Une étude récente publiée dans hLife a rapporté des sérotypes distincts pour les coronavirus (CoV) liés au syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS).
Étude: Sérotypes distinctifs des coronavirus liés au SRAS définis par les sérums de convalescence d’individus non vaccinés. Crédit d’image : Imilian/Shutterstock.com
Arrière-plan
Au cours des deux dernières décennies, deux épidémies majeures de CoV dues au SRAS-CoV-1 et au syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS)-CoV ont provoqué des épidémies chez l’homme avant la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19), entraînant d’importantes conséquences économiques et humaines. pertes et perturbations de la santé publique.
Le SRAS-CoV-2 a considérablement évolué grâce à la recombinaison et aux mutations de sa protéine de pointe, apparaissant comme de nouvelles variantes avec une évasion immunitaire et une transmissibilité accrues.
Le SRAS-CoV-2 Omicron, hébergeant plus de 30 mutations, a été détecté pour la première fois en Afrique du Sud en novembre 2021, et de nombreuses sous-variantes ont depuis émergé à un rythme sans précédent. Les sous-variantes d’Omicron continuent de montrer une évolution convergente, acquérant de nouvelles mutations dans le domaine de liaison au récepteur (RBD) de la pointe, conduisant à échapper aux anticorps neutralisants (nAb).
De plus, les infections révolutionnaires par la variante Omicron ont considérablement réduit la diversité des épitopes nAb. Dans l’ensemble, cela présente des défis importants pour l’efficacité de l’immunité existante et le développement futur de vaccins. De plus, les sous-variantes du SRAS-CoV-2 Omicron pourraient représenter fonctionnellement un sérotype distinct, compte tenu de leur degré d’évasion immunitaire.
L’étude et les résultats
Dans la présente étude, les chercheurs ont sérotypé les CoV liés au SRAS. Les tentatives antérieures visant à définir la cartographie antigénique du SRAS-CoV-2 reposaient sur des sérums provenant d’individus ou d’animaux vaccinés. Au lieu de cela, l’équipe a utilisé des sérums provenant d’individus non vaccinés après s’être remis d’une infection par le SRAS-CoV-2 ancestral, Beta, Delta, Omicron (BA.1, BA.2 ou BA.5) ou le SRAS-CoV-1.
Quatre-vingts échantillons de sérum ont été obtenus auprès de personnes convalescentes non vaccinées. Les sérums de sujets ancestraux infectés par le SRAS-CoV-2 n’ont pas neutralisé le SRAS-CoV-1 et le SRAS-CoV-2 Omicron BA.1, BA.2 ou BA.5. Les échantillons de sérum provenant d’individus infectés par le variant bêta ont neutralisé le Delta du SRAS-CoV-2 et, dans une certaine mesure, BA.1 et BA.2, en particulier ceux ayant des titres élevés.
Les sérums d’individus infectés par le variant Delta n’ont pas neutralisé les sous-variants du SRAS-CoV-1, du SRAS-CoV-2 Beta et de l’Omicron. De même, les échantillons provenant d’individus infectés par le SRAS-CoV-1 ont montré des titres neutralisants élevés contre le SRAS-CoV-1, mais n’ont pas neutralisé le SRAS-CoV-2.
Les sérums des personnes infectées par les sous-variantes du SRAS-CoV-2 Omicron avaient généralement des titres de nAb beaucoup plus faibles que les autres et n’ont pas réussi à neutraliser le SRAS-CoV-1, le SRAS-CoV-2 ancestral, la bêta et le Delta.
De plus, une neutralisation croisée limitée a été observée entre les sous-variantes d’Omicron. Les échantillons provenant de sujets infectés par BA.5 ont montré une faible neutralisation croisée contre BA.2 et n’ont pas neutralisé le SRAS-CoV-1, le SRAS-CoV-2 ancestral et le BA.1. L’équipe a généré une carte antigénique basée sur les titres neutralisants.
La carte a indiqué que les sous-variantes du SARS-CoV-2 Omicron étaient antigéniquement distinctes des SARS-CoV-2 et SARS-CoV-1 ancestraux.
Compte tenu des similitudes antigéniques entre les variantes ancestrales du SRAS-CoV-2, Alpha, Beta et Delta, celles-ci ont été considérées comme appartenant au même sérotype. L’absence de neutralisation croisée entre les sous-variantes du SRAS-CoV-1, du SRAS-CoV-2 ancestral et d’Omicron a corroboré la classification d’Omicron (sous-variantes) comme un sérotype distinct.
Enfin, l’équipe a utilisé des sérums provenant d’individus vaccinés avec le vaccin BNT162b2 de Pfizer pour explorer davantage la distance antigénique et la relation entre les variantes, y compris les plus récentes. Les vaccinés ont induit des titres élevés de nAb contre le SARS-CoV-2 ancestral.
Bien que la troisième dose ait augmenté les titres contre la souche ancestrale et amélioré la neutralisation croisée contre les sous-variantes d’Omicron, la neutralisation était limitée contre Omicron BQ.1.1 et XBB.
Notamment, la capacité de BQ.1.1 et de XBB à échapper aux nAbs a dépassé celle du SRAS-CoV-1, bien que les deux sous-variantes soient phylogénétiquement plus proches du SRAS-CoV-2 ancestral. Les données ont indiqué que BQ.1.1 et XBB étaient plus distincts que le SRAS-CoV-1 par rapport au SRAS-CoV-2 ancestral.
Avec la troisième dose de vaccin, il y avait une distance antigénique plus faible entre Omicron BA.1 ou BA.2 et le SARS-CoV-2 ancestral. Cependant, le SRAS-CoV-1 s’est regroupé avec Omicron BA.2.75.2 et BA.4.6 et était plus proche antigéniquement du XBB que du SRAS-CoV-2 ancestral.
Conclusions
En résumé, les cartes antigéniques basées sur les sérums vaccinés ont révélé des différences antigéniques entre le SRAS-CoV-2 et les sous-variantes Omicron en circulation, ce qui suggère que l’immunité préexistante est insuffisante pour prévenir les infections.
La cartographie antigénique basée sur des sérums vaccinés présentant une hyper-immunité contre le SARS-CoV-2 ancestral n’était pas significative pour le sérotypage. De plus, il a indiqué qu’Omicron BQ.1.1 et XBB ont évolué dans la mesure où ils sont antigéniquement plus proches du SRAS-CoV-1 que du SRAS-CoV-2 ancestral.
Les résultats suggèrent l’importance des sérums de convalescence provenant d’individus naïfs de vaccins, puisque les sérums vaccinés sont susceptibles de produire des profils masqués.
Néanmoins, l’étude présentait quelques limites, telles que la petite taille de l’échantillon de la cohorte BA.5 et le manque d’échantillons pour les personnes infectées par les sous-variantes post-BA.5. Dans l’ensemble, les résultats soutiennent l’attribution de sérotypes distincts aux sous-variantes du SRAS-CoV-1, du SRAS-CoV-2 ancestral et d’Omicron.
