Quelle est la prévalence des entérobactéries résistantes aux carbapénèmes chez les individus avec et sans facteurs de risque pour la santé ?

Dans une étude récente publiée dans le Journal américain de contrôle des infectionsles chercheurs ont évalué l’épidémiologie des entérobactéries résistantes aux carbapénèmes (CRE) dans huit régions métropolitaines des États-Unis (États-Unis) entre le 1er janvier 2012 et le 31 décembre 2015.

Arrière plan

Les CRE transmettent rapidement des bactéries généralement associées aux établissements de soins de santé et peuvent provoquer des infections compliquées. Les CRE producteurs de carbapénémase (CP) sont très préoccupants car la carbapénémase peut inactiver les antibiotiques β-lactamines et peut être codée sur des plasmides, facilitant la transmission des CRE. Cependant, des infections à CRE ont été signalées chez des personnes non exposées aux soins de santé, et les données épidémiologiques sur les infections à CRE chez ces personnes font défaut.

Plusieurs études de surveillance ont été menées dans le cadre du programme des infections émergentes (EIP) des Centers for Disease Control and Prevention (CDC) sur la CRE et d’autres bactéries gram-négatives résistantes aux médicaments dans le cadre de l’initiative de surveillance multi-sites gram-négatif (MuGSI) à partir de 2012 .

À propos de l’étude

Dans la présente étude, les chercheurs ont analysé les données de surveillance MuGSI CRE pour évaluer de manière comparative l’épidémiologie des cas de CRE associés aux soins de santé (HCA-CRE) et des cas de CRE associés à la communauté (CA-CRE) aux États-Unis.

Les données de surveillance active, de laboratoire et de population ont été analysées pour identifier les cas de patients positifs à la CRE, qui ne présentaient aucune sensibilité aux carbapénèmes (l’ertapénème était exclu) et qui étaient résistants à tous les antibiotiques céphalosporines de troisième génération testés. Les dossiers médicaux ont été obtenus rétrospectivement pour classer les cas comme HCA-CRE ou CA-CRE chez les patients sans facteurs de risque connus pour la santé. Les cultures ont été obtenues dans les trois jours suivant les admissions à l’hôpital.

De plus, les isolats d’Enterobacterales ont été soumis au CDC pour une analyse de séquençage du génome entier (WGS) à l’aide de bases de données de gènes de résistance aux antibiotiques (AR) telles que le NCBI (centre national d’information sur la biotechnologie), pubMLST (typage de séquences multilocus accessible au public) et ResFinder via 27 Décembre 2019.

Les isolats de CRE ont ensuite été caractérisés par le CDC à l’aide de plusieurs tests, qui étaient : (i) la spectrométrie de masse à temps de vol par ionisation par désorption laser assistée par matrice (MALDI-TOF) pour l’identification des espèces, (ii) la métallo-β-lactamase ( MBL) test de dépistage pour déterminer la sensibilité aux antimicrobiens, (iii) test de Hodge modifié (MHT) pour détecter la production de carbapénèmase et (iv) réaction en chaîne par polymérase en temps réel (PCR) pour identifier les gènes de métallo-β-lactamase tels que bla_NDMbla_{Similaire à l’OXA-48}bla_VIGUEURbla_CPKet des gènes de résistance à la colistine mobilisés par le plasma (mcr)-1,2. Les rapports du CDC sur les isolats CRE au 7 août 2020 ont été considérés comme définitifs.

Les sites d’étude comprenaient la Géorgie, le Minnesota, l’Oregon, le Colorado, le Maryland, le Nouveau-Mexique, New York, le Tennessee, Atlanta, St. Paul, Minneapolis, Portland, Denver, Baltimore, Albuquerque, Rochester et Nashville, et la population totale de surveillance était de 15 million. Les isolats CRE identifiés dans les laboratoires locaux avec des CMI (concentrations minimales inhibitrices) ≥ 2 mg/mL pour le méropénem, ​​le doripénem ou l’imipénème, et des CMI ≥ 16 mg/mL et ≥4 mg/mL pour la ceftazidime et la ceftriaxone/céfotaxime, respectivement, ont été pris en compte pour l’analyse.

Les dossiers des patients hospitalisés de l’hôpital de soins aigus de courte durée (ACH), de l’ACH de longue durée (LTACH) et de l’établissement de soins de longue durée (LTCF) de l’année précédente de la date de prélèvement de l’échantillon ont été analysés. Les dossiers des patients externes obtenus cinq jours avant la date de collecte ont été analysés. Une analyse descriptive a été effectuée et les taux bruts d’incidence des cas de CRE et les scores de l’indice de comorbidité de Charlson (CCI) ont été calculés.

Résultats

Sur 1 585 cas incidents d’infection CRE identifiés, 1 499 et 1 194 cas et cas patients ont été analysés, respectivement. Parmi les cas d’infection CRE, 10 % (n = 149) et 90 % (n = 1 350) étaient des cas CA-CRE et HCA-CRE, respectivement. Les taux d’incidence bruts globaux et CA-CRE étaient de 2,9 et 0,3 cas pour 100 000 personnes, respectivement.

Les taux d’incidence bruts les plus élevés de CRE pour HCA-CRE ont été observés en Géorgie et dans le Maryland et pour les cas de CA-CRE à New York et au Nouveau-Mexique. La plupart des cas de CA-CRE ont été observés chez des individus blancs (73 %) et des femmes (84 %) à partir d’échantillons d’urine (98 %). Les infections des voies urinaires (IVU) étaient les infections les plus fréquemment signalées, plus fréquemment signalées parmi les cas de CA-CRE (83 %) que les cas de HCA-CRE (67 %). Cinq des 12 (42 %) isolats de CA-CRE séquencés (42 %) étaient CP-positifs avec une MLST distincte.

Parmi les spécimensK. pneumoniae (53 %, n = 800) a été le plus souvent détecté, suivi de Escherichia coli (18 %, n = 275), et une plus grande proportion de cas d’HCA-CRE (58 %) sont survenus en raison de K. pneumoniae infections que les cas CA-CRE (19 %). Au contraire, E. coli était l’organisme responsable de la plupart des cas de CA-CRE (40 %) que des cas de HCA-CRE (16 %). Cependant, E. cloaques et K. aérogènes étaient les plus répandus dans les deux types de cas en Oregon et au Minnesota, respectivement.

Sur 15 cas signalés, 14 cas-patients (deux patients CA-CRE et 13 patients HCA-CRE) avaient voyagé en dehors des États-Unis vers l’Alaska et/ou Hawaï au cours des deux mois précédents de prélèvement d’échantillons. Parmi les isolats CRE, 45 % (n = 664) étaient sensibles à ≥ 1 antibiotique β-lactame, dont 81 % et 41 % des cas CA-CRE et HCA-CRE, respectivement.

Sur 64 isolats de CRE provenant de cas de CA-CRE soumis au CDC, cinq isolats de CP ont été détectés par analyse PCR, dont trois, un et un hébergeaient des gènes KPC pour K. pneumoniae, des gènes KPC pour le complexe E. cloacae et NDM gènes pour E. coli, respectivement. Les scores médians du CCI pour les cas CP-CA-CRE et non CP-CA-CRE étaient de deux et un, respectivement.

Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont montré que 10 % des cas de CRE sont survenus chez des personnes résidant dans la communauté sans facteurs de risque pour la santé connus et que certains isolats de CA-CRE comprenaient des gènes de carbapénémase. Les résultats soulignent la nécessité d’une surveillance continue de la CRE dans les milieux communautaires pour surveiller l’émergence de la CRE au-delà des établissements de soins de santé et identifier les changements dans l’épidémiologie de la CRE.