Une étude récente publiée dans l’International Journal of Molecular Sciences a évalué les gènes avec des altérations du nombre de copies (CN) (CNA) pour identifier les biomarqueurs du pronostic du cancer de l’ovaire (CO).
Étude: AhRR et PPP1R3C : biomarqueurs pronostiques potentiels du cancer séreux de l’ovaire. Crédit d’image : ESBProfessional/Shutterstock.com
Arrière-plan
OC englobe un ensemble de néoplasmes hétérogènes avec des caractéristiques biologiques et morphologiques distinctes. Le CO peut être stratifié en types I et II. Les tumeurs de type I comprennent les carcinomes mucineux, séreux, à cellules claires et endométrioïdes de bas grade, tandis que la plupart des tumeurs de type II sont des carcinomes séreux de haut grade.
Le traitement standard du CO est le carboplatine ou une association de carboplatine et de paclitaxel. Le bevacizumab est un traitement d’entretien de deuxième intention. Néanmoins, la récidive de CO après la chimiothérapie de première ligne est constamment élevée. Le manque de thérapies efficaces contribue au taux de mortalité élevé et aux mauvais pronostics chez les patients atteints de CO avancé.
Les mécanismes sous-jacents à la chimiorésistance sont mal définis, bien que des études impliquent des cellules souches cancéreuses (CSC) et diverses voies de signalisation. Les avancées technologiques ont conduit à l’identification de nouveaux biomarqueurs.
Les CNA contribuent à l’hétérogénéité génomique ; récemment, l’analyse de l’ANC a révélé des signatures génétiques prédisant de mauvais pronostics pour tous les types de cancer.
L’étude et les conclusions
Dans la présente étude, les chercheurs ont évalué les gènes impliqués dans les gains de CN dans les lignées cellulaires OC et les CSC ovariens afin d’identifier les biomarqueurs pronostiques potentiels de l’OC séreux. Les sphéroïdes OC ont été dérivés de trois lignées cellulaires (Ovcar5, Ovcar9 et Caov3).
Les sphéroïdes avaient une expression plus élevée des marqueurs connus de la souche OC [aldehyde dehydrogenase 1 (ALDH1), cluster of differentiation 44 (CD44), Nanog homeobox (NANOG), and ATP-binding cassette superfamily G member 2 (ABCG2)].
En outre, un éventail d’analyses comparatives d’hybridation génomique a été effectué pour caractériser les sphéroïdes et les lignées cellulaires au niveau génomique. L’équipe a exploré les gènes impliqués dans les CNA et leurs voies correspondantes.
L’analyse de la voie de l’Encyclopédie des gènes et des génomes de Kyoto (KEGG) des sphéroïdes Caov3 a démontré des gains de CN dans les gènes liés à la cancérogenèse chimique.
Notamment, la lignée cellulaire Caov3 a montré une perte de CN dans les gènes associés à la voie de signalisation Forkhead Box O (FoxO). Les sphéroïdes Ovcar8 ont montré des gains de CN dans les gènes des voies d’angiogenèse, de migration, de survie, de prolifération et d’invasion.
Les sphéroïdes Ovcar5 ont montré une fonctionnalité inférieure à ceux de la voie de résistance aux médicaments à base de platine, entraînant une régulation du cycle cellulaire et un effet pro-apoptotique inférieurs, conformément aux CSC.
Aucun des sphéroïdes n’a partagé de gènes avec des gains de CN. De plus, l’équipe a analysé la corrélation entre l’expression des gènes choisis dans le pronostic d’OC et la survie des patients.
Cela a révélé une forte corrélation entre le répresseur du récepteur des hydrocarbures aryliques (AhRR), le polypeptide-N-acétylgalactosaminyltransférase 10 (GALNT10) et la protéine phosphatase une sous-unité régulatrice 3C (PPP1R3C) avec le pronostic OC.
D’autres investigations se sont concentrées sur PPP1R3C et AhRR car le rôle de GALNT10 dans OC a été décrit précédemment. À cette fin, les données du Cancer Genome Atlas (TCGA) ont été analysées. La corrélation des deux gènes avec la survie globale des patients était significative.
De plus, l’expression de PPP1R3C et AhRR était corrélée aux marqueurs de la souche du SCC. De plus, une expression plus élevée de AhRR ou PPP1R3C était négativement corrélée à la survie sans progression des patients.
La réaction en chaîne par polymérase (PCR) en temps réel a révélé une augmentation significative de l’expression de AhRR dans les lignées cellulaires et les sphéroïdes Ovcar5 et Ovcar8, mais pas dans Caov3. L’expression de PPP1R3C était significativement élevée uniquement dans la lignée cellulaire Ovcar5 et les sphéroïdes.
Ces résultats indiquent l’absence de corrélation entre l’expression de l’ARNm et les CNA de ces gènes. Par ailleurs, la présence d’ANC n’apparaissait pas pronostique.
Cependant, quelques sous-populations de CSC ont maintenu une expression élevée de PPP1R3C et AhRR. Enfin, les chercheurs ont exploré les corrélations entre l’expression de ces deux gènes et les mauvais résultats chez les patients atteints d’autres cancers.
En tant que tel, l’augmentation de l’expression de AhRR était significativement corrélée à une pire survie globale des patients dans plusieurs cancers. En revanche, le rôle pronostique de PPP1R3C variait selon le type de cancer.
conclusion
L’étude a analysé les gènes avec des CNA dans trois lignées cellulaires et sphéroïdes OC. L’expression de trois gènes avec des gains de CN est corrélée négativement avec la survie globale des patients OC. L’expression de AhRR ou PPP1R3C était positivement corrélée à l’expression des marqueurs de la souche du SCC.
Cependant, aucune corrélation n’a été observée entre les gains de CN de ces gènes et leur expression dans les lignées cellulaires OC ou les sphéroïdes. Néanmoins, d’autres études sont nécessaires pour mieux caractériser le rôle de ces gènes dans les CSC.
