Des chercheurs britanniques ont mené une analyse épidémiologique complète de la nouvelle variante du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) dans le but d’en savoir plus sur la gamme élargie et la fréquence des cas de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) dans Angleterre.
La lignée B.1.1.7 du SRAS-CoV-2, qui a été détectée pour la première fois au Royaume-Uni en novembre 2020, a été désignée Variant of Concern 202012/01 (VOC) par Public Health England.
L’analyse de l’équipe des génomes entiers de COV a identifié une fréquence accrue dans la variante qui est cohérente avec un avantage de transmission par rapport aux autres variantes du SRAS-CoV-2 au Royaume-Uni.
La différence estimée du nombre de reproduction (nombre de nouvelles infections résultant d’un seul cas d’infection) entre les lignées COV et non COV variait entre 0,4 et 0,7.
L’équipe – de l’Imperial College de Londres, de l’Université d’Édimbourg, de Public Health England, du Wellcome Sanger Institute et de l’Université de Birmingham – avertit que cet avantage de transmission substantiel posera des défis majeurs pour le contrôle continu du COVID-19 au Royaume-Uni et ailleurs au cours des prochains mois.
Surtout, les chercheurs ont trouvé des preuves que si les interventions non pharmaceutiques (INM) étaient suffisantes pour contrôler les lignées non-COV lors du verrouillage de novembre 2020 en Angleterre, elles n’étaient pas suffisantes pour contrôler les COV.
Neil Ferguson et ses collègues préviennent que les mesures de distanciation sociale devront être plus strictes et que les décisions politiques devront être éclairées par des enquêtes épidémiologiques urgentes sur la nouvelle variante.
Une version pré-imprimée du papier est disponible sur le medRxiv * serveur pendant que l’article est soumis à un examen par les pairs.
Expansion et croissance de la lignée VOC 202012/01. A) Le nombre de LTLA britanniques rapportant au moins un génome de COV échantillonné. B) Fréquence empirique (solide) et estimée (tiret) du SGTF ajusté au TPR dans trois régions d’Angleterre. C) Fréquence empirique (points) et estimée (ligne) (logarithme) des COV déduites des données génomiques par semaine épidémiologique. D) Fréquence empirique (points) et estimée (ligne) (logarithme) de SGTF sur la base des mêmes données que B.
Sommaire
Le COV possède des mutations avantageuses
À partir de 20e En décembre 2020, les régions d’Angleterre avec le plus grand nombre de cas confirmés de la nouvelle variante étaient Londres, le sud-est et l’est de l’Angleterre.
Le variant possède un grand nombre de substitutions non synonymes qui ont une signification immunologique car elles augmentent la liaison et l’infectivité des cellules hôtes.
Une mutation de délétion qui se produit aux positions 69 et 70 (Δ69-70) sur la protéine de pointe virale (qui se lie aux cellules hôtes) a été associée à l’échec des tests de PCR diagnostiques qui sondent cette protéine.
«L’absence de détection de la cible du gène S dans un test PCR par ailleurs positif semble de plus en plus être un marqueur hautement spécifique pour la lignée B.1.1.7», écrit Ferguson et ses collègues. «Les données de surveillance provenant des tests de la communauté nationale (‘Pilier 2’) ont montré une augmentation rapide des échecs de cibles du gène S (SGTF) dans les tests PCR pour le SRAS-CoV-2 en novembre et décembre 2020.»
Tendances de cas dans un sous-ensemble de zones NHS STP. Le nombre total de cas signalés est indiqué sous forme de ligne épaisse. Un sous-ensemble de ceux-ci – ceux testés dans les 3 plus grands laboratoires «Lighthouse» – ont été testés pour le SGTF. La ligne du total des cas est colorée en fonction du pourcentage S- parmi ceux testés. Les dénombrements de S + et S- signalés via le système PHE SGSS sont indiqués par les lignes fines. Les dates du deuxième verrouillage sont indiquées par les lignes verticales rouges. Neuf zones NHS STP représentatives de toutes les régions d’Angleterre sont classées par pourcentage décroissant S- dans la semaine de données la plus récente. Les données SGTF brutes sont présentées ici (non ajustées pour TPR), de sorte que les cas S des semaines précédentes incluent d’autres lignées non COV, en particulier en dehors de l’Est et du Sud-Est de l’Angleterre. Les graphiques de toutes les zones STP sont illustrés à la figure S3.
Qu’est-ce que l’étude impliquait?
Les chercheurs ont utilisé diverses approches statistiques pour évaluer l’association entre l’intensité de la transmission du SRAS-CoV-2 et la fréquence du COV, B.1.1.7, entre novembre et décembre 2020 dans différentes régions du Royaume-Uni.
(A) Carte de la différence dans les estimations de Rt médianes pour les variantes COV et non COV pour tous les STP pour les semaines 48 et 50. (B) Nuage de points des nombres de reproduction des COV (S-) et des non-COV (S +) par STP et semaine. La taille du point indique la fréquence du COV, tandis que la forme et la couleur signifient respectivement la semaine et la région NHS.
L’analyse par l’équipe des données de séquence du génome entier collectées à partir de tests diagnostiques communautaires a montré que les séquences de COV étaient largement distribuées dans 199 autorités locales de niveau inférieur (LTLA) en Angleterre. Les séquences étaient les plus concentrées dans le Sud-Est (n = 875), Londres (n = 636) et l’Est de l’Angleterre (n = 293).
«Alors qu’une croissance rapide de la variante a été observée pour la première fois dans le sud-est, des schémas de croissance similaires sont observés plus tard à Londres, dans l’est de l’Angleterre, et maintenant plus généralement à travers l’Angleterre», écrit Ferguson et ses collègues.
Les chercheurs disent que la croissance de la lignée VOC est cohérente avec son avantage de transmission par rapport aux autres lignées SRAS-CoV-2 en circulation en Angleterre.
Ensuite, l’équipe a étudié les tendances temporelles de la proportion de tests PCR présentant le SGTF sur 275 000 résultats de tests.
Les changements de la fréquence des COV déduits des données génétiques correspondaient étroitement aux changements déduits par les SGTF dans les tests de diagnostic PCR communautaires.
Un virage vers les moins de 20 ans
En examinant les tendances de croissance des nombres de cas SGTF et non-SGTF au niveau de la zone locale à travers l’Angleterre, les chercheurs ont montré que le COV présente une transmissibilité plus élevée que les lignées non-COV. Les données de la SGTF ont également indiqué un léger mais significatif changement vers les personnes âgées de moins de 20 ans étant plus affectées par le COV que les variantes non COV, même après ajustement pour la variation par semaine et par région.
Ensuite, l’équipe a effectué des analyses de régression pour explorer l’effet de la fréquence des COV sur le nombre global de reproduction variant dans le temps. Les analyses ont été menées à deux échelles spatiales différentes – les zones LTLA et NHS England Sustainability and Transformation Plan (une subdivision des régions NHS).
Dans presque toutes les zones analysées, les chercheurs ont observé une association visuelle très claire entre la fréquence SGTF et la croissance épidémique du COV.
Qu’ont conclu les chercheurs?
Ferguson et ses collègues disent que dans toutes les analyses effectuées, le COV s’est avéré avoir un fort avantage en matière de transmission, la différence estimée dans les nombres de reproduction entre les lignées COV et non COV allant de 0,4 à 0,7.
«L’avantage substantiel que nous avons estimé en matière de transmission du COV par rapport aux lignées virales antérieures pose des défis majeurs pour le contrôle continu du COVID-19 au Royaume-Uni et ailleurs dans les mois à venir», écrit l’équipe.
«De manière critique, nous trouvons des preuves que les interventions non pharmaceutiques (INP) étaient suffisantes pour contrôler les lignées non-COV à des nombres de reproduction inférieurs à 1 lors du verrouillage de novembre 2020 en Angleterre, mais qu’en même temps, les INM étaient insuffisants pour contrôler les COV. . »
Les chercheurs disent que les mesures de distanciation sociale devront être plus strictes qu’elles ne l’auraient été autrement.
«Ces questions de politique seront éclairées par l’enquête épidémiologique urgente en cours sur cette variante, en examinant notamment les preuves de tout changement de gravité, mais aussi en donnant une compréhension plus nuancée des changements de transmissibilité», concluent-ils.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique / les comportements liés à la santé ou être traités comme des informations établies.