Dans un article récent publié dans Rapports scientifiques, les chercheurs ont effectué une cartographie des épitopes d’immunoglobuline (Ig)M et IgG contre 487 peptides du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2). Ces peptides comprenaient quatre principales protéines structurelles du SRAS-CoV-2, à savoir la glycoprotéine de pointe (S), l’enveloppe (E), la nucléocapside (N) et les protéines membranaires (M).
Sommaire
Fond
L’étude des réponses immunitaires humorales dans des populations ethniquement diverses représentant des profils cliniques variables de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) pourrait aider à mieux définir les corrélats de la protection. En outre, cela pourrait contribuer au développement de tests de diagnostic sérologique plus efficaces et de vaccins COVID-19 adaptés à ces populations. En raison de leur disponibilité limitée et de leur inefficacité contre les nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 (par exemple, Omicron), la pandémie de COVID-19 continue de faire des ravages dans le monde après près de trois ans depuis son début.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont effectué une vaste étude de cartographie des épitopes d’anticorps parmi les patients infectés par le SRAS-CoV-2 confirmés par transcription inverse-réaction en chaîne par polymérase (RT-PCR) de deux pays africains, le Sénégal et Madagascar. Ils ont également déterminé les épitopes primaires des cellules B reconnus par ces patients africains infectés par le SRAS-CoV-2.
La population étudiée comprenait 65 et 16 (total 82) patients infectés par le SRAS-CoV-2 et 32 et 10 (= 41) personnes non infectées du Sénégal et de Madagascar, respectivement. Les chercheurs ont collecté des échantillons de sérum de ces deux groupes et ont évalué si leurs distributions variables d’épitopes IgM et IgG expliquaient leurs différents profils cliniques COVID-19. En outre, ils ont comparé les résultats avec des études antérieures menées en Europe, en Asie et aux États-Unis d’Amérique (USA).
Les échantillons de sérum utilisés dans l’étude appartenaient à des patients d’origines ethniques distinctes et de profils de maladie variés, à savoir, COVID-19 asymptomatique, symptomatique et sévère.
Résultats de l’étude
L’analyse de l’étude a confirmé que tous les épitopes IgG identifiés représentaient des épitopes immunodominants. Des études antérieures sur différents continents ont également identifié cinq et huit régions d’épitopes IgG dans les domaines N et S. La plupart des épitopes IgG immunodominants étaient imbriqués à l’extérieur des régions de liaison aux récepteurs et des domaines N-terminaux (RBD et NTD) de la protéine SARS-CoV-2 S, la plaque tournante connue de la plupart des mutations SARS-CoV-2. Fait intéressant, nombre de ces épitopes peptidiques immunodominants sont des cibles avérées d’anticorps neutralisants, par exemple, S139/140, S165, S204 et S287/288. De même, les chercheurs ont trouvé plusieurs épitopes immunodominants pour l’IgM, peut-être parce qu’ils ont prélevé des échantillons de sérum 10 à 12 jours après l’apparition des symptômes. Cependant, ils n’ont trouvé aucun épitope immunodominant dans la protéine SARS-CoV-2 E dans cette étude, comme dans les études précédentes.
De plus, les réponses humorales observées au SRAS-CoV-2 chez les personnes de Madagascar et du Sénégal étaient assez comparables, avec quelques différences dues aux différents profils de patients au moment de l’échantillonnage. Les échantillons appartenaient à des patients atteints d’infections par le SRAS-CoV-2 à un stade précoce ou avancé. En conséquence, les patients asymptomatiques avaient plus d’épitopes IgM, et ceux atteints de COVID-19 sévère se sont déplacés vers les épitopes IgG en raison d’une exposition prolongée au SRAS-CoV-2. Sur la base des scores IgG et IgM, même des études antérieures ont démontré une réponse immunitaire plus forte chez les patients COVID-19 gravement malades par rapport à leurs homologues asymptomatiques ou symptomatiques.
Une autre observation importante faite par les chercheurs était que certains patients gravement malades n’avaient plus de charge de SRAS-CoV-2 détectable au moment de l’échantillonnage de l’étude. De plus, ceux qui avaient un score plus élevé d’anticorps neutralisants avaient une charge virale moindre, ce qui suggère que leur réponse humorale a peut-être éliminé le virus mais ne pouvait pas les aider à survivre. Les patients du groupe sévère étaient plus âgés que les groupes symptomatiques et asymptomatiques, avec une sensibilité plus élevée au COVID-19.
conclusion
Dans l’ensemble, la présente analyse de l’étude a confirmé que le paysage de la réponse immunitaire humorale des patients africains au SRAS-CoV-2 était comparable à celui d’autres continents, indiquant un effet minimal ou nul de la diversité des ethnies et des antécédents génétiques de ces populations.
Un pool de 36 peptides nichés à l’intérieur des protéines structurales SARS-CoV-2 S et N a présenté la réactivité la plus élevée aux anticorps neutralisants. En particulier, les IgM, IgM/IgG et IgG des patients ont été cartographiés sur neuf, deux et 25 peptides SARS-CoV-2, respectivement. Les épitopes immunodominants IgG identifiés étaient similaires à ceux décrits dans les études asiatiques, européennes et américaines. Ces épitopes immunodominants pourraient contribuer au développement de candidats vaccins nouveaux et plus efficaces et de tests de diagnostic sérologique rapide.
La présente étude n’a pas déterminé le rôle des lymphocytes T, un élément essentiel de la réponse immunitaire humorale au SRAS-CoV-2. L’absence d’induction adéquate de la réponse des lymphocytes T a entraîné la mort de certains patients gravement malades qui ont monté une réponse humorale appropriée. Il pourrait être intéressant que de futures études identifient des peptides reconnus par les lymphocytes T chez ces patients africains.
