Dans une récente étude publiée dans la revue Eurosurveillanceles chercheurs examinent les gènes de résistance aux antibiotiques (ARG) et leur mobilité dans Bifidobactéries et Lactobacilles espèces grâce à l’utilisation d’un pipeline bioinformatique unifié pour isoler ces bactéries des sources alimentaires et probiotiques.
Étude: Une enquête sur les gènes de résistance aux antimicrobiens des bactéries probiotiques fréquemment utilisées, 1901 à 2022. Crédit d’image : MilletStudio / Shutterstock.com
Arrière-plan
Dans leurs précédents travaux basés sur la métagénomique, les chercheurs de la présente étude ont découvert qu’un nombre important d’ARG, probablement des ARG mobiles, sont présents dans les suppléments probiotiques fermentés et non fermentés. Cela permet l’entrée de ces bactéries dans le tube digestif, où elles pourraient être transférées à des bactéries pathogènes non pathogènes ou facultatives. De plus, si ces bactéries probiotiques colonisent l’intestin, leurs gènes de résistance aux antimicrobiens (AMR) pourraient contribuer au résistome intestinal.
L’identification des sources potentielles de RAM est importante, car il s’agit de l’une des principales menaces pour le traitement de multiples maladies transmissibles dans le monde, tant chez les humains que chez les animaux. L’utilisation excessive d’antimicrobiens (AMU) a contribué à une augmentation des taux de RAM dans le monde entier ; Cependant, malgré les mesures d’atténuation visant à réduire l’UAM, l’utilisation excessive d’antibiotiques par les animaux et les humains reste une pratique courante dans de nombreux pays.
Les bactéries acquièrent la RAM par mutations ou transfert horizontal de gènes (HGT), ce dernier se produisant principalement par transformation, transduction ou conjugaison ; cependant, cela peut également survenir en raison du transfert de petits fragments d’acide désoxyribonucléique (ADN) entre deux espèces bactériennes. D’autres éléments qui pourraient améliorer le transfert des gènes AMR sont les plasmides et les éléments génétiques mobiles intégratifs (iMGE).
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs utilisent des données de séquençage de nouvelle génération (NGS) sur 12 espèces bactériennes probiotiques extraites de la base de données PubMed par le biais d’un dépistage non systématique. Les mots-clés utilisés par l’équipe incluaient «yaourt», «probiotique» et «bactérie» dans les publications anglaises avec des données pertinentes sur les espèces bactériennes probiotiques couramment utilisées publiées après 2000.
Les chercheurs ont téléchargé 2 244 échantillons pour 12 espèces probiotiques d’intérêt à partir du référentiel du National Center for Biotechnology Information (NCBI). Dix espèces ont également été analysées à partir d’aliments non fermentés/fermentés ou de compléments alimentaires probiotiques (FFP). Le pipeline bioinformatique a aidé les chercheurs à filtrer les données génétiques pour les ARG et à identifier ceux qui sont mobiles.
Résultats
Les 1 452 échantillons constituaient l’ensemble d’analyse final, car il contenait au moins 80 % du génome de référence. De manière frappante, les isolats de FFP constituaient 579 échantillons, tandis que les 559 et 314 échantillons restants avaient une origine intestinale ou provenaient d’autres sources, respectivement.
Sur les 579 échantillons FFP, 169 étaient positifs à l’ARG et ensuite stratifiés selon leur pays d’origine. Ainsi, les espèces bactériennes probiotiques formant le bactériome des aliments comestibles possèdent des ARG, dont beaucoup sont mobiles. Par conséquent, l’ingestion de ces espèces pourrait contribuer à l’apparition et à la propagation de la RAM.
Par exemple, des échantillons provenant de L. lactis et B. animalis étaient relativement plus riches en ARG, tandis que L. paracasei et L.casei les souches n’avaient pas d’ARG. Lactobacille des espèces comme L. delbrueckii et L. court avaient des ARG relativement moins fréquents.
Malgré des ARG faibles et moins diversifiés, 17 des 18 échantillons positifs à l’ARG avaient des ARG sur des plasmides, tandis que deux échantillons avaient des ARG flanqués d’iMGE. Ces résultats suggèrent que ces espèces sont potentiellement mobiles et, par conséquent, ont des implications importantes pour la santé publique.
Les chercheurs ont noté une corrélation entre tet(W) codant pour la résistance à la tétracycline et ARG-positif B. animalis souches. Bien que considéré comme inné avec un risque de transfert négligeable, tet(W) est généralement flanqué de gènes de transposase.
Parmi les 65 ARG-positifs B. animalis échantillons, 62 échantillons contenant tet(W) ont montré une association avec les iMGE, dont l’interprétation du potentiel de mobilité n’est pas claire. Par conséquent, les implications pour la santé publique de ces observations restent floues. Néanmoins, le plasmidome de L. lactis présente un intérêt pour la santé publique, d’où la nécessité de mesures de surveillance soutenues.
L’Organisation mondiale de la santé (OMS) publie régulièrement une liste mise à jour des antimicrobiens humains. De plus, l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE) publie une liste d’agents antimicrobiens utilisés en médecine vétérinaire. L’Agence européenne des médicaments (EMA) publie également des lignes directrices pour éviter, restreindre, ainsi que faire preuve de prudence et de prudence pour restreindre l’utilisation vétérinaire de certains antimicrobiens essentiels pour la médecine humaine.
Les antimicrobiens d’importance critique hautement prioritaires (HPCIA) sont extrêmement cruciaux pour le traitement des maladies humaines et comprennent les céphalosporines de troisième, quatrième et cinquième génération, les glycopeptides, les macrolides, les kétolides et les quinolones. Notamment, certains des ARG détectés ont compromis deux des cinq médicaments HPCIA. Ces ARG ont également touché six agents antimicrobiens vétérinaires d’importance critique (VCIA), y compris les tétracyclines, quatre agents antimicrobiens vétérinaires très importants (VHIA) comme les rifamycines et les streptogramines, qui est un agent antimicrobien vétérinaire important (VIA).
Les ARG détectés dans les souches bactériennes probiotiques de produits destinés à la consommation humaine ont interféré avec les activités antibiotiques de plusieurs antibiotiques humains et animaux. Il est important de noter que tous les ARG ne se manifestent pas toujours phénotypiquement en tant que RAM.
