L’Organisation mondiale de la santé (OMS) a déclaré la récente épidémie d’infections par le virus monkeypox dans les régions non endémiques une urgence de santé publique de portée internationale (USPPI) le 23 juillet 2022. Cela a conduit les responsables de la santé publique de nombreux pays à définir des lignes directrices sur la détection précoce, isolement des cas et mesures de confinement pour atténuer la propagation de ce virus.
Au début de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), les résultats positifs des tests ont été viciés par la contamination et les variations de la sensibilité des tests de plus de mille fois. Afin d’éviter une perte de confiance dans la méthode potentiellement intéressante de réaction en chaîne par polymérase (PCR) qui peut être rapidement déployée si nécessaire, les auteurs d’une récente Eurosurveillance Une étude de journal explore la fiabilité de cette approche analytique pour le diagnostic du monkeypox dans le contexte de son utilisation généralisée dans le diagnostic du COVID-19.
Étude: Monkeypox : un autre test pour la PCR. Crédit d’image : luchschenF / Shutterstock.com
Sommaire
Virus familier
Le monkeypox n’étant pas un nouveau virus, plusieurs tests sont actuellement disponibles pour son diagnostic, ce qui permet aux chercheurs de confirmer la validité et les performances de la PCR pour le diagnostic du monkeypox.
Étant donné que les autres poxvirus sont assez rares, il est peu probable qu’ils aient une importance dans la spécificité du test. Cependant, la sensibilité de la PCR pourrait être altérée en raison de faux négatifs si d’autres virus orthopox sont détectés par le test.
Pour optimiser leurs résultats, les auteurs fournissent des précautions importantes qui devraient être prises par les laboratoires, comme l’utilisation de leurs propres appareils et échantillons pour évaluer les protocoles des tests disponibles. L’évaluation de la limite de détection (LOD) et d’autres évaluations similaires doivent utiliser des contrôles déterminés quantitativement similaires à l’échantillon clinique à tester. Avec de telles précautions en place, «On peut s’attendre à ce que des tests bien conçus et optimisés démontrent des performances proches de la copie unique.”
La contamination peut augmenter en raison de la contamination d’échantillons négatifs par des échantillons positifs avec une charge virale élevée lorsque les deux sont dans la même série. La contamination peut également altérer l’intégrité des modèles synthétiques comme les amplicons, c’est pourquoi les échantillons sont préparés séparément du site d’analyse.
Les contrôles positifs utilisent souvent des oligonucléotides synthétiques lors du développement initial du test pour un nouveau micro-organisme. Notamment, cela peut également entraîner une contamination.
Assurer la précision
Les auteurs discutent de la nécessité de normaliser et décrivent les facteurs qui peuvent influer sur l’exactitude des résultats des tests avant l’analyse. Certains de ces facteurs peuvent inclure le choix de l’écouvillon et de l’échantillon, la méthode de prélèvement de l’échantillon et le milieu de transport. Chacun de ces facteurs influence la quantité finale et la qualité de l’acide nucléique requis pour le test PCR.
Des contrôles appropriés doivent être établis, car ils déterminent la performance du test par des caractéristiques telles que la limite de détection (LOD). L’utilisation de virus ou de particules de type virus est préférée aux contrôles synthétiques qui ne peuvent fournir que des contrôles positifs pour l’étape de PCR.
Avec une surveillance accrue, les modifications génétiques susceptibles d’affecter les performances des tests et d’augmenter les résultats faussement négatifs doivent être identifiées.
Il existe déjà des modifications génétiques de certaines des séquences ciblées par les PCR publiées dans le virus monkeypox qui est actuellement en circulation.”
Les tests quantitatifs de l’ADN du virus monkeypox sont également essentiels pour évaluer les caractéristiques de performance analytique, ainsi que l’évolution des schémas d’épidémie et de maladie. Cela nécessite une évaluation méthodologique minutieuse pour obtenir des résultats comparables entre les différents groupes de recherche.
Dans ce domaine, la PCR quantitative (qPCR) est devenue populaire en raison de son format automatisé. Néanmoins, la qPCR ne fournit qu’une quantification brute qui est inappropriée pour la détermination du seuil de test, la quantification virale réelle ou le rapport LOD à moins d’être correctement calibré.
La méthode préférée de quantification consiste à mesurer le nombre d’unités du génome viral en copies par unité de volume. Cela nécessite l’utilisation d’étalons normalisés qui ont fait l’objet d’une caractérisation complète et sont, par conséquent, fiables pour ce type d’évaluation de test.
La PCR numérique (dPCR) est un matériau de référence potentiel qui peut être utilisé lorsque d’autres normes de diagnostic sont en cours d’élaboration. Cependant, la dPCR ne permet pas les tests à haut débit, est moins largement utilisée et est plus récente. Néanmoins, cette méthode analytique a fourni un point de comparaison précieux pour la PCR diagnostique COVID-19 dans la pandémie actuelle.
Ainsi, les tests PCR publiés précédemment peuvent aider à appliquer la dPCR dans l’épidémie de monkeypox et à attribuer une valeur quantitative aux contrôles du virus monkeypox. Ceux-ci peuvent être utilisés pour s’assurer que les PCR de diagnostic sont conformes aux spécifications de performance.
Des lignes directrices
L’OMS a fourni des directives provisoires sur le dépistage du monkeypox par PCR. Cependant, ces lignes directrices incluent certains termes qui pourraient entraîner une confusion résiduelle et des divergences dans les résultats des tests en permettant différentes interprétations des étapes clés de la conception expérimentale, des critères d’évaluation, de la qualité des échantillons, des acides nucléiques et des matériaux de contrôle.
La charge virale peut influencer la facilité de détection de l’ADN viral, ainsi que le risque de faux positifs par contamination croisée. Les valeurs du cycle de quantification (Cq) couvrent des valeurs mille fois séparées, ce qui rend son interprétation difficile.
Les futures études explorant les quantités d’ADN du virus monkeypox doivent fournir une estimation de la façon dont une valeur Cq donnée correspond aux copies du génome viral.”
D’autres recommandations ont été faites par des comités techniques de l’Organisation internationale de normalisation (ISO). L’expérience de la pandémie de COVID-19 doit être mise à profit pour maximiser la précision du test dans des situations similaires.
conclusion
Alors que la pandémie de COVID-19 a amené la PCR en tant que méthode de diagnostic au premier plan dans le monde, elle a également augmenté la capacité totale de test moléculaire de divers agents pathogènes. La capacité de test accrue et l’expérience acquise au cours de cette période aideront à raccourcir le temps de réaction pour une réponse similaire à la variole du singe et à d’autres épidémies d’agents pathogènes nouveaux ou réémergents.
La principale priorité dans tous les cas où la PCR doit être utilisée à grande échelle est de « normaliser la réponse des laboratoires et mettre en œuvre les enseignements tirés de la COVID-19.” Cela contribuera à garantir des résultats fiables, à renforcer la confiance et à fournir des données inestimables pour guider les décisions de santé publique et la gestion des patients.
