Les scientifiques ont signalé l’évolution continue du coronavirus-2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2), l’agent causal de la pandémie de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) en cours, en raison de mutations génomiques. Plusieurs variantes du SRAS-CoV-2 ont été identifiées dans le monde, qui ont été classées comme variantes préoccupantes (VOC) et variantes d’intérêt (VOI) par l’Organisation mondiale de la santé.
Sommaire
Contexte
La variante SARS-CoV-2 Omicron (B.1.1.529) a été caractérisée comme un COV. Elle est devenue la souche dominante en circulation dans de nombreux pays, remplaçant la variante Delta qui circulait auparavant. Cette variante a été identifiée pour la première fois en Afrique du Sud en novembre 2021 et a rapidement été transmise dans de nombreuses régions du monde. Les chercheurs ont détecté trois sous-variantes d’Omicron, à savoir BA.1, BA.1.1 et BA.2, sur vingt-huit continents différents en quelques semaines après que BA.1 était la souche dominante.
À propos de l’étude
Des études antérieures ont indiqué la possibilité d’utiliser les voyageurs entrants pour la surveillance génomique du SRAS-CoV-2. Dans une nouvelle étude disponible sur medRxiv* serveur de prétirage, les chercheurs se sont concentrés sur la détection de la recombinaison BA.1/BA.2 chez les voyageurs grâce à la surveillance. Dans cette étude, les chercheurs ont utilisé une méthode de séquençage de nouvelle génération pour leur analyse.
Les scientifiques ont observé que 198 des 793 échantillons prélevés sur des voyageurs arrivant à Hong Kong entre le 15 novembree2021 et 4 févriere, 2022, étaient positifs pour la transcription inverse de la réaction en chaîne par polymérase en temps réel (RT-PCR) du SARS-CoV-2. Les auteurs ont effectué un séquençage quasi complet du génome de 180 échantillons positifs. Ils ont découvert que la plupart des génomes appartenaient à la variante Delta (58 échantillons) ou à la variante Omicron, dont 66 échantillons appartenant à BA.1, 28 infectés par BA.1.1 et 26 infectés par BA.2.
Résultats
Les scientifiques ont rapporté que la plupart des cas BA.2 identifiés provenaient de voyageurs en provenance des Philippines et du Népal. Cette observation indique que la sous-variante pourrait s’être initialement établie dans ces pays. L’analyse phylogénétique menée par les auteurs a révélé que deux séquences supplémentaires presque identiques formaient une branche distincte dans le clade Omicron. Ces deux génomes, dits du patient 1 et du patient 2, ont été identifiés à partir de deux cas épidémiologiquement liés.
Les deux patients ont voyagé ensemble à Hong Kong en février 2022 depuis l’Europe. Ils ont été testés positifs au SRAS CoV-2 à l’aéroport à leur arrivée. Le patient 1 s’est plaint d’avoir mal à la gorge et de tousser fin janvier 2022, tandis que le patient 2 était asymptomatique. Les deux patients avaient reçu deux doses du vaccin COVID-19 développé par Pfizer-BioNTech.
En raison de la topologie unique des séquences virales des patients 1 et 2, les scientifiques ont émis l’hypothèse que les deux patients étaient infectés par un virus recombinant. Pour tester cette hypothèse, ils ont utilisé les polymorphismes mononucléotidiques (SNP) BA.1 et BA.2 précédemment rapportés pour analyser les nouvelles séquences génomiques des patients 1 et 2. Les scientifiques ont rapporté que les séquences d’extrémité 5 ‘des deux patients ne contiennent que BA SNP spécifiques de .1, tandis que les séquences terminales 3’ correspondantes ne contiennent que des SNP spécifiques de BA.2.
Les auteurs ont effectué une analyse de recombinaison et ont confirmé la présence d’un seul point d’arrêt, qui était présent entre les positions de nucléotide 20055-21618 dans ce recombinant. Ils ont observé des similitudes phylogénétiques entre ce point de rupture et les séquences BA.1 et BA.2 authentiques. Les scientifiques ont identifié l’emplacement du point d’arrêt de ce virus recombinant comme étant proche de l’ORF 5′ du gène de pointe. Des études antérieures ont également signalé un point de rupture dans cette région, indiquant que cette région pourrait être le point chaud de la recombinaison.
Les chercheurs ont mené des expériences approfondies pour exclure toute possibilité que la co-infection ou la contamination puisse générer des observations recombinantes biaisées. Ils ont observé que les fréquences alléliques mineures (MAF) associées aux positions SNP définissant BA.1 et BA.2 étaient extrêmement faibles. Cette découverte implique que ces échantillons, c’est-à-dire des patients 1 et 2, ne contenaient qu’une seule population virale.
De plus, les scientifiques ont cloné un produit RT-PCR couvrant le point d’arrêt de la recombinaison en utilisant l’échantillon du patient 2. Ils ont observé à la fois des SNP spécifiques de BA.1 et spécifiques de BA.2 dans le même clone de plasmide, confirmant que les patients 1 et 2 étaient infectés par un virus recombinant BA.1/BA.2.
Comme les auteurs n’ont pas réussi à trouver des séquences recombinantes BA.1/BA.2 similaires dans GISIAD ou Genbank, cette séquence pourrait être un nouveau recombinant. Ils ont déclaré que les sous-variantes BA.1 et BA.2 se trouvent principalement dans de nombreuses régions du monde, ce qui a rendu difficile la détection de l’emplacement géographique où cet événement de recombinaison s’est produit.
Conclusion
Les auteurs de cette étude ont déclaré qu’un taux élevé de transmission de la variante Omicron ainsi que la co-circulation des sous-variantes BA.1 et BA.2 dans de nombreuses régions du monde présentent une plus grande possibilité de générer de nouveaux recombinants. Même si les données de surveillance mondiales actuelles indiquent que le variant recombinant identifié est un cas sporadique, le potentiel du nouveau virus recombinant ne doit pas être sous-estimé. À l’avenir, les scientifiques ont recommandé de mener une surveillance génomique à plus long terme du SRAS-CoV-2 au niveau mondial.
*Avis important
medRxiv publie des rapports scientifiques préliminaires qui ne sont pas évalués par des pairs et, par conséquent, ne doivent pas être considérés comme concluants, guider la pratique clinique/les comportements liés à la santé, ou traités comme des informations établies.
