Dans une étude récente publiée dans le Journal des virus, des chercheurs en Espagne ont découvert un nouveau dépendoparvovirus identifié par analyse métagénomique de spécimens cloacaux de 28 perruches moines en bonne santé des régions urbaines d’Espagne.
Étude: Un nouveau Dependoparvovirus identifié dans des écouvillons cloacaux de perruche moine (Myiopsitta monachus) des zones urbaines d’Espagne. Crédit image : Roel van Moorsel/Shutterstock.com
Sommaire
Arrière-plan
L’introduction d’espèces aviaires envahissantes dans de nouveaux écosystèmes a démontré des conséquences négatives pour les oiseaux, les habitats ou les écosystèmes indigènes, avec une biodiversité réduite.
De plus, les oiseaux exotiques peuvent transporter (et transmettre) de nouveaux agents pathogènes viraux aux oiseaux indigènes, entraînant une recrudescence de la transmission zoonotique et la propagation de nouvelles maladies dans le public, entraînant d’énormes pertes financières et des perturbations économiques.
La population croissante de Myiopsitte monachus (perruches moines) dans les villes européennes, en particulier dans les régions urbaines le long de la côte méditerranéenne, pourraient déplacer des espèces indigènes telles que les merles et les moineaux et augmenter les problèmes de santé pour les oiseaux ainsi que pour les humains, car les données sur les virus transmis par les espèces aviaires exotiques sont limitées .
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont détecté un nouveau dépendoparvovirus à partir d’échantillons d’écouvillons cloacaux de Myiopsitte monachus vivant dans les régions urbaines d’Espagne.
Pour l’analyse, 28 échantillons d’écouvillons cloacaux ont été obtenus en novembre 2021 à partir d’adultes Myiopsitte monachus lors de la campagne officielle de contrôle de la population du service de la faune et de la biodiversité de la mairie de Madrid.
M monaque l’acide désoxyribonucléique (ADN) a été extrait des échantillons pour analyse métagénomique. Le séquençage de nouvelle génération (NGS), la caractérisation génomique, la détermination du cadre de lecture ouvert (ORF), l’analyse de recombinaison et les analyses phylogénétiques ont été effectuées.
La prévalence des dépendances parvovirus chez les perruches moines et les similarités de séquences d’acides aminés avec d’autres dépendances parvovirus présentes chez les psittacidés ont été déterminées. Des bibliothèques de séquences ont été préparées et les séquences de dépendances parvovirus ont été comparées à d’autres virus téléchargés dans la base de données GenBank.
Évaluer la prévalence du psittacid dependoparvovirus (Sp_PsDPV) parmi M. monachus espèces aviaires en Espagne, des spécimens d’écouvillonnage cloacaux ont été obtenus à partir de 73 individus supplémentaires entre novembre 2021 et mars-juin 2022.
Des dépendants parvovirus ont été détectés chez des perruches moines par réaction en chaîne par polymérase (PCR). L’analyse phylogénétique du dépendoparvovirus était basée sur les séquences d’acides aminés de la protéine de réplication (Rep).
Résultats
L’analyse NGS pour Myiopsitte monachus a donné 21 925 378 lectures, dont 0,1 % (n = 18 730) étaient virales et 5,5 % (n = 1 028) correspondaient à la famille des Parvoviridae avec des séquences identifiées comme étant celles des dépendoparvovirus.
Le génome complet du parvovirus comprenait 4 865 nucléotides (nt) et codait deux protéines ORF, pour la protéine virale (VP), et Repand, avec 2,0 nt dans le site intergénique.
Le génome du dépendanceoparvovirus était flanqué de répétitions terminales inversées (ITR) de 244 nucléotides et comprenait 16 paires de bases (pb) d’acide désoxyribonucléique double brin, formant des structures en forme de T/épingles à cheveux, et s’est avéré être étroitement lié à un parvovirus isolé de un psittacidé sauvage en Chine (Ch_PsDPV).
Dans les deux organismes viraux, P5P19, et P40 promoteurs ont été détectés à des positions comparables à celles de la Dépendoparvovirus genre, bien que le promoteur Sp_PsDPV initial était dépourvu de boîtes TATA canoniques.
L’analyse de la région a montré qu’elle pourrait être liée aux promoteurs des îlots CpG, principalement associés à l’acide ribonucléique (ARN) polymérase de type II. Cependant, il n’y avait pas de telles îles dans Ch_PsDPV. Aucun signal de recombinaison n’a été détecté.
L’analyse des séquences des protéines de réplication du dépendoparvovirus aviaire a confirmé que le dépendoparvovirus identifié chez les perruches moines à Madrid présentait 80,0 % de similarité de séquence avec le virus chinois des Psittacidae mais seulement 64,0 % de similarité avec les dépendoparvovirus des passereaux ou des poulets, comme le canard dependoparvovirus 1 (DPV ) et le dépendoparvovirus aviaire 1 (AAAV).
L’analyse de la protéine virale 1 (VP1) a corroboré les similarités de séquence ; Sp_PsDPV a montré une similarité de séquence de 80,0 % avec Ch_PsDPV, mais <74 % de similarité de séquence avec des virus d'espèces aviaires d'ordres différents, tels que les Passériformes, les Piciformes, les Galliformes et les Ansériformes.
Le Sp_PsDPV détecté peut être déficient en réplication puisque tous M. monachus les oiseaux semblaient en bonne santé sans aucun signe de maladie, à l’exception d’un échantillon analysé par NGS.
La prévalence de Sp_PsDPV s’est avérée très faible. Les distances génomiques et l’existence de clusters monophylétiques ont indiqué que Sp_PsDPV pouvait être considéré comme un nouveau dépendoparvovirus, différent de l’AAV1 et du DPV, identifié par le comité international de taxonomie des virus (ICTV).
Les auteurs ont proposé que la nouvelle espèce puisse être Dépendoparvovirus psittacidé 1 (PsPDV-1).
conclusion
Dans l’ensemble, les résultats de l’étude ont souligné l’importance de caractériser les génomes viraux des espèces aviaires envahissantes pour prévenir l’émergence et la transmission de nouveaux agents pathogènes viraux.
L’absence de signaux de recombinaison pourrait indiquer qu’il n’y a pas de dépendoparvovirus proximaux dans M. monachus partage de la zone géographique de collecte des échantillons ; cependant, des recherches supplémentaires doivent être menées pour analyser une plus grande population de perruches moines afin de confirmer la probabilité.
Même si les perruches étaient en bonne santé avec une faible prévalence du dépendoparvovirus, elles pourraient menacer la santé des oiseaux indigènes en transmettant des virus aux oiseaux indigènes par voie fécale.
Par conséquent, de futures études doivent être menées pour améliorer les connaissances sur les génomes viraux des oiseaux exotiques et ainsi surveiller et prévenir la contamination croisée et la transmission virale entre les oiseaux.