Les scientifiques envisagent une troisième augmentation de l’incidence de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) en raison de l’émergence de variantes préoccupantes (COV) du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère hautement transmissibles (SRAS-CoV-2). Le SRAS-CoV-2 est l’agent causal de la pandémie actuelle de COVID-19. Certains de ces COV auraient un taux de transmission bien supérieur à l’infectiosité de la souche ancestrale qui avait émergé à Wuhan, en Chine, en 2019.
Les chercheurs ont révélé que deux mutations de la protéine de pointe – N501Y et E484K – sont responsables de l’augmentation de l’infectivité dans les variantes. Par exemple, B.1.1.7 (ou variante britannique) a émergé à la suite de la mutation N501Y, tandis que P.1 et B.1.351 (la variante brésilienne et sud-africaine) résultaient de mutations dans les régions N501Y et E484K.
Dans les premiers mois de 2021, le COV B.1.1.7 a rapidement commencé à se transmettre au Royaume-Uni et dans d’autres pays comme le Canada. Les scientifiques ont estimé que la transmission de cette variante était 1,3 à 1,5 fois supérieure à celle des variantes circulant auparavant.
Une nouvelle étude menée par des chercheurs de Santé publique Ontario, Canada, a utilisé une stratégie à domicile préalablement validée pour comparer les taux d’attaque secondaire des mutations et variantes du SRAS-COV-2 en Ontario, Canada. L’Ontario est la plus grande province du Canada. L’équipe a récemment publié ses conclusions sur la medRxiv* serveur de préimpression.
Pour cette étude, les chercheurs ont identifié des patients confirmés atteints du SRAS-CoV-2 dans le système provincial de surveillance des maladies à déclaration obligatoire de l’Ontario. Par la suite, ces personnes ont été regroupées selon leur adresse résidentielle. Les cas ont été indexés sur la base de l’apparition la plus précoce des symptômes dans le ménage pour la période du 1er mars au 17 avril 2021. Au cours de cette période, des variants avec les mutations N501Y et E484K circulaient. Les chercheurs de la présente étude ont exclu les ménages de plusieurs cas avec la même date de début des premiers symptômes. Les cas répertoriés ont été classés en :
une. de type sauvage (N501Y- et E484K- ; principalement B.1.2 et B.1.438.15)
b. présomptif B.1.1.7 (N501Y+ et E484K-)
c. présomptif B.1.351 ou P.1 (N501Y+ et E484K+)
ré. Mutants sans COV (N501Y- et E484K+ ; principalement B.1.525 et B.1.1.3185).
Dans cette étude, un séquençage du génome entier de B.1.1.7, B.1.351 et P.1 a été réalisé. Le taux d’attaque secondaire des ménages était représenté en pourcentage des contacts familiaux identifiés comme cas secondaires entre 1 et 14 jours après le cas index. Les chercheurs ont utilisé la régression logistique pour déterminer les rapports de cotes (OR) non ajustés et ajustés et les intervalles de confiance (IC) à 95 %. Ils ont considéré le nombre de cas secondaires et de non-cas comme résultat et le groupe de mutations comme prédicteur. De plus, des interceptions aléatoires ont été prises en compte pour le regroupement des ménages et des régions sanitaires. Pour cette étude, les caractéristiques des cas index tels que l’âge, le sexe, la date de déclaration et les jours entre l’apparition des symptômes et le test ont été prises en compte. En plus de cela, les caractéristiques des quartiers du Recensement canadien de 2016, qui comprenaient la proportion de résidents de minorités visibles et le surpeuplement des ménages, ont été obtenues.
Dans cette étude, 26 888 cas de ménage index ont été identifiés au cours de la période d’étude. Parmi ceux-ci, la majorité, soit 63 %, ont été déclarés infectés par B.1.1.7. Suite à cela, 28% étaient infectés par le type sauvage, 6% par B.1.351 ou P.1 et 2% étaient des mutants non-COV. Les taux d’attaque secondaire concordent avec la variante de cas index et ont rapporté 20,2 % (type sauvage), 25,1 % (B.1.1.7), 27,2 % (B.1.351 ou P.1) et 23,3 % (mutants sans COV ). De plus, les chercheurs ont révélé que les cas index B.1.1.7, B.1.351 et P.1 avaient le pouvoir infectieux le plus élevé dans l’analyse ajustée. Pour les cas index qui n’étaient pas des mutants de COV, une augmentation significative du taux de transmission a été observée par rapport au type sauvage.
L’étude a révélé qu’au sein des ménages étudiés, une infectivité maximale a été observée dans la mutation N501Y (B.1.1.7) et les mutations N501Y et E484K (B.1.351 et P.1). Cependant, un taux de transmission moindre n’a été observé que dans la mutation E484K.
Les chercheurs ont souligné quelques limites de la présente étude qui méritent d’être prises en compte, notamment un manque de données sur la vaccination et une mauvaise classification potentielle des cas index. Ils ont observé qu’une augmentation significative de la transmissibilité est liée aux variantes du SARS-CoV-2. Une augmentation du taux de vaccination dans le monde est un moyen efficace de contenir la pandémie de COVID-19.
Néanmoins, les résultats de l’étude suggèrent qu’au sein des ménages étudiés, une infectivité maximale a été observée pour la mutation N501Y (B.1.1.7) et les mutations N501Y et E484K (B.1.351 et P.1). Cependant, un taux de transmission moindre n’a été observé que dans la mutation E484K.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, orienter la pratique clinique/le comportement lié à la santé, ou traités comme des informations établies.
