Les résultats d'une étude menée par des chercheurs chinois suggèrent que des espèces similaires de chauves-souris portent des virus similaires et que lorsque ces chauves-souris résident dans des zones qui se chevauchent, la transmission entre les espèces se produit plus facilement.
Les auteurs disent que l'étude fournit une base importante pour étudier l'histoire évolutive des chauves-souris et des virus dans le contexte de la compréhension de la façon de surveiller les espèces hôtes et les zones endémiques pour prévenir et contrôler les virus émergents.
Les chauves-souris sont des réservoirs pour les coronavirus et les paramyxovirus qui ont été responsables de diverses pandémies mettant la vie en danger, notamment l'épidémie de syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) en 2002-2003, l'épidémie de syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS) en 2012, le virus Hendra de 1994 (HeV) ) et plus récemment, la nouvelle épidémie de coronavirus 2019 (COVID-19).
Sommaire
«Il est important de comprendre l'histoire évolutive des virus des chauves-souris»
Étant donné que les virus transmis par les chauves-souris sont déjà connus pour être relativement spécifiques à l'hôte, les chercheurs ont voulu étudier cette spécificité de l'hôte pour voir si les chauves-souris, en tant qu'espèce ancienne, pouvaient avoir évolué avec les coronavirus et les paramyxovirus qu'elles transportent.
«Il est important de comprendre l'histoire évolutive des virus des chauves-souris et les règles de traçage des virus», disent les auteurs… «Il s'agit du premier résumé systématique expliquant la relation entre les coronavirus, les paramyxovirus, l'hôte et les zones géographiques. Il fournit une base théorique pour la trace des virus. «
Pour l'étude, Libiao Zhang (Guangdong Institute of Applied Biological Resources) et ses collègues ont effectué des analyses de co-évolution en utilisant des séquences nucléotidiques du gène de l'ARN polymérase ARN dépendante (RdRp) de 60 coronavirus trouvés dans 37 espèces de chauves-souris et de l'ARN polymérase grande (L ) gène provenant de 36 paramyxovirus trouvés chez 29 espèces de chauves-souris.
L'équipe affirme que les résultats ont confirmé leur hypothèse selon laquelle les coronavirus et les paramyxovirus co-évoluent avec leurs hôtes chauves-souris. Les résultats peuvent être trouvés dans une version pré-imprimée du document (actuellement disponible dans Research Square), qui est en cours d'examen par les pairs.
MERSr-CoV et MERS-CoV humains et chameaux
L'étude a révélé que les coronavirus apparentés au MERS (MERSr-CoVs) isolés de l'espèce hôte Pipistrellus hesperidus (P. hesperidus; trouvé en Ouganda) et Neoromicia capensis (N. capensis; trouvés en Afrique du Sud) étaient les plus étroitement liés aux MERS-CoV transportés par les humains et les chameaux.
La similitude du séquençage des nucléotides entre les isolats était de plus de 91%, et les deux espèces de chauves-souris sont membres de la famille des Vespertilionidae, ce qui suggère que les virus peuvent avoir évolué à partir d'un ancêtre commun qui infecte différentes espèces de chauves-souris trouvées en Afrique.
MERSr-CoV isolés du Pipistrellus abramus chauve-souris, le Tylonycteris pachypus chauve-souris et le Myotis daubentonii la chauve-souris a également partagé une similitude de séquençage nucléotidique de plus de 83% avec les MERS-CoV chameaux et humains et toutes ces espèces de chauves-souris sont éloignées de la N. capensis chauve souris.
Chauve-souris de Daubenton – Myotis daubentonii. Crédit d'image: D. Kucharski K. Kucharska / Shutterstock
Autres virus isolés de N. capensis, Hypsugo pulveratus, Vespertilio sinensis, Hypsugo savii, et Pipistrellus kuhlii partageaient une similitude de séquençage avec les chamers et les MERS-CoV humains de plus de 85%. Parmi ces hôtes, le Vespertilio sinensis, Hypsugo pulveratus, Hypsugo savii les chauves-souris sont étroitement liées à la N. capensis chauve-souris et le Pipistrellus kuhlii chauve-souris est étroitement liée à P. hesperidus.
L'équipe affirme que la similitude de 99,46% dans le séquençage des nucléotides et les zones de distribution de l'hôte de chauve-souris entre les isolats de l'hôte Hypsugo savii et hôte Pipistrellus kuhlii suggère que les virus pourraient provenir de la transmission inter-espèces de la même souche de coronavirus chez les chauves-souris.
Chauve-souris Pipistrellus kuhlii. Crédit d'image: Yakovchenko Iryna / Shutterstock
«Nous supposons que les ancêtres des hôtes des MERS-CoV de chauves-souris peuvent être des chauves-souris Vespertilionidae qui sont évolutivement proches de N. capensis et P. hesperidus chauves-souris réparties entre l'Asie occidentale et l'Afrique de l'Est, et une plus grande attention devrait N. capensis», Écrit l'équipe.
SARSr-CoVs
SARSr-CoV isolé de Rhinolophus ferrumequinum (R. ferrumequinum) partagé une identité de séquence de 99,71% avec un autre R. ferrumequinum isoler et une similitude de 99,68% avec un autre R. ferrumequinum isoler.
Groupe de chauve-souris en fer à cheval (Rhinolophus ferrumequinum). Crédit d'image: Shutterstock
«Cette forte similarité de séquence de nucléotides par paires parmi les SARS-CoV suggère que leurs hôtes pourraient être dérivés du même ancêtre.»
Un isolat de SARSr-CoV a également été trouvé dans Aselliscus stoliczkanus hôte – une espèce qui est phylogénétiquement liée à la chauve-souris Rhinolophus.
L'équipe affirme que leur étude a révélé que les chauves-souris Rhinolophus étaient principalement infectées par le SARSr-CoV, tandis que Vespertilionidae les chauves-souris se sont révélées pour la plupart infectées par les MERSr-CoV, démontrant ainsi la spécificité d'hôte de ces coronavirus.
Chauve-souris en fer à cheval (Rhinolophus pusillus). Crédit d'image: Binturong-tonoscarpe / Shutterstock
Espèces de chauves-souris et paramyxovirus
En analysant les relations cophylogénétiques entre les espèces de chauves-souris et les paramyxovirus, l'équipe a constaté que les paramyxovirus du groupe 1 sont principalement portés par Hipposideridae les chauves-souris, qui viennent d'Afrique et d'Asie tropicale. Pteropodidae les chauves-souris en Afrique portent principalement le groupe 2, et les hôtes porteurs du groupe 3 sont étroitement liés aux familles Phyllostomidae et Mormoopidae, qui se trouvent dans les Amériques. Les paramyxovirus du groupe 4 sont portés par des chauves-souris Vespertilionidae, que l'on trouve en Europe, en Asie et en Afrique
«Ces observations suggèrent que des virus étroitement apparentés partagent des espèces hôtes similaires et que ces virus ont été portés par une chauve-souris ancêtre qui a migré d'une région à une autre puis a divergé en différentes espèces de chauves-souris», écrit l'équipe.
Une «surveillance continue» est justifiée
Les chercheurs affirment que dans l'ensemble, les résultats indiquent que des espèces de chauves-souris similaires partagent le même emplacement géographique et que ces espèces similaires portent des virus similaires. L'étude suggère également que des zones de distribution qui se chevauchent sont nécessaires pour la transmission inter-espèces.
«Par conséquent, la similitude des virus des chauves-souris est liée à la fois à l'évolution et à la répartition géographique de leurs hôtes», écrit l'équipe.
Liang et ses collègues suggèrent également que les épidémies peuvent être liées à la répartition des espèces dans une zone donnée.
«La surveillance continue des hôtes chauves-souris naturels des virus émergents et des zones endémiques de virus est justifiée», conclut l'équipe.
Référence de la revue:
Zhang L, Liang J, Zhu C. Coévolution du coronavirus et du paramyxovirus avec leurs hôtes de chauves-souris dans les mêmes zones géographiques. Place de la recherche; 2020. DOI: 10.21203 / rs.3.rs-21963 / v1, https://europepmc.org/article/PPR/PPR150742
