Les tests actuellement disponibles pour détecter la charge antigénique chez les patients suspectés d’être infectés par le coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) comprennent les tests rapides d’antigène et de réaction en chaîne par polymérase à transcriptase inverse (RT-PCR). Plusieurs études ont comparé la sensibilité clinique des tests moléculaires et des tests antigéniques rapides sur des échantillons d’écouvillonnage nasopharyngé ou nasal pour détecter les niveaux de SARS-CoV-2.
Étudier: Sensibilité analytique et efficacité des différentes options de test SARS-CoV-2. Crédit d’image : anyaivanova/Shutterstock.com
Cependant, une limitation majeure de ces études a été la nécessité de collecter des écouvillons séparés pour détecter respectivement l’acide ribonucléique (ARN) et l’antigène du SRAS-CoV-2, dans lesquels ces personnes étaient généralement testées en raison de symptômes (légers) et avaient déjà un taux viral plus élevé. charges. Les données disponibles de ces études qui comparaient directement la sensibilité analytique de différents systèmes de technologie d’amplification d’acide nucléique (NAT) et de dispositifs à flux latéral pour la détection rapide des antigènes du SRAS-CoV-2 à l’aide de dilutions en série de liquide d’écouvillonnage avec une charge virale connue ont été très limité.
Sommaire
À propos de l’étude
Des chercheurs néerlandais ont récemment publié une étude sur le serveur de préimpression medRxiv*, dans lequel ils ont utilisé des préparations de référence à partir d’échantillons d’écouvillons regroupés dans un milieu de transport viral (VTM) pour comparer la sensibilité analytique de différents tests SARS-CoV-2. À cette fin, les chercheurs ont utilisé de la bêtapropiolactone pour inactiver ces échantillons et mesuré la charge virale avant et après inactivation.
Étant donné que les tests antigéniques rapides sont connus pour manquer une proportion considérable d’individus infectés, les chercheurs ont également évalué deux méthodes NAT qui ont été développées pour une détection rapide de l’infection par le SRAS-CoV-2. Ces méthodes comprennent un essai d’amplification isotherme à médiation par boucle (LAMP) et un essai simple basé sur l’amplification (SAMBA). Les chercheurs ont ensuite comparé la sensibilité de ces tests avec les tests de RT-PCR et d’amplification médiée par la transcription (TMA).
Résultats de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont préparé des normes de travail SARS-CoV-2 et des panels de référence à partir d’un pool d’échantillons de liquide d’écouvillonnage avant et après l’inactivation par la bêta-propiolactone. Ils ont en outre quantifié la charge virale en copies d’ARN détectables par NAT/mL à l’aide d’une analyse de dilution limite.
Les valeurs des limites inférieures de détection (LOD) de 50 % ont ensuite été estimées par analyse probit par rapport aux LOD des tests antigéniques rapides sur des dilutions de 1,5 fois du matériel natif. Les chercheurs ont utilisé quatre tests NAT, dont le Roche cobas PCR, le Hologic Aptima TMA 6.6, le DRW SAMBA et le Molgen LAMP 23. La sensibilité de ces tests a ensuite été comparée aux tests de l’antigène Fluorecare, de l’antigène Abbott Panbio et de l’antigène Roche.
Les quatre tests NAT ont permis de détecter une virémie précoce 40 à 66 heures plus tôt que le seuil d’infectiosité de 1 000 copies/ml, alors que les trois tests d’antigène deviendraient positifs 41 à 48 heures plus tard. Le test Roche cobas pour le cadre de lecture ouvert a/b (ORFa/b) était le plus sensible avec 50 % et 95 % LOD de 1,8 et 8,3 copies/mL, respectivement, lorsqu’il est utilisé sur des échantillons uniques, et 11,1 et 49,8, respectivement, lorsqu’il est utilisé sur des mini-pools de six échantillons.
Le test Aptima TMA était 3,6 fois moins sensible que le Roche cobas PCR avec des LOD à 50 % et 95 % de 6,6 et 29,7 copies/mL, respectivement. Le test LAMP était 12,4 fois moins sensible que le test Roche avec des LOD estimées à 50 % et 95 % de 23 et 102 copies/mL, respectivement. Le test SAMBA II a montré des valeurs pour la LOD à 50 % et la LOD à 95 % de 15 et 133 copies/mL, respectivement.
La sensibilité analytique des dosages rapides d’antigènes sur des dilutions de 1,5 fois des dilutions standard natives était de 28 000 à 56 000 fois inférieure à celle du dosage Roche cobas PCR lorsque l’on comparait la concentration la plus faible donnant une réactivité antigénique indéterminée avec la LOD de 50 % en PCR. Les LOD avec une réactivité positive au test rapide d’antigène étaient 9 000 à 21 000 fois plus élevées que la LOD de 95 % dans le test Roche cobas.
Une dose infectieuse à 50 % de culture tissulaire (TCID50)/mL de fluide de culture a été estimée équivalente à environ 1 000 copies d’ARN/mL dans la norme de travail sélectionnée. En supposant ce niveau comme début de contagiosité dans un modèle de virémie logarithmique, linéaire et progressif avec une augmentation de 10 fois de la charge virale par jour pour la souche de type sauvage du SRAS-CoV-2, les chercheurs ont estimé les moments relatifs du premier détectabilité de l’infection précoce par les différents tests SARS-CoV-2 des LOD susmentionnés.
La modélisation des données de sensibilité analytique s’est avérée compatible avec les données de sensibilité clinique des tests antigéniques rapides. Cela a confirmé que les tests NAT étaient plus fiables que les tests d’antigène pour identifier les individus asymptomatiques infectés précocement qui sont potentiellement infectieux.
Implications
La sensibilité analytique de quatre tests NAT différents s’est avérée meilleure que celle de trois dispositifs à flux latéral pour la détection rapide de l’antigène CoV-2 du SRAS sur des échantillons de liquide d’écouvillonnage avant et après l’inactivation par la bêta-propiolactone. Les chercheurs ont en outre estimé jusqu’à 56 000 fois les différences dans les limites de détection entre plusieurs méthodes de détection du SRAS-CoV-2 sur un pool d’échantillons de liquide d’écouvillonnage avant l’inactivation.
Pris ensemble, les tests NAT pourraient offrir une approche nouvelle et plus efficace pour détecter le SRAS-CoV-2 chez les individus asymptomatiques et aider à prévenir la propagation du COVID-19.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.