Une étude récente publiée dans Ingénierie présente une nouvelle approche pour analyser le faible N-Le glycoprotéome dans le plasma sanguin humain (HBP), qui pourrait faire progresser considérablement la découverte de biomarqueurs plasmatiques.
La glycosylation des protéines joue un rôle crucial dans les diagnostics cliniques et les biopharmaceutiques. Cependant, le courant N-Les méthodes glycoprotéomiques sont confrontées à des défis tels que des identifications incorrectes, des difficultés à détecter N-Les glycanes, et une couverture insuffisante, en particulier dans des échantillons complexes comme le plasma sanguin. Pour résoudre ces problèmes, l'équipe de recherche a développé un N-flux de travail glycoprotéomique.
Le flux de travail commence par l'épuisement des 14 protéines plasmatiques sanguines élevées (HAP) et une stratégie de fractionnement. Ceci est suivi d'une digestion tryptique et d'un enrichissement des glycopeptides. Les échantillons sont ensuite analysés en utilisant une spectrométrie de masse à haute résolution avec une fragmentation de collision étagée (HCD.Step et HCD.Low). Une nouvelle procédure d'arbre de décision est incorporée pour la validation des données.
Les résultats de l'étude sont prometteurs. Le flux de travail de préparation des échantillons étend la plage de détection des glycoprotéines dans le plasma sanguin. Il peut détecter les glycoprotéines avec des concentrations aussi faibles que 6,31 pg · ml−1élargissant la plage de cinq ordres de grandeur par rapport à l'analyse directe du plasma. Le flux de travail d'analyse des données permet la différenciation fiable N-Structures de glycane. Par exemple, il peut faire la distinction entre l'antenne et la fucosylation centrale, ainsi que l'identification modifiée et rare N-Glycanes tels que sulfatés et glucuronidés.
Au total, 1929 N-glycopeptides et 942 N-Des glycosites dérivés de 805 glycoprotéines humaines moyennes à faibles abondantes ont été identifiées. Les chercheurs ont également détecté des sulfates et phosphorylées N-Glycopeptides dans les glycoprotéines HBP courantes. De plus, ils ont découvert trois rares N-Les blocs de construction du glycane avec des masses de 176.0314, 245.0524 et 259.0672 da.
Ce nouveau flux de travail améliore non seulement notre compréhension de la glycosylation des protéines, mais a également le potentiel d'être appliqué dans divers domaines. Il peut être utilisé pour explorer les candidats de biomarqueurs en HBP, évaluer les protéines biothérapeutiques et étudier les modèles biologiques. Bien que l'étude ait des limites, telles que le temps de mesure relativement long de l'instrument, les résultats fournissent des informations précieuses pour les futures recherches glycoprotéomiques. Dans l'ensemble, cette recherche offre une nouvelle avenue pour l'analyse approfondie des glycoprotéines HBP et de la découverte de biomarqueurs.
L'article « Nouvelles avenues pour la découverte des biomarqueurs du plasma sanguin humain via une analyse approfondie approfondie de la faiblesse N-Glycoproteome, « est rédigé par Frania J. Zuniga-Banuelos, Marcus Hoffmann, Udo Reichl, Erdmann Rapp.
