La malnutrition menace la vie de millions d’enfants de moins de 5 ans, causant environ 500 000 décès par an dans les pays à revenu faible ou intermédiaire. Des cures courtes d’antibiotiques associées à un aliment thérapeutique à base de beurre d’arachide constituent la norme de soins pour traiter la malnutrition aiguë sévère chez les enfants – mais l’utilisation d’antibiotiques dans cette population vulnérable est controversée ; Les experts en santé publique s’inquiètent de l’aggravation du problème de la résistance aux antibiotiques.
Aujourd’hui, une nouvelle étude dirigée par Gautam Dantas, PhD, de la faculté de médecine de l’université de Washington à Saint-Louis, montre que les préoccupations liées à l’augmentation de la résistance aux antibiotiques sont fondées, mais que les avantages à long terme peuvent l’emporter sur les risques à court terme. Les résultats – publiés le 19 octobre dans The Lancet Microbe – indiquent un microbiome intestinal diversifié et plus mature chez les enfants nigériens malnutris deux ans après un traitement antibiotique. De brèves augmentations des gènes de résistance aux antibiotiques dans les bactéries intestinales après le traitement des enfants se sont complètement dissipées en trois semaines.
Les antibiotiques peuvent perturber le microbiome et augmenter les risques d’infection, ce qui est préoccupant chez les enfants immunodéprimés et malnutris déjà sujets aux infections. Mais nous montrons des améliorations dans la maturation du microbiome des années après une courte cure d’antibiotiques par rapport au placebo, une découverte importante étant donné que le retard de développement du microbiome est lié à des conséquences néfastes sur la malnutrition chez les enfants malnutris. Cette étude fournit la preuve que même si nous devrions être prudents dans l’utilisation des antibiotiques, le risque d’une brève augmentation des bactéries résistantes aux médicaments est probablement contrebalancé par le bénéfice de ces améliorations persistantes du microbiome.
Gautam Dantas, PhD, co-auteur principal de l’étude et professeur Conan de laboratoire et de médecine génomique
Les médecins utilisant des antibiotiques pour traiter des enfants souffrant de malnutrition sévère et d’infections ont constaté un bénéfice supplémentaire : les enfants ont grandi et ont gagné en masse musculaire. Cette observation prometteuse a déclenché un essai clinique à grande échelle mené à Madarounfa, au Niger. Dirigé par Sheila Isanaka, ScD, professeure agrégée de nutrition à la Harvard TH Chan School of Public Health, cet essai a corroboré l’augmentation de la prise de poids et des mensurations chez les enfants recevant des antibiotiques pendant le traitement de la malnutrition aiguë sévère.
Mais la question demeure : l’administration d’antibiotiques à des enfants souffrant de malnutrition sévère favorise-t-elle la résistance aux antibiotiques ? Isanaka a proposé une sous-étude complémentaire pour examiner la résistance aux antibiotiques dans le tractus gastro-intestinal des enfants traités aux antibiotiques inscrits à l’essai clinique au Niger.
L’équipe de Dantas – comprenant le premier auteur Drew J. Schwartz, MD, PhD, puis chercheur dans le laboratoire de Dantas et maintenant professeur adjoint de pédiatrie, et Amy Langdon, PhD, étudiante diplômée dans le laboratoire de Dantas au moment de l’étude. — analysé, à l’aide d’échantillons fécaux, les microbiomes intestinaux de 161 enfants sélectionnés au hasard parmi une cohorte de 2 399 enfants nigériens gravement malnutris inscrits dans l’essai clinique d’Isanaka. Environ la moitié des enfants ont reçu de l’amoxicilline pendant une semaine ; l’autre moitié a reçu un placebo. Tous les enfants ont reçu des aliments thérapeutiques à base de beurre de cacahuète. Des échantillons fécaux ont été collectés à la fin du traitement de sept jours et quatre, huit et 12 semaines après l’inscription.
Deux ans plus tard, les chercheurs ont suivi 22 des enfants traités avec des antibiotiques et 13 de ceux ayant reçu un placebo. Ils ont également analysé des échantillons fécaux de 38 enfants d’âges similaires sans malnutrition au Niger à des fins de comparaison.
Les chercheurs ont découvert un microbiome plus diversifié et plus riche chez les enfants deux ans après le traitement à l’amoxicilline, par rapport aux enfants ayant reçu le placebo. Les microbiomes des enfants traités aux antibiotiques avaient mûri, comme chez les enfants en bonne santé du même âge.
Certains des facteurs clés de la maturation spectaculaire du microbiome intestinal au cours des trois premières années de la vie comprennent l’exposition des nourrissons aux microbes maternels pendant et après la naissance, la consommation de lait et la transition vers des aliments solides. Chez les enfants malnutris, ce processus de maturation du microbiome intestinal est retardé, tout comme la croissance. Mais l’ajout d’antibiotiques au plan de traitement a amélioré leurs mensurations corporelles et le développement de leur microbiome.
Les antibiotiques fonctionnent potentiellement comme une réinitialisation, permettant à l’établissement de microbes qui aident à la digestion des aliments solides de prospérer dans l’écosystème intestinal. Selon Dantas, qui avait précédemment découvert que l’utilisation d’antibiotiques chez les prématurés avait des effets potentiellement nocifs et durables, les améliorations à long terme de la richesse, de la diversité et de la maturation du microbiome dans l’étude actuelle étaient surprenantes.
« Il existe des exemples où le microbiome intestinal ne se remet pas complètement d’une perturbation grave », a expliqué Dantas, également professeur de pathologie et d’immunologie, de génie biomédical, de microbiologie moléculaire et de pédiatrie. « Mais notre nouvelle étude met en lumière un bénéfice collatéral inattendu à long terme du traitement antibiotique chez les enfants gravement malnutris, incitant leur microbiome intestinal à adopter une trajectoire de développement améliorée. »
À court terme, les chercheurs ont observé chez les enfants traités aux antibiotiques davantage de bactéries, telles que E. coli et Klebsiella, cela peut provoquer une infection grave. Mais ces augmentations se sont résolues en trois semaines. Dantas a averti que cette augmentation de ce que l’on sait être des bactéries résistantes aux médicaments et des gènes de résistance aux médicaments chez les enfants traités aux antibiotiques ne doit pas être ignorée.
« Nous savons désormais que les bénéfices du traitement antibiotique semblent dépasser les risques dans cette population spécifique, mais les risques sont là », a prévenu Dantas. « Jusqu’à ce que nous trouvions de meilleures approches, nous devrions utiliser des antibiotiques pour aider les enfants souffrant de malnutrition aiguë sévère. Mais nous devrions surveiller ces enfants pour détecter un risque accru de contracter des microbes résistants aux médicaments dans les premières semaines suivant le traitement aux antibiotiques. devrait consacrer des ressources au développement de nouveaux traitements qui ne perturbent pas sérieusement le microbiome. »
