Alors qu’une deuxième vague de la pandémie COVID-19 frappe de nombreuses régions du monde, une nouvelle étude rapporte une méthode pour surveiller le nombre effectif de reproduction (Re) en temps quasi réel. L’étude, publiée sur le serveur de pré-impression medRxiv * en novembre 2020, permet d’évaluer l’état de la pandémie dans un pays donné, tout en permettant de comparer directement entre les pays différentes politiques de santé publique et d’autres facteurs affectant le taux de transmission virale.
La valeur Re est un outil essentiel pour surveiller la vitesse à laquelle une maladie infectieuse se propage. Il calcule le taux moyen auquel les individus infectés transmettent aux autres. Lorsqu’elle tombe en dessous de 1, l’épidémie n’est plus auto-entretenue et diminue de taille. Certains facteurs importants qui modifient le Re au cours d’une épidémie comprennent une réduction marquée du nombre d’individus sensibles, une baisse saisonnière de la transmission, des changements dans la manière dont les personnes infectées et non infectées interagissent, et l’effet des interventions pharmaceutiques et non pharmaceutiques (INP ).
Il existe deux méthodes principales de calcul du Re, la première catégorie suivant un modèle compartimenté et celles qui comptent le nombre d’infections secondaires pour chaque individu infecté primaire directement dans un modèle chronologique d’incidence.
Sommaire
Avantages de la modélisation d’incidence de séries chronologiques
L’étude actuelle suit la deuxième méthode. La principale difficulté ici est l’impossibilité d’observer directement les infections secondaires, ce qui oblige à identifier leur apparition probable par des tests d’individus symptomatiques ou par une surveillance régulière en testant un groupe de contacts, par exemple. Cela implique nécessairement un retard dans la détection et l’utilisation d’un indicateur supplétif de l’infection tel que l’incidence de l’infection, l’hospitalisation et le décès.
Cette méthode présente également les avantages d’exiger peu d’hypothèses simples et peut utiliser indépendamment plusieurs indicateurs indirects d’événements infectieux, ce qui permet des analyses de sensibilité.
Le point critique pour une telle méthode est la disponibilité de données précises à grande échelle. Les chercheurs de cette étude ont utilisé des données fournies par différentes autorités de santé publique, provenant de divers rapports de cas, tels que ceux sur les décès, les hospitalisations et le nombre total de cas. C’était à des fins de comparaison, ce qui a accru la validité des estimations finales.
Ils ont également utilisé le Re pour évaluer l’association entre divers INM et la transmission virale, ce qui aidera à formuler d’autres décisions sur la politique de santé publique. Les valeurs de Re ont d’abord été fixées à environ 3, puis sont tombées en dessous de 1, puis ont plané juste au-dessus de 1 pendant un certain temps. Ils ont observé que l’utilisation de cette méthode leur permettait de suivre avec précision le Re, sur toute la période de la pandémie jusqu’à présent, en particulier s’il était inférieur ou supérieur à 1 à tout moment. La date réelle à laquelle le Re franchit ce seuil pourrait être identifiée dans une marge de 3 jours ou moins.
L’estimation Re convient également aux études à plus petite échelle. Par exemple, il peut être appliqué pour estimer le Re par rapport à la transmission locale seule, sans tenir compte des cas importés. Cette partie du travail a été soutenue par les données de l’Office fédéral de la santé publique (OFSP) en Suisse, concernant l’épidémie de COVID-19 en Suisse.
Verrouillages associés à l’arrêt de l’expansion épidémique
Les chercheurs ont constaté que dans la plupart des cas, le Re est tombé en dessous de 1 seulement après la mise en place de verrouillages à l’échelle nationale. En comparant plusieurs INM avec les dates des interventions, dans 20 pays européens disposant de données de bonne qualité, ils ont constaté que tous, à l’exception de la Suède, avaient émis des ordonnances de séjour à domicile. Dans tous ces pays, Re était nettement supérieur à 1 avant le lock-out, à l’exception du Danemark. Les estimations les plus fiables sont basées sur le nombre de cas plutôt que sur le nombre de décès, car ce dernier est beaucoup plus petit. Pourtant, les résultats sont similaires, quel que soit le type de données utilisées, affirment les chercheurs.
Ils ont également répété la même étude avec 39 pays à travers le monde, qui avaient mis en œuvre des INP rigoureux. Ils ont constaté que 28 d’entre eux avaient un Re supérieur à 1 avant la date à laquelle les NPI franchissaient un indice de rigueur (SI) de 50. Plus le gouvernement instituait un verrouillage rapide, plus la diminution de Re était rapide. En Europe, comme l’IS a évolué dans une plus large mesure, reflétant des interventions plus fortes, dans les jours précédant son atteinte de 50, l’estimation Re a baissé davantage à la date de référence.
Ce même schéma a été observé dans l’étude globale, bien que les changements ne soient pas significatifs. La présence de telles tendances indique que les verrouillages étaient nécessaires pour freiner la propagation virale, puisque le Re était bien au-dessus de 1 à ce moment-là, plutôt que d’être en dessous, comme on le prétend souvent.
La meilleure façon de prédire quand Re tombe en dessous de 1 est le Re le jour où le verrouillage commence, ont-ils trouvé, plutôt que le SI au verrouillage. Ils ont également observé une faible association entre le SI le plus élevé pendant le verrouillage et le Re le plus bas atteint pendant cette période. Dans des endroits comme l’Afrique, par exemple, où, dans certains cas, les INP ont été introduits avant même que des cas ne soient détectés, il n’y avait manifestement aucun changement détectable dans Re.
Les résultats ont également mis en lumière les effets des assouplissements des INP, en Amérique du Nord, en Asie et en Europe, où les augmentations de l’IS étaient plus significativement liées à une estimation de Re plus faible qu’à la réduction de l’IS. «Cela suggère que l’annulation des interventions non pharmaceutiques a eu un effet très différent de leur introduction.» Cela pourrait être dû à des changements continus dans le comportement public et aux mesures de santé publique telles que la recherche des contacts et la quarantaine, qui réduisent la transmission virale même sans verrouillage.
Le changement d’une semaine dans Re suite à des changements dans la rigueur gouvernementale.
Quelles sont les implications?
Pour résumer, les résultats montrent que les IPN sont associés à une baisse de Re, mais leur relaxation ne provoque pas immédiatement un retour aux valeurs d’origine.
Les chercheurs soulignent l’importance de communiquer ces résultats pour gagner la confiance du public dans les politiques de santé qui affectent leur vie quotidienne et leur bien-être économique. Les enquêteurs ont également construit un tableau de bord en ligne où toutes les estimations Re sont présentées, en utilisant des observations provenant de plusieurs sources. Cela permettrait des comparaisons au sein d’un pays, entre pays ou entre plusieurs sources de données telles que les hospitalisations par rapport aux cas ou aux décès.
Selon eux, «Pendant la pandémie actuelle de SRAS-CoV-2, les estimations de Re intéressent les autorités sanitaires, les politiciens, les décideurs, les médias et le grand public. En raison de cet intérêt général et de l’importance critique des estimations Re, il est essentiel de communiquer à la fois les résultats ainsi que l’incertitude et les mises en garde associées d’une manière ouverte, transparente et accessible. C’est pourquoi nous affichons les résultats mis à jour quotidiennement sur un tableau de bord en ligne, accessible sur https://ibz-shiny.ethz.ch/covid-19-re/. »
En plus des données sur les caractéristiques du virus, il est important de tenir compte de la fatigue du verrouillage, des facteurs culturels locaux, de la confiance dans les autorités gouvernementales et de la santé publique et dans les scientifiques, ainsi que du stress financier induit par des INP rigoureux, qui peuvent tous confondre les résultats finaux de Re estimation. Des études futures pourraient utiliser cette méthode pour explorer ces contributions ainsi que celle des variations du temps et du climat, afin d’arriver au niveau le plus bas de NPI qui, en combinaison avec d’autres facteurs actifs, fixeront le Re en dessous de 1 pour un emplacement.
Les auteurs concluent: «D’une manière générale, notre cadre est utile à la fois pour informer les gouvernements et le grand public sur l’état de l’épidémie dans leur pays, ainsi qu’une source de comparaison détaillée entre les pays et en relation avec les politiques locales de santé publique et les covariables externes. telles que la mobilité, les données comportementales ou météorologiques. »
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / le comportement lié à la santé ou être traités comme des informations établies.
