Les souches émergentes de métapneumovirus humain (hMPV) suscitent des inquiétudes et des opportunités dans la gestion des infections respiratoires chez les enfants.
Communication courte : Lignées émergentes A2.2.1 et A2.2.2 du métapneumovirus humain (hMPV) dans les infections respiratoires pédiatriques : aperçus de l'Inde. Crédit d'image : FOTOGRIN/Shutterstock
Dans une étude récente publiée dans la revue Régions de l'IJIDdes chercheurs ont étudié le rôle du métapneumovirus humain (hMPV) dans les infections respiratoires pédiatriques.
L'étude a exploré la diversité génétique et la prévalence des lignées émergentes de hMPV, en particulier A2.2.1 et A2.2.2, chez les enfants de moins de cinq ans, dans le but d'améliorer la compréhension et la préparation de la santé publique aux épidémies de virus respiratoires.
Sommaire
Arrière-plan
Les infections respiratoires aiguës sont l’une des principales causes de maladies et de mortalité infantiles dans le monde, en particulier chez les enfants de moins de cinq ans dans les pays à revenu faible ou intermédiaire. Parmi les agents pathogènes responsables, le hMPV contribue de manière significative aux maladies respiratoires, affectant à la fois les voies respiratoires supérieures et inférieures.
Sur la base de la diversité génétique, le hMPV est classé en deux groupes principaux, A et B, puis divisé en lignées telles que A2.2.1 et A2.2.2. Des études mondiales ont mis en évidence la nature évolutive de ces lignées, mais les informations sur leur prévalence et leur variabilité génétique sont limitées, en particulier dans des régions spécifiques de l'Inde.
En outre, bien que la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) ait modifié la propagation de nombreux virus respiratoires saisonniers, son impact sur l’épidémiologie du hMPV reste sous-exploré. Une compréhension globale des caractéristiques génétiques, de la prévalence et de la signification clinique du hMPV pourrait aider à éclairer les stratégies de prévention et de contrôle dans les populations vulnérables. Cette étude visait également à évaluer la co-circulation du hMPV avec d'autres agents pathogènes respiratoires et ses implications pour les interventions de santé publique.
À propos de l'étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont examiné la prévalence et la diversité génétique du hMPV chez les enfants de moins de cinq ans à Pondichéry, en Inde, entre janvier 2021 et juin 2024. Les enfants présentant des symptômes de syndrome grippal et d'infections respiratoires aiguës ont été inscrits dans l’étude, tandis que les personnes âgées de plus de cinq ans ont été exclues.
Les chercheurs ont collecté des écouvillons nasopharyngés et en ont extrait l’acide ribonucléique (ARN) à l’aide d’un kit standardisé d’isolement d’ARN viral. En utilisant la réaction en chaîne par polymérase par transcription inverse (RT-PCR), ils ont recherché des agents pathogènes respiratoires, notamment le hMPV, la grippe et le virus respiratoire syncytial.
De plus, lors d’une épidémie de hMPV entre novembre 2022 et mars 2023, des échantillons positifs pour le hMPV avec de faibles valeurs seuils de cycle ont été analysés plus en détail. L'étude a séquencé le gène de la protéine de fusion hMPV pour déterminer les lignées génétiques, à l'aide d'amorces spécifiques aux régions ciblées.
Les chercheurs ont également utilisé des outils bioinformatiques avancés pour prédire les sites de glycosylation et évaluer les mutations du gène de la protéine de fusion qui pourraient influencer l'antigénicité et la réponse immunitaire.
Les données génétiques ont été analysées à l'aide de méthodes phylogénétiques pour classer les échantillons en génotypes et sous-groupes hMPV reconnus. Les mutations associées à de nouvelles lignées ont été cartographiées par rapport à des séquences de référence globales afin de déterminer leur signification évolutive.
Pour évaluer les pressions évolutives du virus, des analyses de sélection spécifiques au site ont été réalisées à l'aide de méthodes statistiques. La co-circulation des lignées de hMPV avec d’autres agents pathogènes respiratoires a également été examinée pour comprendre les interactions possibles. Ces méthodes ont fourni des informations complètes sur l’épidémiologie moléculaire et l’évolution génétique du hMPV dans la région et ont servi de base à l’évaluation des implications cliniques et de santé publique.
Principales conclusions
L’étude a révélé que le hMPV contribuait de manière significative aux infections respiratoires pédiatriques, avec un taux de positivité global de 2,5 % parmi 4 519 échantillons. Au cours de la période épidémique entre novembre 2022 et mars 2023, le hMPV représentait 43,1 % des cas d’infection respiratoire chez les enfants, ce qui en fait l’agent pathogène prédominant.
La majorité des infections sont survenues chez des enfants de moins d’un an, soulignant la vulnérabilité des nourrissons à ce virus. Les caractéristiques cliniques courantes comprenaient des symptômes pseudo-grippaux, une respiration sifflante et une détresse respiratoire, les cas graves se présentant sous la forme d'une pneumonie ou d'une bronchiolite. L'étude a également noté la prévalence de crépitations bilatérales et un ratio hommes/femmes de 1,8 : 1 parmi les personnes touchées.
L'analyse phylogénétique de 37 échantillons positifs pour le hMPV a révélé que 91,89 % appartenaient au génotype A, principalement à la sous-lignée A2.1, tandis que 8,11 % provenaient du génotype B. L'étude a également identifié de nouvelles lignées A2.2.1 et A2.2.2 au sein du génotype A. pour la première fois en Inde. Ces lignées présentaient des mutations uniques, notamment des substitutions d'acides aminés et des modifications de glycosylation, qui pourraient influencer l'évasion immunitaire et la pathogénicité.
En particulier, des substitutions telles que G42V, E96K et M250R dans la lignée A2.2.2 ont été soulignées comme significatives. La présence de sites de glycosylation, tels que la glycosylation liée à l'O en position 191, s'est avérée avoir un impact potentiel sur l'antigénicité.
Les chercheurs ont également documenté les pressions de sélection spécifiques au site et observé l'évolution génétique en cours dans les souches locales. Ils ont également noté que les taux d’infection ont culminé en décembre et janvier, ce qui correspond aux schémas saisonniers connus des virus respiratoires.
Ces résultats ont souligné la diversité génétique du hMPV et sa co-circulation avec d’autres virus respiratoires, bien que les co-infections soient rares. Comparativement, la prévalence du hMPV observée dans l'étude s'aligne sur les résultats mondiaux mais diffère dans la saisonnalité documentée et les modèles de co-infection, mettant en évidence la variabilité régionale. L’émergence de nouvelles lignées a mis en évidence leur impact potentiel sur la gravité de la maladie, la conception des vaccins et la nécessité d’une surveillance continue pour surveiller les changements génétiques.
Conclusions
Pour résumer, l'étude a confirmé que le hMPV était une cause importante d'infections respiratoires chez les jeunes enfants en Inde et a identifié la présence de nouvelles lignées A2.2.1 et A2.2.2 dans les échantillons. Ces résultats ont souligné la diversité génétique et la prévalence saisonnière du hMPV ainsi que sa pertinence pour la santé publique.
L’émergence de ces lignées, similaires aux isolats signalés au Japon et aux États-Unis, souligne la nécessité d’une collaboration internationale dans les efforts de surveillance. Les chercheurs ont déclaré qu'une surveillance génétique et un suivi clinique continus sont essentiels pour comprendre son évolution et guider le développement d'interventions ciblées et de stratégies préventives.
