Analyses de 11 kits PCR disponibles dans le commerce pour détecter l’ADN du virus monkeypox

Dans une récente étude publiée sur medRxiv* serveur, des chercheurs en Allemagne et en Suisse ont évalué 11 kits commerciaux de transcription inverse-amplification en chaîne par polymérase (RT-PCR) (A à L) pour la détection du virus Monkeypox (MPXV).

Étude : Évaluation de onze kits de PCR disponibles dans le commerce pour la détection de l’ADN du virus Monkeypox. Crédit d’image : Salov Evgeniy/Shutterstock

Arrière plan

À partir de mai 2022, les cas de MPXV ont commencé à augmenter dans le monde, notamment en Europe et aux États-Unis. Auparavant, cette maladie était endémique en Afrique centrale et occidentale depuis près de 50 ans. Par conséquent, l’épidémie de MPXV de 2022 a été déclarée urgence de santé publique de portée internationale le 23 juillet 2022.

Ainsi, avant 2022, la disponibilité de kits RT-PCR détectant les orthopoxvirus (OPV), notamment les MPXV, était négligeable. En conséquence, les laboratoires spécialisés se sont appuyés sur des protocoles internes pour leur diagnostic. Ce n’est que récemment que des kits de test RT-PCR prêts à l’emploi pour le diagnostic du MPXV sont devenus disponibles.

À propos de l’étude

Dans la présente étude, les chercheurs ont évalué 11 kits RT-PCR prêts à l’emploi pour le diagnostic du MPXV par rapport au flux de travail de diagnostic de référence du German Consultant Lab pour les poxvirus. Le panel de référence de 18 échantillons comprenait de l’acide désoxyribonucléique (ADN) du MPXV clade I, clade IIa et clade IIb, d’autres OPV et du virus varicelle-zona (VZV). Plus précisément, il comportait une PCR OPV générique, une PCR spécifique au MPXV et une PCR spécifique au clade II du MPXV.

Ces kits ont analysé tous les échantillons en double ; en outre, l’équipe a incorporé un contrôle d’inhibition dans ces échantillons avant l’extraction de l’ADN viral. L’équipe a assuré un échantillonnage approprié à l’aide d’une réaction RT-PCR spécifique à l’ADN humain.

Les chercheurs ont utilisé le manuel du fabricant pour exécuter ces kits de diagnostic, tous réglés pour obtenir le seuil de cycle le plus bas possible (C_J) valeurs. De plus, les chercheurs ont assuré la comparabilité des 11 kits de test. Pour cela, ils ont fait tourner ces kits sur le cycleur temps réel BioRad CFX 96, compatible avec les fluorophores utilisés par ces tests.

Pour une caractérisation plus détaillée des kits de test, l’équipe a tracé le C_J valeurs pour chaque échantillon d’ADN par rapport au nombre d’équivalents de génome (GE), déterminées à l’aide d’une courbe standard de plasmide. Enfin, ils ont examiné la pente de la courbe, reflétant l’efficacité de la RT-PCR, et l’ordonnée à l’origine, qui indiquait le C théoriquement minimal_J valeur obtenue avec un dosage.

Résultats de l’étude

Pour l’isolat MPXV clade II 2012, à l’exception du kit F, tous les kits ont montré des valeurs CT dans la plage attendue. De plus, ils ont montré une bonne sensibilité analytique, avec C_J valeurs de 36, reflétant moins de cinq GE par réaction. Cependant, pour un C_J valeur de 38, reflétant moins d’un GE par réaction et la plus faible dilution, deux kits et deux PCR génériques de référence pour OPV et MPXV n’ont pas réussi à détecter les deux échantillons. En revanche, six kits n’ont pu détecter qu’un seul des deux doublons ; trois kits et une RT-PCR de référence spécifique au clade II ont détecté les deux, indiquant une sensibilité analytique élevée. Notamment, l’abandon d’un duplicata ne reflète pas nécessairement les mauvaises performances du test.

Pour le clade IIb, ces kits ont montré des taux de détection légèrement meilleurs pour les échantillons avec un C plus élevé_J valeurs. Ainsi, le kit L n’a pas réussi à détecter les échantillons avec C_J valeurs de 38, alors que la plupart des kits ont détecté un seul réplicat. Encore une fois, le kit K n’a pas pu détecter une réplique d’un échantillon avec un C_J valeur de 32, alors que trois kits ne pouvaient même pas détecter une réplique de la concentration la plus faible avec un C_J valeur de 35 contre le clade I MPXV. Ces kits ont obtenu des valeurs CT similaires pour la plupart des échantillons, en particulier compte tenu des volumes d’échantillons variables utilisés par réaction. Il aurait pu contribuer à près de deux-trois C_J changements de valeur.

Certains manuels de test mentionnent la limite de détection (LOD) en copies d’ADN/mL, qui n’est pas une mesure optimale pour les croûtes et les écouvillons secs. Fait encourageant, tous les contrôles inclus dans les kits ont fonctionné comme prévu. En outre, ces kits de test ont fonctionné dans la plage spécifiée par leurs manuels respectifs.

Conclusion

Dans l’ensemble, les 11 kits évalués dans la présente étude ont montré une sensibilité de détection comparable et élevée pour les ADN MPXV clade I et II. Par conséquent, ces kits semblaient aptes à déterminer les charges d’ADN MPXV cliniquement pertinentes à partir de lésions cutanées correctement échantillonnées. Conformément à leur destination, ces kits ont montré une sensibilité analytique supérieure vis-à-vis du MPXV ou des OPV et ont utilisé des échantillons avec moins d’environ cinq GE par réaction ou C_J valeurs de 36.

Les chercheurs ont averti que ces kits et d’autres entrant dans l’espace commercial sont actuellement destinés à des fins de recherche. Plus de données sont nécessaires avant de pouvoir les utiliser pour détecter le MPXV de manière fiable dans des échantillons cliniques. Ce n’est qu’alors que ces kits donneront aux communautés du monde entier les moyens de diagnostiquer le MPXV.

*Avis important

medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.