Une étude révèle un mélange complexe dans les populations d’ascendance européenne

Une étude récente publiée dans la revue Communications naturelles fournit des preuves d’un mélange sous-continental chez les personnes d’ascendance européenne, contrairement aux études d’association génétique antérieures qui reconnaissent les populations d’ascendance européenne comme stratifiées et non comme mélangées.

Étude: Mélange sous-continental méconnu chez les Européens et les Américains d’origine européenne et implications pour les études d’épidémiologie génétique. Crédit d’image : Chasseur de pixels/Shutterstock.com

Arrière-plan

Les preuves recueillies lors d’études génétiques humaines indiquent une nette variation génétique entre l’Europe du Nord et l’Europe du Sud. Les analyses d’ADN anciennes indiquent également un mélange génétique au sein de l’Europe. Malgré ces preuves, les populations d’ascendance européenne sont pour la plupart considérées comme stratifiées et non mélangées au niveau sous-continental.

La plupart des études épidémiologiques génétiques sur les Européens et les Américains d’origine européenne considèrent la stratification de la population comme le facteur de confusion important et contrôlent ses effets de confusion potentiels en utilisant l’ascendance à l’échelle du génome estimée par l’analyse des composantes principales. Il est important de noter que ces études ne tiennent pas compte de l’ascendance spécifique à un locus, qui est inhérente aux populations mélangées et pourrait conduire à une mauvaise estimation de l’adaptation polygénique et à de mauvaises performances prédictives des scores de risque polygénique.

À propos de l’étude du NIH

Des scientifiques de l’Institut national de recherche sur le génome humain (NHGRI), qui fait partie des National Institutes of Health (NIH) des États-Unis, ont intégré des données individuelles à l’échelle du génome d’environ 19 000 personnes d’ascendance européenne réparties dans 79 populations européennes et cinq populations européennes américaines.

À l’aide des données génétiques, un nouveau panel de référence a été créé pour déterminer la diversité ancestrale qui a été manquée par les projets 1 000 génomes et diversité du génome humain.

Résultats de l’étude

Il a été constaté que les Européens et les Américains européens avaient des lignées génétiques mixtes, communément appelées mélanges. Cela contraste avec les précédentes études génétiques humaines à grande échelle qui considèrent les personnes d’ascendance européenne comme des populations génétiquement homogènes.

Ce qui est clair sur la base de notre analyse, c’est que lorsque les données d’études d’association génétique de personnes d’ascendance européenne sont évaluées, les chercheurs doivent ajuster le mélange dans la population pour découvrir de véritables liens entre les variantes et les traits génomiques », a déclaré Daniel Shriner, Ph.D. , scientifique au Centre de recherche sur la génomique et la santé mondiale des NIH et auteur principal de l’étude.

Pour confirmation expérimentale, les scientifiques ont analysé le gène de la lactase LCT, qui est très variée à travers l’Europe et code pour l’enzyme lactase qui aide à digérer le sucre du lait, le lactose. Le nouveau panel de référence a déterminé les associations entre une variante hautement différenciée du gène de la lactase et des caractéristiques telles que la taille, l’indice de masse corporelle (IMC) et les niveaux de cholestérol des lipoprotéines de basse densité (LDL-C).

L’analyse menée après ajustement à la fois à l’ascendance à l’échelle du génome (population stratifiée) et à l’ascendance spécifique au locus (population mixte) a révélé que la variante génomique du gène de la lactase n’est pas associée à la taille et aux niveaux de LDL-C. Cependant, il existait une association entre la variante et l’IMC.

Les résultats de cette étude mettent en valeur l’importance de comprendre que la majorité des individus dans les populations du monde entier ont des origines ancestrales mixtes et que la prise en compte de ces origines ancestrales complexes est d’une importance cruciale dans les études génétiques et la pratique de la médecine génomique.

En plus de l’association incorrecte observée entre le gène de la lactase et des caractères spécifiques, il pourrait y avoir davantage de fausses associations dans la littérature. Ainsi, comprendre le lien entre les variantes génomiques et différents traits est particulièrement important pour estimer les scores de risque polygénique et prédire la capacité d’un individu à répondre efficacement et en toute sécurité aux traitements médicamenteux. Une compréhension correcte de l’ascendance génétique est essentielle pour prédire les risques génétiques de maladies courantes.

Trouver de véritables associations génétiques aidera les chercheurs à être plus efficaces et plus prudents dans la manière dont les recherches ultérieures sont menées. Nous espérons qu’en tenant compte des ascendances mixtes dans les futures analyses génomiques, nous pourrons améliorer la valeur prédictive des scores de risque polygénique et faciliter la médecine génomique.

Le nouveau panel de référence créé par les scientifiques est à la disposition de la communauté scientifique pour une utilisation future.

UN) Carte de l’Europe montrant la localisation géographique des échantillons de 79 populations européennes. La carte a été dessinée à l’aide du package R « maps » version 3.4.1. B) Les deux premières composantes principales (PC1 et PC2) de la diversité génétique et le pourcentage de variance expliqués. C) Couverture de la diversité génétique sur les deux premières composantes principales (zone de coque convexe). Projet 1000G = 1000 Génomes, Projet HGDP sur la diversité du génome humain.

Importance de l’étude

L’étude actuelle du NIH révèle que les Européens et les Américains d’origine européenne sont mélangés au niveau sous-continental, les dates de mélange différant selon les sous-groupes d’Américains d’origine européenne. Ces résultats soulignent la nécessité de réévaluer les résultats obtenus lors d’études génétiques humaines antérieures qui ne prenaient pas en compte le mélange dans leur analyse des populations d’ascendance européenne.