Le SRAS-CoV-2 est arrivé dans l'État de Washington quelque part entre fin janvier et début février 2020, provoquant une transmission communautaire rapide du virus qui n'a pas été détecté pendant plusieurs semaines avant que la propagation de cette communauté ne devienne évidente, ce qui a entraîné un changement des critères de test pour mettre l'accent sur les personnes sans déplacement. l'histoire.
C'est le scénario proposé par Trevor Bedford et ses collègues après leur analyse des séquences génétiques de 455 virus SRAS-CoV-2 de l'épidémie de l'État de Washington recueillies entre le 19 janvier et le 15 mars 2020. Leurs résultats mettent en évidence le besoin critique d'une surveillance généralisée pour la communauté. transmission du SRAS-CoV-2, même après la maîtrise de la pandémie, affirment les auteurs.
Ils notent que plusieurs facteurs pourraient avoir contribué au retard de détection de la propagation présumée de la communauté à Washington, y compris des tests limités chez les non-voyageurs.
Leur analyse de 455 virus du SRAS-CoV-2 de l'État de Washington révèle que 84% des génomes étudiés appartiennent à un groupe étroitement lié que les chercheurs appellent le clade de l'épidémie de l'État de Washington et qu'ils sont dérivés d'une variante du virus de Chine.
Ce schéma suggère que la plupart des premiers cas de SRAS-CoV-2 dans l'État proviennent d'une seule introduction du virus, probablement entre le 22 janvier et le 10 février, Bedford et al. conclure.
Le premier cas confirmé de SRAS-CoV-2 aux États-Unis, identifié dans l'État de Washington le 19 janvier chez un individu revenant de Wuhan, appartient au clade de l'épidémie de l'État de Washington, mais les chercheurs disent que les informations génomiques sont trop incomplètes pour savoir si ce cas était la seule introduction qui a conduit à la propagation de la communauté, ou si l'introduction pouvait provenir de variants de virus très étroitement apparentés échantillonnés en Colombie-Britannique.
Le premier cas de propagation communautaire a été détecté le 28 février. Pour mieux comprendre la chaîne de transmission qui y a conduit, Bedford et ses collègues ont analysé plus de 10 000 spécimens collectés dans le cadre de l'étude sur la grippe de Seattle entre le 1er janvier et le 15 mars 2020. Ils trouvent des preuves du SRAS-CoV-2 quelques jours avant le premier cas communautaire précédemment signalé à Washington.
Selon les auteurs, affiner le moment et l'origine géographique de l'introduction dans l'État de Washington nécessitera une combinaison d'échantillons antérieurs et d'échantillons provenant d'autres emplacements géographiques.
Ils notent que d'autres États des États-Unis ont montré des histoires génétiques différentes de celles de l'État de Washington, avec une majorité de séquences de SRAS-CoV-2 de New York et du Connecticut se regroupant au sein de lignées européennes, par exemple.
Michael Worobey et ses collègues ont analysé des collections de génomes du SRAS-CoV-2 du monde entier pour déchiffrer leurs arbres généalogiques viraux et déterminer si l'introduction du virus au début de janvier 2020 dans l'État de Washington et en Allemagne a conduit à des épidémies majeures aux États-Unis et en Europe. .
Aux États-Unis, leur reconstitution des événements suggère que le premier cas américain confirmé dans l'État de Washington début janvier a préparé la réponse locale et étatique de sorte que les responsables de l'État aient relativement réussi au départ à ralentir la propagation du virus, par rapport à des endroits comme New York.
Cependant, un afflux de voyageurs de retour fin janvier ou début février, qui n'étaient que faiblement surveillés par les responsables de la santé publique, pourrait avoir conduit à de multiples introductions du virus qui a déclenché une propagation communautaire dans l'État de Washington et en Californie, selon les chercheurs.
Worobey et coll. a également examiné de plus près le premier SRAS-CoV-2 confirmé en Europe et si ce cas de fin janvier en Bavière, en Allemagne, aurait pu déclencher la principale épidémie italienne en Lombardie en février. Ils concluent que la variante du virus bavarois est peu susceptible d'être la cause de l'épidémie du nord de l'Italie.
Alors que les données génomiques ont suggéré des différences dans le moment, les origines spatiales et la dynamique de transmission des flambées précoces de SRAS-CoV-2, en particulier aux États-Unis, Worobey et ses collègues affirment que leurs résultats soulignent que les liens épidémiologiques déduits de SRAS-CoV-2 génétiquement similaires associés à les épidémies dans différents endroits peuvent être «extrêmement ténues», étant donné les faibles niveaux de diversité génétique virale échantillonnée et les données de base insuffisantes sur les emplacements clés.
Ils disent que leurs résultats soulignent la valeur potentielle de l'établissement d'architectures intensives de surveillance des virus respiratoires au niveau communautaire, telles que l'étude de Seattle sur la grippe, pendant une période pré-pandémique.
La source:
Association américaine pour l'avancement de la science
Référence du journal:
Bedford, T., et al. (2020) Transmission cryptique du SRAS-CoV-2 dans l'État de Washington. Science. doi.org/10.1126/science.abc0523.
