Dans une récente étude publiée dans Nature’s Biologie des communications journal, des chercheurs aux États-Unis d’Amérique (États-Unis) ont utilisé des données de séquençage de nouvelle génération (NGS) pour évaluer l’augmentation des réinfections par la variante Omicron du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2).
Étude : L’analyse des données de séquençage de nouvelle génération bien annotées révèle une augmentation des cas de réinfection par le SRAS-CoV-2 avec Omicron. Crédit d’image : PHOTOCREO Michal Bednarek/Shutterstock
Sommaire
Arrière-plan
Le SRAS-CoV-2 a subi des mutations substantielles, entraînant l’émergence de variants préoccupants (VOC) et une augmentation de l’infection mondiale. Le COV Omicron réinfecte les personnes exposées à des variantes antérieures du SRAS-CoV-2 avec une fréquence plus élevée que les COV non Omicron.
L’examen des sous-lignées liées à une infection primaire Omicron suivie d’une réinfection Omicron démontre que l’incidence des réinfections Omicron-Omicron se produit sur une période de temps plus courte que celle observée après une infection primaire avec un COV non Omicron. Ce qui suggère qu’une seule infection par le SRAS-CoV-2 peut ne pas atteindre une immunité protectrice suffisante pour se protéger contre les nouveaux COV d’Omicron.
À propos de l’étude
Dans la présente étude, les chercheurs ont évalué l’augmentation des réinfections avec le SARS-CoV-2 Omicron VOC à l’aide de NGS. L’équipe a rendu compte de l’examen du Consortium danois sur le génome de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) accessible via l’Initiative mondiale sur le partage des données sur la grippe aviaire (GISAID), qui a analysé des cas individuels de réinfection dans les COV du SRAS-CoV-2, y compris les sous-lignées. L’équipe a détecté 21 708 entrées pour réinfection entre le 1er mars 2020 et le 28 août 2022.
Les moments de l’infection et de la réinfection primaires par le SRAS-CoV-2 ont été capturés sous forme de métadonnées de l’hôte, permettant de mesurer l’intervalle entre les infections. De plus, les cas de réinfection d’Omicron à Omicron ont été stratifiés en fonction de leur principale identification de sous-lignée.
Résultats
L’équipe a détecté une fréquence de réinfection croissante en faveur de la réinfection par Omicron VOC pour chaque VOC caractérisé par NGS détecté et signalé, ainsi que les données de lignée Pango associées. Près de 26 % des personnes infectées par la souche SARS-CoV-2 d’origine ont signalé des incidences de réinfection croissantes avec des variantes ultérieures.
Aucune incidence de réinfection par le variant Alpha du SRAS-CoV-2 n’a été identifiée parmi les personnes initialement infectées par Alpha ; cependant, une fréquence croissante de réinfection avec les COV Delta et Omicron a été notée. La réinfection par Delta était limitée pour les personnes initialement infectées par Delta, tandis que 41 % ont signalé des réinfections par Omicron.
un Carte thermique montrant la fréquence des réinfections totales entre deux variantes pour une infection initiale et une réinfection au Danemark. Nombres bruts indiqués sous la valeur de fréquence entre parenthèses. Aucune donnée n’était disponible pour les carrés blancs vierges. n = 7467 cas de réinfection. b Carte thermique montrant la fréquence de réinfection entre une infection initiale à Omicron et une seconde infection à Omicron par sous-lignée au Danemark. Nombres bruts indiqués sous la valeur de fréquence entre parenthèses. Aucune donnée n’était disponible pour les carrés blancs vierges. n = 340 cas de réinfection Omicron à Omicron. c Diagramme de dispersion montrant le temps entre les cas (semaines) pour la première et la deuxième infection de différentes variantes au Danemark. Les moyennes des groupes sont représentées par des barres noires. Le carré rouge met en évidence un certain nombre de cas précoces d’Omicron à Omicron mentionnés dans le texte qui se produisent avant une période de 10 semaines. n = 7467 cas de réinfection. d Diagramme de dispersion pour le temps entre les cas (semaines) pour les infections Omicron à Omicron par lignée au Danemark. Les moyennes des groupes sont représentées par des barres noires. Le carré rouge met en évidence les premiers cas d’Omicron à Omicron mentionnés dans le texte qui se produisent avant une période de 10 semaines pour une sous-lignée spécifique. n = 340 cas de réinfection Omicron à Omicron.
La réinfection avec la même variante que l’infection initiale mais avec différentes sous-lignées, à l’exclusion d’Omicron, était rare pendant la pandémie. Néanmoins, davantage de personnes initialement infectées par le COV Omicron ont signalé une réinfection due à une sous-lignée Omicron.
De plus, il y avait un taux élevé de réinfection par Omicron parmi tous les individus réinfectés après mars 2020, date à laquelle Omicron a causé 93,2 % des réinfections. Les données impliquaient également que l’infection primaire par la souche d’origine ou les variantes Alpha ou Delta n’entraînait pas une protection adéquate contre la réinfection, en particulier dans le cas de la variante Omicron.
Les lignées BA.2, BA.4 et BA.5 partageaient plus étroitement les séquences d’acides aminés de pointe que les autres lignées Omicron. Seules trois mutations distinguent les protéines de pointe de BA.2 de celles de BA.4 et BA.5, à savoir del69-70, F486V8 et L452R. Malgré cette similitude, l’équipe a noté une incidence élevée de réinfections d’Omicron à Omicron avec une divergence substantielle entre la distribution observée et la distribution estimée du nombre.
Cela indiquait que l’association entre la réinfection avec les sous-lignées Omicron n’était pas aléatoire. Les personnes infectées pour la première fois par la sous-lignée BA.1 représentaient de nombreuses réinfections d’Omicron à Omicron, BA.2 ou BA.5 causant la plupart des deuxièmes infections. De même, les personnes atteintes d’une primo-infection BA.2 présentaient des taux comparables de réinfection BA.5.
La période d’émergence, de transmission et de prévalence de chaque COV pendant la pandémie a démontré un schéma progressif d’augmentation du temps de réinfection. Plus précisément, les réinfections d’Omicron à Omicron peuvent survenir dès trois semaines après la première infection, avec une moyenne de 22 semaines. Près de 50 des 340 réinfections Omicron à Omicron se sont produites dans les dix semaines suivant l’infection initiale.
Lors du pic de la vague mondiale d’infection par Omicron au Danemark en juillet 2022, 19,5 % du total des cas analysés ont été réinfectés. 1,4% du total des cas ont été identifiés comme des réinfections au cours de la vague de variante Delta. Cette distinction souligne le taux important de réinfections constaté lorsque la pandémie a évolué vers la prévalence du COV d’Omicron.
En outre, les résultats ont indiqué que lorsque l’infection variante prédominante était presque égale entre les COV Delta et Omicron, les réinfections étaient attribuées à Delta dans 0,6 % et à Omicron dans 1,6 % des cas. Il s’agit d’une distinction notable entre Delta et Omicron, car la probabilité d’exposition était essentiellement équivalente, mais les cas de réinfection ne l’étaient pas.
Conclusion
Les découvertes d’étude ont proposé que la réinfection SARS-CoV-2 Omicron de COV se produise plus fréquemment et dans un temps plus court que n’importe quel autre COV à travers la pandémie. Cependant, les chercheurs pensent que la capacité de la communauté à évaluer et à estimer la transmission virale a diminué de façon exponentielle en raison de la diminution du financement ou de la capacité à séquencer en continu les échantillons de patients.
L’observation continue des modifications des taux d’infection virale et de l’efficacité de la vaccination nécessite un NGS et les informations cliniques correspondantes sur les patients. Un suivi génomique efficace permet de comprendre les schémas d’infectiosité virale et d’évaluer le niveau de danger actuel posé par le développement de COV.
