Variante SARS-CoV-2 B.1.1.345 portant la mutation E484K détectée à New York

Alors que le vaccin est déployé contre le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), le virus à l’origine de la pandémie de maladie à coronavirus (COVID-19), de nouvelles variantes du virus menacent l’efficacité du vaccin.

Au dernier trimestre 2020, des variantes, à savoir les variantes B.1.1.7 et B.1.351, sont apparues respectivement au Royaume-Uni et en Afrique du Sud. En janvier 2021, une nouvelle variante, baptisée P.1. variante, a émergé chez les voyageurs du Brésil. Récemment, l’Inde a signalé une autre variante qui a provoqué la montée en flèche des cas, appelée variante B.1.617.

Maintenant, des chercheurs de l’unité des maladies infectieuses du Rochester General Hospital à New York, signalent une variante du SRAS-CoV-2 B.1.1.345 portant la mutation E484K chez quatre patients sans association épidémiologique apparente dans un réseau hospitalier du nord de l’État de New York.

Le rapport, publié dans la revue Maladies infectieuses cliniques, a révélé que la variante détectée se propage à un rythme alarmant depuis novembre. En février 2021, il représentait 12,3% de tous les cas dans la région.

Variantes aux États-Unis

Les États-Unis signalent le plus grand nombre de cas de COVID-19, dépassant les 33,38 millions. Au cours des derniers mois, le pays a détecté de nouvelles variantes du SRAS-CoV-2, avec 8 337 cas avec la variante B.1.1.7 identifiés dans 51 juridictions, 266 cas avec la variante B.1.351 et 79 cas avec la variante P.1. une variante.

Les scientifiques ont également identifié plusieurs variantes régionales, notamment la lignée B.1.2 portant la mutation Q677P au Nouveau-Mexique et en Louisiane et la lignée 20C-US dans le Midwest. Cependant, ces variantes sont dépourvues des mutations E484K et N501Y responsables de la propagation plus rapide du virus et de l’évasion du système immunitaire.

Récemment, des scientifiques ont détecté et décrit la variante B.1.536 à New York, qui porte la mutation E484K. Cette mutation n’est pas une nouvelle variante en soi mais une mutation qui se produit dans différentes variantes. La mutation se trouve dans la protéine de pointe et semble avoir un impact sur la réponse immunitaire du corps et l’efficacité du vaccin.

Semblable aux études précédentes sur les variants porteurs de la mutation E484K, la neutralisation des anticorps par les anticorps est altérée ou arrêtée. De plus, les activités neutralisantes du plasma de convalescent ou du sang post-vaccination étaient respectivement inférieures de 7,7 fois et de 3,4 fois.

L’émergence de la mutation E484K dans les isolats B.1.1.345 du SRAS-CoV-2 du nord de l’État de New York. (A) Phylogénie mondiale à l’échelle du temps de 3 960 génomes du SRAS-CoV-2 échantillonnés entre décembre 2019 et mars 2021 (modifié à partir du tableau de bord Nextstrain (https://nextstrain.org)). Les clades majeurs (nomenclature Nextstrain), les variantes (littérature) et les lignées (Pangolin) sont indiqués. Les souches sont colorées en fonction de la présence d’acide glutamique (E, sarcelle) ou de lysine (K, 243 orange) à la position 484 de la protéine de pointe. (B) Phylogramme non enraciné basé sur SNP des variantes B.1.1.345, B.1.1.486, B.1.1 et B.1.1.6 (ombrage coloré) collecté dans l’État de New York entre octobre 2020 et mars 2021 (n = 129). Les cercles vides indiquent les souches avec l’acide glutamique (E) au résidu 484 de la protéine de pointe tandis que les cercles pleins indiquent celles avec la lysine (K) à cette position. Génomes obtenus auprès de GISAID (www.gisaid.org) Les génomes nouvellement décrits dans ce rapport sont indiqués en bleu (notez que seuls quatre cercles sur cinq sont visibles car deux échantillons d’un même patient étaient identiques). (C) Phylogénie de probabilité maximale basée sur le SNP, enracinée à mi-parcours, de seize souches monophylétiques B.1.1.345 portant la mutation E484K. Le comparateur et les isolats nouvellement séquencés (police en gras) sont étiquetés à l’aide de leur ID d’accession GISAID. Lorsqu’ils sont connus, le département (étiquette de couleur) et la date de collecte (cercle de couleur) sont indiqués. Pour les panneaux B et C, le nombre de SNP séparant chaque souche peut être déduit de l’échelle respective. (D) Carte de la région de Finger Lakes indiquant l’origine de quatorze souches B.1.1.345 portant la mutation E484K (le comté d’origine n’était pas disponible pour 1 isolat et l’autre est un échantillon en double d’un patient). Une carte en médaillon de l’ensemble de l’État de New York et des villes emblématiques est fournie pour le contexte géographique.

Les résultats démontrent l’augmentation alarmante de cette nouvelle mutation, qui a été trouvée dans 122 des 1 242 lignées actives. Lorsque cette mutation devient endémique dans de nombreux pays, elle peut menacer les efforts de vaccination actuels pour freiner la pandémie.

Une étude pilote a été lancée en juin 2020 entre le Réseau de dépôt et de surveillance des organismes multirésistants (MRSN) et le système de santé régional de Rochester. Les chercheurs ont extrait l’ARN d’écouvillons nasopharyngés positifs pour le SRAS-CoV-2 et l’ont transféré au MRSN pour séquençage.

Dans les 20 échantillons les plus récents collectés dans 19 hôpitaux entre le 27 janvier et le 7 février 2021, la mutation E484K a été détectée dans cinq échantillons collectés auprès de quatre patients. Trois de ces patients ont développé une maladie bénigne sans traitement spécifique anti-SARS-CoV-2. Un patient a reçu deux traitements, le Remdesivir et la Dexaméthasone, mais n’a pas nécessité de soins intensifs ni d’intubation.

Tous les patients vivaient dans des résidences-services séparées sans aucun lien connu, et le quatrième patient vivait dans une maison.

Les chercheurs ont également effectué une comparaison basée sur le polymorphisme de nucléotide unique (SNP) à haute résolution du génome entier pour mieux comprendre la corrélation entre les 16 échantillons B.1.1.345. Ils ont découvert que sur les cinq échantillons, deux du même patient étaient génétiquement identiques et que les trois échantillons restants étaient séparés par 1-1-4 SNP.

Environ 90 échantillons ont été collectés à New York et dans les pays adjacents, les autres étant collectés dans les États de New York. Un échantillon prélevé le 18 février portait la mutation E484K, indiquant que la mutation a émergé indépendamment dans B.1.1.486 à New York.

Il est important de déterminer comment la mutation E484K affecte la protection vaccinale contre le variant B.1.1.345 qui manque des autres mutations observées dans les souches B.1.351 et P1.

« Alors que le déploiement du vaccin s’accélère aux États-Unis, tous les moyens nécessaires doivent être utilisés pour identifier rapidement l’émergence de variantes préoccupantes et des mesures immédiates prises pour limiter leur propagation », ont souligné les chercheurs.