Adapter l’analyse du séquençage du génome entier aux patients individuels pourrait doubler les taux de diagnostic des maladies rares, selon une nouvelle étude menée par des chercheurs de l’UCL.
En 2018, le département britannique de la santé a annoncé un service de médecine génomique du NHS, qui permet aux patients atteints de maladies rares de faire lire l’intégralité de leur code génétique dans l’espoir de fournir un diagnostic indispensable.
Cependant, l’interprétation de ces données peut être extrêmement difficile et de nombreuses personnes atteintes de maladies génétiques complexes et rares ne reçoivent toujours pas de réponse moléculaire à la cause de leurs problèmes.
Dans l’étude publiée dans Communication Nature, Des chercheurs du London Mitochondrial Center de l’UCL Queen Square Institute of Neurology et de l’UCL Great Ormond Street Institute of Child Health ont cherché à offrir à ces patients une meilleure chance de recevoir un diagnostic génétique.
Pour ce faire, ils ont testé comment l’utilisation d’une équipe de médecine génomique composée de médecins spécialisés, de bioinformaticiens et de scientifiques pourrait renforcer les capacités des laboratoires de diagnostic du NHS au-delà de l’analyse semi-automatisée standard des données. L’équipe de l’UCL a réévalué les cas non diagnostiqués pour identifier les indices qui pourraient aider à orienter une analyse plus approfondie et plus personnalisée. Ils ont ensuite appliqué des approches bioinformatiques supplémentaires, en utilisant des technologies informatiques avancées pour identifier les altérations génétiques de l’ADN d’un patient qui pourraient être à l’origine d’une maladie mais qui avaient été négligées lors des tests de routine.
Le travail a inclus 102 patients non diagnostiqués, suspectés d’avoir une maladie mitochondriale primaire (un grand groupe de troubles génétiques incurables qui affectent les enfants et les adultes, associés à un large éventail de problèmes médicaux, d’invalidités graves et d’une durée de vie réduite), qui avaient subi une analyse du génome entier séquençage via le projet 100 000 génomes du NHS.
Cette approche personnalisée a fait passer le taux de diagnostic de 16,7 % à 31,4 %. Il a également détecté des variantes potentiellement pathogènes chez 3,9% des patients supplémentaires.
L’auteur principal, le Dr Robert Pitceathly (co-responsable du London NHS Highly Specialized Service for Rare Mitochondrial Disorders et chef de groupe de recherche à l’UCL Queen Square Institute of Neurology), a déclaré: « Le NHS a beaucoup investi dans les technologies génétiques avancées. Par conséquent, Le Royaume-Uni s’est établi à l’avant-garde du séquençage diagnostique du génome entier.Cela dit, certaines personnes atteintes de maladies génétiques rares restent sans diagnostic moléculaire après l’analyse de leur génome.
« Nous pensons qu’il est crucial d’investir dans des équipes spécialisées en médecine génomique, en garantissant un accès équitable à une expertise multidisciplinaire dédiée et en maximisant les diagnostics. En moyenne, les patients de notre étude ont attendu plus de 30 ans pour un diagnostic – nous avons maintenant la capacité de résoudre de tels cas, mais nous avons besoin d’une planification de la main-d’œuvre pour soutenir les laboratoires de génétique diagnostique du NHS dans la réalisation de cet objectif.
Recevoir un diagnostic génétique est important car il permet aux patients d’avoir accès à la planification familiale, à la FIV spécialisée et aux essais de médicaments. Cela peut également permettre un dépistage ciblé des complications connues de la maladie et l’accès aux études sur les médicaments.
Le Dr Pitceathly a déclaré: « Dans cette étude, chaque nouveau diagnostic génétique a eu un impact direct sur les soins aux patients. Cela comprenait des examens supplémentaires pour les problèmes cardiaques, la perte auditive et le diabète, ainsi que l’accès aux essais cliniques. »
Le professeur Michael Hanna, directeur de l’UCL Queen Square Institute of Neurology, a déclaré : « Ce travail est une avancée significative dans le développement des meilleurs moyens de maximiser les avantages de l’analyse du génome pour les patients. Il démontre clairement qu’en combinant des approches automatisées de l’analyse du génome avec des données interprétation par une équipe multidisciplinaire qualifiée, les taux de diagnostic doublent. Il s’agit d’une découverte importante qui influencera la manière dont les services de diagnostic en médecine génomique devraient évoluer dans le monde entier.
Le cheminement vers un diagnostic pour les enfants et les adultes atteints de maladies rares et complexes peut être un processus très long, et la médecine génomique fournit un outil transformateur et puissant pour aider à atteindre cet objectif.
Cette étude met en évidence l’importance de la collaboration entre les cliniciens spécialisés et les généticiens dans l’interprétation des résultats du séquençage du génome afin de maximiser l’opportunité de parvenir à un diagnostic qui peut ensuite aider à orienter la gestion médicale et les options de traitement.
Dr James Davison, co-auteur du département de médecine métabolique du Great Ormond Street Hospital et président du British Inherited Metabolic Diseases Group
Les chercheurs impliqués dans cette étude sont financés par le Medical Research Council.
Histoire d’un patient
Rachel North était l’une des patientes impliquées dans l’essai et a décrit l’obtention d’un diagnostic comme « qui a changé sa vie ». Cela lui a permis depuis de subir un dépistage des complications de la maladie telles que l’ostéopénie, et celles-ci ont été traitées.
Elle a déclaré: « J’avais fréquenté tant d’hôpitaux au cours des 20 dernières années et j’avais cherché si longtemps que je n’aurais jamais pensé que j’obtiendrais un diagnostic.
« M’interroger à ce sujet me prenait tellement d’énergie, et je m’inquiétais pour mon fils de 12 ans, et si mon état l’affecterait. Ainsi, obtenir un diagnostic récessif rare était un soulagement et enlevait la peur de l’inconnu.
« Avoir un diagnostic me permet de faire des recherches sur mon état et d’être très proactif dans sa gestion.
« Tout ce qui m’aide à comprendre et à donner un sens à ce qui arrive à mon corps m’aide à l’accepter et me donne l’assurance que je le gère aussi bien que possible. »
