Dans une étude récente publiée dans Cellule, les chercheurs ont exploré les associations entre l’autozygotie, mesurée comme la fraction du génome dans les séries d’homozygotie (FROH), et les maladies courantes, en se concentrant sur les populations présentant des taux de consanguinité élevés.
Arrière-plan
La prévalence de la consanguinité, ou des unions entre individus apparentés, varie à l’échelle mondiale, étant faible en Europe mais élevée en Asie du Sud et au Moyen-Orient. Elle coïncide souvent avec l’endogamie ou les unions entre individus d’un même groupe social ou d’un même clan. Ce phénomène augmente les taux d’autozygotie, augmentant ainsi le risque de diverses maladies et affections dues à des segments génétiques identiques hérités d’ancêtres communs.
Bien que cela ait des implications évidentes pour les anomalies congénitales et les troubles mendéliens récessifs, cela est également associé à des maladies complexes comme la maladie d’Alzheimer et le diabète de type 2. De plus, l’étude de la consanguinité est compliquée en raison de l’imbrication des conditions sociales et environnementales, ainsi que des structures de la population.
Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour comprendre pleinement les implications nuancées de la consanguinité et de l’autozygotie sur un large éventail de phénotypes et pour démêler le réseau complexe de facteurs génétiques, sociaux et environnementaux contribuant aux variations observées dans la prévalence de la maladie et d’autres traits au sein de différentes populations.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, plusieurs ressources ont été méticuleusement utilisées et diverses cohortes ont été examinées, notamment la cohorte Genes and Health (G&H), la cohorte UK Biobank (UKB), la cohorte saoudienne et la cohorte 23andMe fournissant une gamme diversifiée et complète de participants et modèles expérimentaux. La vérification du sexe dans ces cohortes a été effectuée pour garantir une représentation précise et fiable des données.
Pour plus de détails sur la méthode, la préparation des données génotypiques a été entreprise pour les cohortes G&H, UK Biobank et Saoudienne, chaque étape étant traitée méthodiquement pour garantir la précision des données obtenues. L’étude a mis en œuvre une quantification et une analyse statistique approfondies impliquant l’inférence de l’ascendance génétique, des séries d’appels d’homozygotie (ROH) et l’inférence de consanguinité. Ces analyses ont facilité l’étude détaillée des modèles de consanguinité dans les cohortes G&H et UK Biobank.
L’harmonisation des données phénotypiques et la préparation pour G&H ont également été méticuleusement menées, garantissant que l’analyse ultérieure reposait sur des ensembles de données précis, fiables et comparables. Cette approche a souligné les méthodologies rigoureuses utilisées pour explorer l’influence de l’autozygotie sur le risque de maladie courante à travers le spectre phénotypique.
Résultats de l’étude
L’analyse principale s’est concentrée sur les cohortes G&H et UKB, toutes deux utilisant les données des dossiers de santé électroniques (DSE) fournies par le National Health Service (NHS) en Angleterre. G&H, représentant des individus s’identifiant comme Bangladais (65 %) et Pakistanais (35 %), est raisonnablement représentatif de la population de référence, même s’il est probable qu’il suréchantillonne les individus atteints de maladies chroniques en raison du recrutement dans les établissements de soins primaires.
L’étude a analysé les modèles de consanguinité dans ces cohortes, en employant des méthodes développées pour déduire le lien de parenté basé sur la distribution des ROH dans leurs génomes. Les taux de consanguinité ont été constatés significativement plus élevés dans les G&H et les GIA sud-asiatiques (UKB SAS) que dans les GIA européens (UKB EUR).
Des analyses plus approfondies ont exploré si la consanguinité a changé au fil du temps, révélant des tendances significatives mais relativement modestes dans différents groupes d’âge et degrés de parenté.
L’étude a également examiné les associations entre le FROH et les phénotypes communs, soupçonnant que les corrélats sociaux et environnementaux de la consanguinité pourraient confondre les associations au sein de la cohorte complète. Des ajustements ont été apportés pour contrôler les facteurs de confusion potentiels, et les résultats variaient considérablement entre les cohortes complètes et hautement consanguines.
L’évaluation visait à quantifier les confusions potentielles et à augmenter la capacité de les détecter, révélant l’importance des modèles dans les deux cohortes complètes mais non significative dans les cohortes hautement consanguines, impliquant ainsi un examen méticuleux des facteurs de confusion potentiels dans l’analyse des associations.
L’étude a démontré une précision remarquable, reproduisant les résultats d’une analyse fraternelle dans la cohorte 23andMe et ne révélant aucune association significative entre l’autozygotie et certains traits de style de vie et comportementaux. La recherche a également reproduit les résultats concernant la taille et plusieurs maladies, montrant des preuves convaincantes de réplication dans divers phénotypes. Il est intéressant de noter que le trouble de stress post-traumatique et le diabète de type 2 ont montré des associations significatives avec l’autozygotie.
L’étude s’est concentrée sur les Sud-Asiatiques britanniques, qui présentent des taux élevés de diabète de type 2 et d’asthme, pour explorer l’influence de l’autozygotie liée à la consanguinité sur ces conditions. Ils ont estimé le risque attribuable à la population (PAR) et en ont déduit qu’une partie importante de l’incidence de ces maladies est attribuée à l’autozygotie liée à la consanguinité.
La recherche a comparé ces résultats avec des scores de risque polygénique élevés pour évaluer les impacts comparatifs sur la prévalence de la maladie. De plus, l’étude a minutieusement exploré les complexités de l’architecture génétique et examiné divers mécanismes induisant des associations entre l’autozygotie et les traits, concluant que les associations observées représentent probablement des architectures génétiques non additives.
Cette exploration détaillée a fourni des révélations intéressantes sur les prédispositions génétiques aux maladies dans les populations présentant des niveaux élevés de consanguinité, améliorant ainsi la compréhension des influences génétiques sur la prévalence des maladies dans ces communautés.
