Des chercheurs de l'Université de Californie à San Diego ont publié de nouvelles lignes directrices qui pourraient aider les scientifiques à améliorer considérablement leurs résultats lors de la quantification des interactions entre l'ADN et les protéines. La compréhension de ces interactions est essentielle à notre compréhension de la biologie humaine en général et peut également aider les scientifiques à développer de nouveaux traitements pour un large éventail de maladies, dont de nombreux cancers.
Les chercheurs se sont concentrés sur la normalisation par pics, une technique de biologie moléculaire largement utilisée qui permet de garantir des résultats précis et fiables. La normalisation par pics consiste à ajouter une quantité connue de chromatine (ADN et protéines associées) à un échantillon avant de l'étudier, ce qui aide les chercheurs à tenir compte des variations entre plusieurs échantillons comparés les uns aux autres. La normalisation par pics est particulièrement utile pour comparer deux conditions, par exemple pour évaluer l'impact d'un médicament (en comparant un patient traité à un patient non traité) ou d'une mutation ou d'une délétion dans un gène clé (en comparant un patient normal à un patient mutant).
En explorant des ensembles de données accessibles au public qui utilisent la normalisation par pics, les chercheurs ont pu identifier des scénarios courants dans lesquels la normalisation par pics est facilement utilisée à mauvais escient et dans lesquels l'intégration de mesures de contrôle de qualité supplémentaires et d'autres « garde-fous » dans la technique pourrait améliorer les résultats ou éviter une mauvaise interprétation. En réanalysant ces données et en menant des expériences supplémentaires, l'équipe a pu élaborer une liste de neuf recommandations clés pour les chercheurs utilisant la normalisation par pics qui pourraient augmenter considérablement la précision de leurs résultats. Ces mesures comprennent la garantie de mesures de contrôle de qualité cohérentes, le respect des meilleures pratiques en matière d'analyse informatique et la validation des résultats avec d'autres techniques d'analyse.
« De nombreuses études utilisent la normalisation des pics, et nos résultats remettent en question les conclusions biologiques tirées de cette approche », a déclaré l'auteur principal Alon Goren, Ph.D.
Nos recommandations peuvent aider à prendre en compte certains des pièges de la normalisation des pics afin que nous puissions toujours profiter des avantages de cette technique précieuse.
Alon Goren, Université de Californie à San Diego
L'étude publiée le 13 septembre 2024 dans Biotechnologie de la nature L'étude a été menée par Lauren Patel et Yuwei Cao de l'Université de Californie à San Diego et par Eric Mendenhall, Ph.D. de l'Institut de biotechnologie HudsonAlpha. L'étude a été codirigée par Alon Goren, Ph.D., et Christopher Benner, Ph.D., tous deux professeurs associés au Département de médecine de l'École de médecine de l'Université de Californie à San Diego.
