Une équipe internationale de scientifiques enquêtant sur la transmission d’une bactérie mortelle résistante aux médicaments qui rivalise avec le SARM, a découvert que si les insectes se trouvent dans le bétail, les animaux de compagnie et l’environnement au sens large, ils sont rarement transmis aux humains par cette voie.
Les chercheurs, dirigés par le professeur Ed Feil du Milner Center for Evolution de l’Université de Bath, ont étudié la prévalence de Klebsiella, une famille d’espèces bactériennes qui vit sans danger dans les intestins, mais qui peut être dangereuse si elle se propage à d’autres parties du corps.
Klebsiella pneumoniae est l’espèce la plus connue de cette famille, qui peut provoquer des pneumonies, des méningites, des infections des voies urinaires et des infections de la circulation sanguine.
Ces bactéries sont aujourd’hui très résistantes aux antibiotiques, certaines souches étant même résistantes aux carbapénèmes, une classe d’antibiotiques dite de « dernier recours » qui n’est utilisée que lorsqu’aucun autre traitement antibiotique ne fonctionne.
Klebsiella a dépassé le SARM en tant que problème de santé au Royaume-Uni, avec des taux en constante augmentation. L’OMS a reconnu la bactérie comme un agent pathogène prioritaire associé aux soins de santé.
En plus d’être trouvé dans les hôpitaux, le microbe a également été détecté dans l’environnement, y compris le bétail et les eaux usées, mais jusqu’à présent, il n’était pas clair si la bactérie était transmise entre les environnements cliniques et non cliniques.
Dans l’étude à plus grande échelle jamais menée, l’équipe a recueilli 6 548 échantillons sur une période de 15 mois à différents endroits dans et autour de la ville italienne de Pavie, où cet agent pathogène est un problème majeur dans les hôpitaux, et les a analysés à l’aide de techniques de séquençage du génome entier pour détecter et identifier tout Klebsiella bactéries présentes.
L’équipe a écouvillonné des patients dans les hôpitaux et des «porteurs» sains dans la communauté, a prélevé des échantillons dans des fermes, des flaques d’eau, des animaux domestiques et même des mouches domestiques et d’autres insectes pour détecter où la bactérie était présente.
À partir de là, ils ont trouvé 3 482 isolats comprenant 15 espèces différentes de Klebsiellala moitié des échantillons positifs contenant K. pneumoniae.
Lorsque l’équipe a séquencé génétiquement les bactéries pour trouver quelles souches étaient présentes, ils ont constaté qu’il y avait très peu de chevauchement entre les insectes trouvés dans les hôpitaux et ceux trouvés dans l’environnement.
Le professeur Ed Feil, qui a dirigé l’étude, a déclaré: « Klebsiella les infections deviennent de plus en plus résistantes aux antibiotiques, donc alors que vous pouviez traiter facilement la plupart des infections des voies urinaires, il est maintenant plus courant que les patients contractent des infections qui reviennent sans cesse et causent des problèmes.
« Klebsiella peut également provoquer une pneumonie, qui tue environ la moitié des patients. Ces bactéries sont un problème plus important au Royaume-Uni que le SARM.
« Nos chercheurs voulaient savoir si des bactéries résistantes se propagent maintenant dans les animaux domestiques, les fermes, le bétail, les plantes et l’eau, et nous voulions donc déterminer où Klebsiella est détecté et surveille sa propagation, afin d’informer sur la meilleure façon de prévenir et de contrôler les épidémies.
« Nous avons constaté qu’il était présent partout, mais nous avons été surpris que les souches trouvées à l’hôpital soient différentes de celles trouvées dans l’environnement, ce qui indique qu’il y a très peu de transfert entre les deux habitats : les humains attrapent presque toujours cela d’autres humains.
« Cela confirme que la meilleure façon de contrôler l’infection par ces bactéries reste une hygiène hospitalière stricte, et qu’il y a moins de risques que des épidémies soient causées par le contact avec des animaux ou l’environnement qu’on ne le craignait auparavant, du moins dans un pays à ressources élevées comme l’Italie. «
La crainte était que les agriculteurs puissent attraper ces bactéries à partir de leur bétail ou de leur sol, que nous puissions être infectés par de la salade contaminée ou tomber malades si nous nageons dans des lacs infectés.
Nos recherches n’ont donné aucune preuve de cela, cependant, nous avons trouvé des klebsiella résistantes chez les animaux de compagnie, comme les chats et les chiens. Les vétérinaires et les propriétaires doivent en être conscients, car ces animaux pourraient présenter un risque de propagation de la bactérie. »
Docteur Harry Thorpe, premier auteur de l’article, Université d’Oslo (Norvège)
Le consortium du projet, appelé SpARK, était dirigé par Bath mais comprenait des chercheurs du Royaume-Uni (Wellcome Sanger Institute, universités de Bristol et Glasgow), de Norvège, de France, de Finlande et d’Italie. Le travail a été financé par l’Initiative de programmation conjointe sur la résistance aux antimicrobiens (JPI-AMR) et le MRC, et publié dans Microbiologie naturelle.
Le professeur Feil a déclaré : « Il s’agit de l’étude la plus vaste et la plus systématique qui ait été menée en même temps dans un seul lieu géographique.
« Nous avons examiné la transmission des souches, mais la résistance aux antibiotiques peut être conférée très facilement à d’autres souches lorsqu’elles échangent et récupèrent des morceaux circulaires d’ADN appelés plasmides.
« Nous voulons ensuite suivre la manière dont les plasmides sont transférés entre les souches, en utilisant une technique appelée séquençage à lecture longue. »
L’équipe a récemment reçu une subvention de réseau du JPIAMR pour ce faire, qui s’appuie sur une communauté de recherche GW4 et a été soutenue par l’Alliance GW4 AMR.