquence du génome humain, nous espérons que ce sera l’une des principales ressources pour la recherche sur le paludisme. «
Dr Richard Pearson, co-auteur de l’étude, Wellcome Sanger Institute
L’un des principes fondamentaux de MalariaGEN est de fournir une attribution et une reconnaissance claires de tous les groupes qui ont contribué à une ressource de données. Dans cet ensemble de données, chaque échantillon est répertorié par rapport à l’étude partenaire à laquelle il appartient, avec une description des objectifs scientifiques de l’étude et des chercheurs locaux qui ont dirigé les travaux.
Le professeur Dominic Kwiatkowski, co-auteur du Wellcome Sanger Institute et du Big Data Institute de l’Université d’Oxford, a déclaré: «Ce fut un immense privilège de collaborer avec nos partenaires MalariaGEN du monde entier pour créer cette ressource de données. Nous sommes fiers pour voir ces données génomiques utilisées dans les publications de nos collègues des études sur l’endémie du paludisme et d’autres membres de la communauté de recherche sur le paludisme. Nous espérons que les nouvelles fonctionnalités de cette publication de données la rendront accessible à un public encore plus large, et notre équipe travaille dur pour produire la prochaine version. «
Le Professeur Abdoulaye Djimde, co-auteur de l’Université des Sciences, Techniques et Technologies de Bamako, Mali, a déclaré: << Une évaluation quantitative de la manière dont les parasites du paludisme répondent aux interventions de santé publique est la clé d'une campagne d'élimination réussie et durable. des ressources librement disponibles faciliteront la recherche sur les processus évolutifs du parasite du paludisme, ce qui en fin de compte éclairera des stratégies efficaces et durables de contrôle et d'élimination du paludisme qui seront essentielles pour mettre fin à cette maladie dévastatrice. "
La source:
Wellcome Trust Sanger Institute
Référence du journal:
Ahouidi, A., et al. (2021) Un ensemble de données ouvertes sur la variation du génome de Plasmodium falciparum dans 7000 échantillons dans le monde [version 1; peer review: awaiting peer review]. Recherche ouverte Wellcome. doi.org/10.12688/wellcomeopenres.16168.1.
