Une combinaison de remaniements génétiques et de sélection évolutive de séquences génétiques presque identiques parmi des coronavirus spécifiques de chauves-souris et de pangolins peut avoir conduit à l'évolution du SRAS-CoV-2 et à son introduction chez l'homme, suggère une nouvelle étude.
Les résultats ont également montré que le motif de liaison aux récepteurs (RBM) du virus, un composant qui joue un rôle clé dans l'entrée virale dans les cellules hôtes, a été introduit par recombinaison avec les coronavirus du pangolin.
L'étude rejoint les efforts en cours pour identifier la source du virus qui cause COVID-19, ce qui est essentiel pour éclairer les efforts visant à établir des modèles animaux appropriés, à découvrir de nouveaux médicaments et vaccins et, finalement, à prévenir la montée de futures zoonoses.
Bien que l'origine précise du SRAS-CoV-2 reste un mystère, cette étude montre clairement « que la réduction ou l'élimination du contact humain direct avec les animaux sauvages est essentielle pour prévenir de nouvelles zoonoses de coronavirus à l'avenir », disent les auteurs.
La proximité de différentes espèces dans un marché humide, par exemple, peut augmenter le risque d'infections croisées entre espèces, en permettant la recombinaison entre des coronavirus plus éloignés et l'émergence de mutations, disent les auteurs.
En analysant 43 séquences génomiques complètes de trois souches de coronavirus de type SARS-CoV-2 provenant de chauves-souris et de pangolins, Xiaojun Li et ses collègues ont défini les souches les plus et les moins similaires au nouveau coronavirus, avec un accent particulier sur les gènes liés au virus 'spike protein complex, un composant essentiel qui facilite l'entrée virale dans les cellules hôtes.
Ils ont trouvé des preuves d'une forte sélection évolutive autour de la RBM – une partie de la séquence d'acides aminés de la pointe qui contacte directement les récepteurs des cellules hôtes – parmi la chauve-souris, le pangolin et les coronavirus humains qu'ils ont étudiés.
Les séquences d'acides aminés de ces virus et du SRAS-CoV-2 étaient identiques ou presque identiques dans les régions adjacentes à la RBM, suggérant que des mécanismes évolutifs communs ont façonné ces souches virales distinctes. Les scientifiques ont également démontré que l'intégralité de la RBM du SARS-CoV-2 a été introduite par recombinaison avec des coronavirus de pangolins.
Ensemble, la sélection évolutive et la recombinaison fréquente parmi les coronavirus des chauves-souris, des pangolins et des humains peuvent avoir permis aux virus étroitement apparentés de sauter facilement entre les espèces, postulent les auteurs, conduisant à l'introduction du SRAS-CoV-2 chez l'homme.
La source:
Association américaine pour l'avancement des sciences
Référence de la revue:
Li, X., et al. (2020) Emergence de SARS-CoV-2 par recombinaison et forte sélection purifiante. Avancées scientifiques. doi.org/10.1126/sciadv.abb9153.
