Le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2), a tué des millions de personnes de la maladie à coronavirus 19 (COVID-19). Des études rétrospectives indiquent que les personnes infectées par le SRAS-CoV-2 et présentant des symptômes sont contagieuses pendant environ neuf jours. Cependant, la présence d’ARN viral peut persister au-delà de la fin de la période infectieuse.
Étude : Charge virale et infectiosité du SRAS-CoV-2 dans des échantillons respiratoires et oraux appariés provenant d’individus symptomatiques, asymptomatiques ou post-symptomatiques. Crédit d’image : creativeneko/Shutterstock
Le virus se libère de l’hôte infecté avant l’apparition des symptômes. Par conséquent, il a été estimé qu’environ 44% des infections surviennent alors que le cas index est pré-symptomatique. Malgré la disponibilité des vaccins, le virus continue de faire des ravages sur la santé humaine. Cela est dû en partie à des infections infectieux causées par des variantes préoccupantes (VoC) et en partie à la négligence du public et à des doutes sur les vaccins et leur efficacité. Ainsi, il existe toujours une forte demande pour des tests de diagnostic rapides, sensibles et efficaces. Une compréhension affinée de la période infectieuse du SRAS-CoV-2 est également nécessaire pour une intervention visant à limiter la transmission.
Pour comprendre la charge virale dans différentes sections d’individus infectés, leurs schémas d’excrétion respectifs et la sensibilité des tests SARS-CoV-2, les chercheurs ont publié une étude dans le serveur de préimpression. medRxiv*. Ils ont comparé les performances cliniques de trois tests de diagnostic (test Rheonix COVID-19 MDx, test RT-PCR en temps réel EZ-SARS-CoV-2 et test du kit TaqPath COVID-19 Combo) et ont déterminé la sensibilité diagnostique des appareils respiratoires appariés. (écouvillons nasopharyngés et des narines antérieures) et des échantillons oraux (salive et écouvillonnages sublinguaux) prélevés sur des individus symptomatiques, asymptomatiques ou post-symptomatiques.
À propos de l’étude
Les chercheurs ont collecté des échantillons de 77 personnes, dont 75 ont été diagnostiquées avec COVID-19 et classées comme symptomatiques (n = 29), asymptomatiques (n = 31) ou post-symptomatiques (n = 15). Les échantillons ont été collectés à un moment donné de chaque individu, entre 1 et 23 jours après le diagnostic initial de COVID-19, et comprenaient un écouvillonnage de salive (S) ou sublingual (SL) auto-collecté et un écouvillon bilatéral des narines antérieures (AN), suivi par un prestataire de soins de santé prélevant des écouvillons nasopharyngés (NP).
Soixante-trois ensembles d’échantillons ont été testés à l’aide de trois plates-formes de dosage, le dosage Rheonix COVID-19 MDx, le dosage RT-PCR en temps réel EZ-SARS-CoV-2 et le dosage du kit TaqPath COVID-19 Combo. La sensibilité diagnostique de chaque test/plate-forme et type d’échantillon a été déterminée.
Sur les 63 ensembles de spécimens, le SRAS-CoV-2 a été détecté dans 62 spécimens NP, 52 spécimens AN, 59 spécimens de salive et 31 spécimens SL par au moins une plate-forme. Le SRAS-CoV-2 infectieux a été isolé à partir de 21 échantillons NP, 13 AN, 12 salives et un échantillon SL sur 50 ensembles d’échantillons. L’isolement du SRAS-CoV-2 a été le plus réussi jusqu’à 5 jours après le diagnostic initial de COVID-19 en utilisant des échantillons de NP de patients symptomatiques (16 sur 24 positifs, 66,67 %), suivis d’échantillons de patients asymptomatiques (5 sur 17 positifs, 29,41 %) , alors qu’il n’a pas eu beaucoup de succès avec des échantillons de patients post-symptomatiques.
Naturellement, la sensibilité des tests était plus faible chez les patients asymptomatiques que chez les patients symptomatiques, même s’ils ont été collectés dans le même délai de 1 à 5 jours après le test de diagnostic initial. En revanche, ceux des patients post-symptomatiques étaient inférieurs à ceux des patients symptomatiques et asymptomatiques.
La détection du SRAS-CoV-2 était la plus élevée avec les échantillons de NP sur toutes les plates-formes à 87,30 %, suivi de 82,54 % des échantillons d’AN et de 74,60 % des échantillons de salive. La détection du SRAS-CoV-2 a diminué à 61,9% dans les échantillons SL sur toutes les plateformes.
La simplicité des échantillons de salive et d’AN auto-collectés a atténué la sensibilité plus faible de ces deux échantillons par rapport aux échantillons de NP. Par conséquent, les échantillons de salive et d’AN pourraient être considérés comme des alternatives acceptables pour les tests de diagnostic ou la surveillance symptomatiques du SRAS-CoV-2 avec une fréquence d’échantillonnage accrue des individus asymptomatiques.
Collectivement, cette étude a identifié le test EZ-SARS-CoV-2 sur la plate-forme ABI 7500 comme le test SARS-CoV-2 le plus sensible parmi les patients séparés par symptomatologie et entre les types d’échantillons. Le système Rheonix a également démontré une sensibilité diagnostique élevée sur des échantillons de NP, d’AN et de salive. Bien que les échantillons NP aient fourni la sensibilité la plus élevée individuellement, 86 à 90 % des échantillons appariés d’AN et de salive ont été détectés, prouvant leur valeur en tant qu’échantillons de substitution pour la détection.
Implications
Alors que le nombre de cas de COVID-19, en particulier d’infections percées, continue d’augmenter, il devient de plus en plus important de disposer de tests rapides et sensibles pour détecter la maladie à partir d’échantillons. L’écouvillonnage nasopharyngé nécessitant un certain niveau de compétences, l’alternance d’échantillons avec des résultats presque similaires peut résoudre la demande croissante de tests à l’heure actuelle.
Comme les échantillons d’AN et de salive peuvent être auto-collectés avec un minimum d’EPI, de matériel et d’assistance, ils offrent des alternatives aux échantillons de NP. La détection robuste du SARS-CoV-2 à partir d’échantillons d’AN et de salive par le test EZ-SARS-CoV-2 prend en charge l’utilisation de l’un ou l’autre des échantillons dans un programme de surveillance d’individus asymptomatiques. Cela sera extrêmement utile pour réduire le nombre de cas en brisant la chaîne plus tôt.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
