La résistance aux antibiotiques est un problème croissant dans le monde entier qui menace l’efficacité des traitements disponibles et peut entraîner des séjours hospitaliers prolongés et une mortalité accrue. Les chercheurs ont longtemps cherché des moyens de résoudre le problème. Étant donné que l’utilisation d’antibiotiques alimente la résistance, la réduction de l’utilisation d’antibiotiques offre une stratégie intéressante pour freiner la résistance.
« Cela a du sens intuitivement », a déclaré l’épidémiologiste Melinda Pettigrew, Ph.D, à la Yale School of Public Health à New Haven, dans le Connecticut, mais il existe des données limitées sur la manière dont la durée du traitement affecte les gènes de résistance. Le but ultime, dit-elle, est de trouver un dosage optimal qui réduit l’utilisation d’antibiotiques sans compromettre la santé des patients.
Mais c’est faisable, suggère une étude publiée cette semaine dans mBio, une revue en libre accès de l’American Society for Microbiology. Pettigrew et ses collègues ont étudié les données d’un essai contrôlé randomisé d’enfants qui avaient été diagnostiqués avec une pneumonie communautaire (PAC) et traités avec des antibiotiques bêta-lactamines. Les enfants ont participé à une étude multi-institutionnelle financée par les NIH appelée SCOUT-CAP (NCT02891915), qui a révélé qu’une cure de 5 jours d’antibiotiques bêta-lactamines était aussi efficace que la cure standard de 10 jours pour le traitement de la PAC. Pettigrew a dirigé la sous-étude sur le microbiome de l’essai SCOUT-CAP.
Pour leur sous-étude, Pettigrew et ses collègues ont voulu suivre l’influence des 2 durées de traitement sur les gènes de résistance aux antibiotiques et le microbiote respiratoire. Ils ont effectué un séquençage métagénomique en fusil de chasse sur l’ADN à partir de prélèvements de gorge et d’échantillons de selles prélevés sur les enfants en 2 points – d’abord, quelques jours après le diagnostic de CAP, puis à la fin de l’essai, quelques semaines plus tard.
Le séquençage a révélé moins de gènes de résistance chez les enfants qui avaient reçu le régime de traitement de 5 jours par rapport à ceux qui avaient reçu le régime de 10 jours. Certains de ces gènes étaient associés à une résistance aux bêta-lactamines, ce à quoi les chercheurs s’attendaient.
Étonnamment, le traitement antibiotique plus long a également entraîné une augmentation significative des gènes de résistance associés à plusieurs autres antibiotiques. « Vous pouvez avoir une augmentation de la résistance à des médicaments autres que celui avec lequel vous traitez », a déclaré Pettigrew. « Il y a tous ces effets hors cible. » Les chercheurs ont également découvert que la durée du traitement modifiait la population de bactéries commensales de différentes manières.
Les antibiotiques n’ont donc pas seulement un impact sur les agents pathogènes que nous essayons de traiter. Ils peuvent affecter le microbiote dans son ensemble.
Melinda Pettigrew, Ph.D, épidémiologiste, Yale School of Public Health
L’essai SCOUT-CAP, y compris cette sous-étude, a suivi des patients pendant 30 jours. Dans de futures études, Pettigrew a déclaré qu’elle aimerait étudier les implications cliniques du traitement antibiotique à plus long terme.
« Nous savons que les antibiotiques perturbent le microbiome et augmentent la sensibilité à d’autres agents pathogènes », a-t-elle déclaré, « mais nous n’avons pas de mesure de ce risque ». L’étude n’a pas non plus mesuré la durée de persistance des effets. [the collection of resistance genes in bacteria] et le microbiome finira par revenir à la normale.
Ces types d’études pourraient aider les chercheurs à exploiter le microbiome pour identifier les patients les plus à risque de résistance aux antibiotiques. « Si de futures enquêtes confirment ces découvertes, ces techniques pourraient un jour aider la FDA à déterminer les profils de sécurité des médicaments et à établir des durées de traitement optimales.
« Le microbiome est si important pour la santé, et la perturbation peut entraîner d’autres effets en aval, y compris la résistance aux antibiotiques », a déclaré Pettigrew.
