En utilisant les données génétiques de près de 30000 personnes, les chercheurs du mont Sinaï ont établi des scores de risque à partir d’une combinaison d’ensembles de données représentant des populations ancestrales distinctes qui améliorent la prédiction du risque de maladies inflammatoires de l’intestin (MII), y compris la maladie de Crohn et la colite ulcéreuse. L’étude a été publiée dans Gastroentérologie le 24 décembre.
Les chercheurs ont découvert que les scores de risque polygénique, construits à l’aide de données d’association de plusieurs populations de la biobanque multiethnique BioMe du mont Sinaï, maximisaient les prédictions de MII pour chaque population de la biobanque. BioMe est un effort à l’échelle du système au mont Sinaï qui révolutionne le diagnostic et la classification des maladies en fonction du profil moléculaire du patient.
L’étude a montré que les scores de risque calculés à partir de l’intégration de données amélioraient considérablement les prédictions parmi les personnes d’ascendance européenne, juive ashkénaze et hispanique dans BioMe, ainsi que les individus européens dans la biobanque britannique, qui contient des données biologiques et médicales sur un demi-million de personnes entre les âges. 40 et 69 ans vivant au Royaume-Uni. Le pouvoir prédictif était plus faible pour les patients d’ascendance africaine, probablement en raison de jeux de données de référence nettement plus petits et d’une diversité génétique nettement plus grande au sein des populations d’ascendance africaine.
La capacité de prédire avec précision le risque de maladie génétique chez les individus de toutes les ancêtres est une avenue essentielle qui peut avoir une incidence positive sur les résultats des patients, car des interventions précoces et même des mesures préventives sont envisagées et développées. Ces résultats appuient le besoin d’une plus grande diversité génétique, y compris davantage de données sur les populations afro-américaines, pour améliorer les prévisions de risque de maladie et réduire les disparités en matière de santé pour toutes les populations. «
Judy H.Cho, MD, auteure principale d’Atudy, doyenne de la génétique translationnelle et directrice de l’Institut Charles Bronfman de médecine personnalisée, École de médecine Icahn, Mount Sinai
Ces scores de risque polygénique – représentant une estimation du risque global basée sur la somme des nombreuses variantes génétiques, pour la plupart communes, d’un individu – ont été calculés à l’aide de données d’association IBD provenant de cohortes d’origine juive européenne, afro-américaine et ashkénaze.
De plus, les chercheurs ont évalué des variantes rares dans les gènes associés aux MICI à début très précoce au sein de chaque population et ont constaté que les porteurs afro-américains de variantes rares de LRBA présentaient une expression réduite des deux protéines LRBA et CTLA-4. Une carence en LRBA augmente la sensibilité aux MICI et entraîne une expression plus faible de CTLA-4, qui peut être inversée avec la chloroquine, un antipaludique couramment prescrit. Les futures études du laboratoire Cho se concentreront sur la prédiction des sous-groupes de patients qui pourraient bénéficier du ciblage de cette voie.
«Étant donné qu’une expression réduite de LRBA et de CTLA-4 peut conduire à une MII, il est encourageant de constater que la chloroquine est capable de récupérer partiellement l’expression», déclare le premier auteur de l’étude, Kyle Gettler, PhD, chercheur postdoctoral au Département de génétique et sciences génomiques de l’école Icahn. de médecine au mont Sinaï.
La source:
Système de santé du mont Sinaï
