Des chercheurs de l’Université de l’Illinois à Chicago proposent des tests de diagnostic rapide gratuits pour COVID-19 dans les communautés vulnérables de Chicago et effectuent un séquençage génomique sur les échantillons pour identifier les variantes. La recherche fait partie d’une initiative financée par les National Institutes of Health appelée Rapid Acceleration of Diagnostics Underserved Populations, ou RADx-UP.
Les chercheurs de l’UIC s’efforcent de faire participer 7 000 habitants de Chicago à des tests au moyen d’écouvillons nasaux auto-collectés, qui peuvent être effectués à domicile ou en personne au UI Health Mile Square Health Center et peuvent être envoyés par la poste à l’UIC ou déposés en personne à Mile Square. Les participants sont informés des résultats positifs ou négatifs de COVID-19 et une équipe de recherche des contacts fournit des conseils, une éducation et des ressources.
« Mais nous ne nous arrêtons pas là », a déclaré le Dr Nahed Ismail, professeur de pathologie UIC au Collège de médecine et chercheur principal. « Nous utilisons également le séquençage génomique pour analyser davantage tous les échantillons positifs au COVID-19, ce qui nous aide à recueillir les informations nécessaires sur les variantes et les souches circulantes de COVID-19 ayant un impact sur les communautés de Chicago. »
Les échantillons sont anonymisés avant le séquençage et les résultats de l’analyse ne sont utilisés qu’à des fins de surveillance et de recherche en santé publique. L’équipe de l’UIC espère que la recherche aidera les scientifiques, les médecins et les responsables de la santé publique à mieux comprendre comment le système immunitaire humain réagit au COVID-19 et à ses diverses souches, qui se développent à partir de mutations génétiques qui rendent le virus plus apte à survivre.
« En plus de ses objectifs d’augmenter l’utilisation des tests et de surmonter les obstacles aux tests, l’étude tirera parti de la recherche communautaire pour comprendre la dynamique virale, la transmission et l’évolution du virus dans les communautés noires et latinos de la région de Chicago », a déclaré Ismail, également directeur médical de la microbiologie clinique et de la médecine de laboratoire à l’UIC College of Medicine.
Les variantes sont identifiées par le séquençage de nouvelle génération, ou NGS, une technologie grâce à laquelle des millions et des milliards de brins d’ADN contenant des informations génétiques peuvent être lus et compris. Avec NGS, les chercheurs de l’UIC séquencent l’intégralité du génome de l’ARNm viral du SARS-COV-2. Dans ce processus, les molécules d’ARN du virus dans les échantillons d’écouvillonnage nasal positifs sont transformées en ADN et le séquençage est utilisé pour suivre l’évolution du virus et détecter de nouvelles souches variantes.
« Cela nous dira si les souches variantes circulantes connues – la souche B1.1.7 identifiée pour la première fois au Royaume-Uni ou la souche B.1.351 identifiée pour la première fois en Afrique du Sud, par exemple – commencent à se propager dans nos communautés », a déclaré Ismail. « Comprendre comment le virus a changé au fil du temps peut nous aider à développer de nouveaux vaccins ou thérapies pour COVID-19 ainsi qu’à empêcher la propagation du virus dans le monde.
« La combinaison d’une intervention précoce via un diagnostic rapide du COVID-19 et la recherche des contacts avec des efforts de surveillance du génome pour détecter les souches variantes réduira considérablement la transmission, la morbidité et la mortalité du COVID-19 », a déclaré Ismail. « Le SRAS-CoV-2 n’est pas le premier agent pathogène virulent à laisser sa marque dans l’histoire humaine et ce ne sera certainement pas le dernier. L’infrastructure que nous construisons aujourd’hui nous aide non seulement à nous préparer à atténuer la percée du vaccin et les variantes émergentes de COVID-19 en suivi de la transmission, des signatures génétiques et des réponses immunitaires à court terme, cela nous aide également à nous préparer à tout ce qui pourrait survenir après COVID-19, qu’il s’agisse d’un nouveau coronavirus, d’une nouvelle grippe ou de quelque chose de complètement différent.Une nouvelle épidémie est inévitable, mais Espérons qu’une autre année comme 2020 puisse être évitée. »
L’équipe RADx-UP comprend également la co-chercheuse principale Renee Taylor et les co-chercheurs Karriem Watson, Ian Jasenof et Sanjib Basu de l’UIC. Le Dr Ayman Al Hendy de l’Université de Chicago est également co-chercheur principal. La recherche est soutenue par une bourse de 2 millions de dollars (3R01ES02861506S1) des National Institutes of Health.
La source:
Université de l’Illinois à Chicago
